2-qism: Inson xotirasi bilan bog'liq kortikal va subkortikal mintaqalarning alohida genetik belgilari

Aloqa: Audrey Xu Whatsapp/hp: 0086 13880143964 Email:audrey.hu@wecistanche.com

Genetik imzolarni adabiyot ko'rib chiqish

Nomzod genlar sonini "xitlar" uchunxotiratahlil qilish uchun biz har bir gen ro'yxati CL uchun adabiyotlarni ko'rib chiqdik va genlar sonini hisobladik.xotira(ya'ni, haqiqiy musbat) yoki gen-motor funktsiyalari assotsiatsiyasi (ya'ni, noto'g'ri ijobiy; 1F-rasm). Bu Google Scholar’da eksperimental adabiyotlarni qidiruv so‘rovi orqali ko‘rib chiqish orqali amalga oshirildi: [“gen nomi” VA (“xotira” YOKI “amneziya” YO “Altsgeymer” YOKI “demans”)] va [”gen nomi” AND (“motor”). funktsiya" YOKI "motor koordinatsiyasi" YOKI "tayanch-harakat" YOKI "ataksiya" YOKI "motorni o'rganish" YOKI "Parkinson" YOKI "Hantington")]. Tegishli haqiqiy ijobiy va noto'g'ri musbatlar uchun motor tahlili uchun ham xuddi shunday takrorlangan. Buzilishlar kalit so'zlarni qidirish uchun tanlangan, chunki ular xotira va vosita faoliyatidagi kamchiliklarni aniq ko'rsatadi. Kuchli dalillarga in vivo jonli gen manipulyatsiyasi, mutantlar va farmakologik aralashuvlar qo'llaniladigan tadqiqotlar kiradi, zaif dalillar esa hisoblash genlari assotsiatsiyasi, in vitro tadqiqotlari, differensial gen ekspressiyasini o'rganish va inson misollarini o'z ichiga oladi. Adabiyot dalillari faqat miyaning tegishli sohasiga, ya'ni kortikal yoki subkortikal sohaga ta'sir qilgan bo'lsa, tasdiqlash deb hisoblanadi. Shunday qilib, ma'lum bir genning faqat tahlil qilinmagan miya mintaqasidagi roli haqidagi dalillar hisobga olinmadi. Misol uchun, agar qog'oz A genining faqat subkorteksdagi ishdan chiqishi xotira etishmovchiligiga olib kelishini ko'rsatsa, u kortikal xotirani tahlil qilish uchun dalil hisoblanmaydi.

Cistanche xotirani yaxshilashi mumkin

Xotira va vosita tahlillaridagi korrelyatsiya farqi

Agar usul to'g'ri bo'lsa, xotira genlari dan yuqori o'rtacha korrelyatsiya qiymatiga ega bo'lishi kerakxotiravosita tahlili bilan solishtirganda tahlil qilish va aksincha vosita genlari va vosita tahlili r qiymati. Har bir gen uchun bu uning vosita funktsiyasi r qiymatini xotira r qiymatidan ayirish yo'li bilan hisoblab chiqilgan, ijobiy farq usulning samaradorligiga qarab hisoblangan (1G-rasm). E'tibor bering, salbiy genlar ro'yxatidagi xotira r qiymatlari uchun (masalan, xotira kortikal -), biz bu farqni ijobiy xotira genlari ro'yxatiga mos keladigan ijobiy qiymat sifatida ifodalash uchun r-qiymati farqini –1 ga ko'paytiramiz. Keyin biz FDR q 0 ni qanoatlantiradigan har bir S to‘plami uchun barcha genlarning o‘rtacha qiymatini olamiz.05 (boyitish xaritasi vizualizatsiyasi bilan bir xil chegara) shunday yettita qiymatni olish uchun. S to'plamdagi genlar soni har xil bo'lgani uchun biz to'plam uchun o'rtacha korrelyatsiya farqi qiymatini hisoblash uchun ishlatiladigan korrelyatsiya farqi qiymatlari sonini yukladik. Bu xotira va vosita tahlillari uchun korrelyatsiya farqlarini (10,{7}} iteratsiyalar) mos ravishda xotiradagi (n 231) va motor to'plamlarining (n 146) minimal genlar soniga qayta-qayta quyi namuna olish yo'li bilan alohida amalga oshirildi. Biz buni etti to'plamning har biri uchun xotira va motor tahlillari uchun yuklangan o'rtacha va 95-persentil (mo'ylov) bilan quti grafigi sifatida tasavvur qildik. Agar boshlang'ich chiziq 95 foizli taqsimotga to'g'ri kelmasa (ya'ni, mo'ylovlar nolning asosiy chizig'i bilan bir-biriga to'g'ri kelmasa) ball boshlang'ichdan sezilarli darajada farq qiladi (p 0,05).

Nomzod genlarni aniqlashda usul samaradorligini baholash

Biz oldingi adabiyotlarni ko'rib chiqishga asoslangan usul samaradorligini aniqladik (1G-rasm). Buning uchun biz N ni olish ehtimolini hisoblab chiqdikxotiragenlar ro'yxati uchun genlar. Bu N ni tanlash orqali amalga oshiriladixotiragenlar (almashtirmasdan) ma'lum xotira havzasidan yokixotiraTahlil qilingan barcha 15625 gendan bog'liq buzilish genlari (n 644). Misol uchun, agar genlar ro'yxatidagi 10 ta gendan 10 tasi xotira genlari bo'lsa, bu sodir bo'lish ehtimoli 1.32 10 14. Xuddi shu narsa vosita funktsiyasi va motor funktsiyasi genlari uchun ham qilingan (n 104). Bularxotiragenlar uchta manbadan tuzilgan: (1) yuqoridagi adabiyotlarni ko'rib chiqish; (2) biologik funktsiya geni AmiGO2 ma'lumotlar bazasidan "GO:0007611 O'rganish yoki xotira" ni o'rnatadi (Carbon va boshq., 2009; versiya 2.4.26, chiqish sanasi 2016-08); va (3) van Cauwenberghe va boshqalar. (2016). Dvigatel bilan bog'liq genlar (motor yoki vosita bilan bog'liq buzilish) (1) yuqoridagi adabiyotlarni ko'rib chiqishdan, (2) AmiGO2 ma'lumotlar bazasidan "GO: 0061743 motorni o'rganish" biologik funktsiya genlari va "GO: 0061744 motor harakati" to'plamlaridan olingan. (Karbon va boshq., 2009) va (3) Lin va Farrer (2014).

Xotira va vosita tahlillari uchun aniqlik balli

Biz so'radik, berilganxotiradeb etiketlangan genlar ro'yxatixotiragenlar, ularning qanchasi aslida bog'liqxotira. Biz buni aniq ballni hisoblash orqali aniqladik (1G-rasm). Biz birinchi navbatda haqiqiy pozitivlarni (ya'ni, adabiyotlarni ko'rib chiqishda xotira bilan bog'liq genlar) va noto'g'ri pozitivlarni (ya'ni, motor funktsiyasi bilan bog'liq genlarni) aniqladik. Adabiyot dalillari shunday tortildiki, haqiqiy ijobiylar uchun kuchli dalil va zaif dalillar (yuqorida aniqlangan) mos ravishda toʻliq ball va yarim ball oldi. Har bir gen ro'yxati uchun biz "haqiqiy musbat" ni haqiqiy ijobiy va noto'g'ri musbatlar yig'indisiga bo'lish orqali usulning aniqlik ballini aniqladik (1,2 tenglamalar). Agar usul aniq bo'lsa, xotira tahlillari uchun xotira aniqligi ballari 0,5 dan yuqori bo'lishi va vosita balli 0,5 dan past bo'lishi kerak va aksincha. Biz har bir gen ro'yxati uchun xotira va vosita aniqligi ballarini (0 dan 1 gacha) va bu ballar orasidagi farqni (-1 dan 1 gacha) chizdik. Ideal holda, farq noldan katta bo'lishi kerak. Quyidagi tenglamalarda, xotira bilan bog'liqligi uchun kuchli dalillarga ega bo'lgan genlarning xotiralar soni; Xotira bilan bog'liqligi uchun zaif dalillarga ega bo'lgan genlarning xotira soni; Motor funktsiyasi bilan bog'liqligi uchun kuchli dalillarga ega bo'lgan genlar soni; va motor funktsiyasi bilan bog'liqligi uchun zaif dalillarga ega bo'lgan Motorw genlari soni.

Ma'lumotlar mavjudligi to'g'risidagi bayonot

Amaldagi barcha genetik va neyroimaging ma'lumotlari AHBA (https://human.brain-map.org) va Neu-rosynth (https://www.neurosynth.org) dan mavjud. Transkriptomani oldindan qayta ishlash uchun skriptlar https://github.com/BMHLab/AHBAprocessing manzilida mavjud. Korrelyatsiya skriptlari va kiritilgan maʼlumotlar notijorat maqsadlarda foydalanish uchun Extended Data 1 va https://github.com/PK-HQ/ geneCognitionDiscovery manzillarida mavjud.

Cistanche-improve memory20

Natijalar

AHBA va Neurosynth xaritalari

Katta yoshdagi odamning butun miyasini aniqlash uchunxotiragenlar, biz birinchi navbatda kattalar odam miyasining 3D yuqori aniqlikdagi neyroimaging va transkriptom xaritalari o'rtasidagi fazoviy korrelyatsiya tahlilini o'tkazishimiz kerak edi. Shunday qilib, biz yuqori zichlikdagi, butun inson miyasi AHBA transkriptomidan va neyrosintadan foydalandik.xotiraHar bir vokselning kirish ma'lumotlar to'plami sifatida umuman xotira bilan bog'lanishining assotsiatsiya xaritasi (Yarkoni va boshq., 2011).

AHBA oltita donor miyasidan olingan bo'lib, chap kortikal va subkortikal hududlarda butun genomli inson miyasi geni ifodasini o'z ichiga oladi (N 6; 1A-rasm; Kengaytirilgan ma'lumotlar-rasm 1-1dagi misol vizualizatsiyasiga qarang; Hawrylycz va boshqalar. , 2012). Neyrosintxotiraassotsiatsiya xaritasi har bir miya vokselining ahamiyatini ifodalovchi meta-tadqiqot xaritasi (N 2744).xotira(boshqa kognitiv funktsiyalardan farqli o'laroq), musbat z ballari bilan ko'rsatilgan (1A-rasm; kengaytirilgan ma'lumotlar-rasmda xotira va vosita funktsiyalari xaritalarining vizualizatsiyasiga qarang. 1-2; Yarkoni va boshq., 2011). dan foydalanishga e'tibor beringxotiraBu erda umuman xotiraga ishora qiladi, chunki xarita xotira bilan bog'liq neyroimaging tadqiqotlari asosida yaratilgan bo'lib, unda bir nechta xotira vazifalari qo'llaniladi (Yarkoni va boshq., 2011). Biz ikkala xaritani MNI152 umumiy maydonida ro'yxatdan o'tkazdik. Xotira assotsiatsiyasi xaritasidagi xotira maydonlari keyingi fazoviy korrelyatsiya tahlili uchun foydalanish mumkin bo'lgan AHBA namunalarini aniqlash uchun ishlatilgan.

Fazoviy o'xshashlikni tahlil qilish

Ushbu ma'lumotlar to'plamidan foydalanib, biz genlarni ifodalash va genlar o'rtasidagi yuqori fazoviy korrelyatsiya qiymatlariga ega bo'lgan genlarni ajratishga harakat qildik.xotirakeyingi tahlil bosqichlari uchun muddatli xaritalar, chunki ular xotira bilan bog'liq (Fox va boshq., 2014). Biz AHBA va Neurosynth assotsiatsiyasi xaritalari o'rtasidagi fazoviy o'xshashlik tahlilini kortikal va subkortikal mintaqalar uchun alohida o'tkazdik, chunki ularning sezilarli farqlari (Kirishga qarang; kortikal va subkortikal hududlar ro'yxati kengaytirilgan ma'lumotlar rasmida mavjud. 1-3) va xotira va vosita funktsiyasi (2-rasmdagi fazoviy korrelyatsiya misoliga qarang). Har bir tahlil L ro'yxatini berdi, unda keyingi reyting uchun ishlatiladigan 15625 genning o'rtacha korrelyatsiya qiymatlari mavjud (1B-rasm).

Keyinchalik biz har bir ro'yxatni L darajasiga qo'ydik. Ijobiy korrelyatsiya, tegishli sohalarda yuqori gen ekspressiyasini ko'rsatadi.xotira, va salbiy korrelyatsiya xotira uchun tegishli sohalarda past ifodani nazarda tutadi. Xotiraning kortikal va subkortikal tahlillari uchun yuqori-10 ijobiy va salbiy korrelyatsiya qilingan genlar 1-jadvalda keltirilgan (Kengaytirilgan ma'lumotlar jadvalidagi 1-1 barcha genlarning fazoviy korrelyatsiya qiymatiga qarang). Xotiraning kortikal va subkortikal tahlillari uchun ijobiy korrelyatsiya qilingan genlarga qaraganda ko'proq salbiy korrelyatsiya qilingan genlar mavjud edi (kengaytirilgan ma'lumotlar jadvali 1-1). Biz kortikal sohalar uchun 8383 ta ijobiy va 7243 ta salbiy korrelyatsiya qilingan genlarni, subkortikal sohalar uchun esa 7642 ta ijobiy va 7984 ta salbiy genlarni topdik.

Kortikal va subkortikal xotira bilan bog'liq bo'lgan aniq gen ifodasi profillari

Fazoviy korrelyatsiya tahlillaridan so'ng biz kortikal va subkortikal bilan bog'liq gen ekspresyon profillarini aniqlashni maqsad qildik.xotirakeng qamrovli tarzda. Umumiy biologik funktsiyaga (ya'ni, gen to'plamlari) ishlaydigan genlar to'plamini aniqlash va tavsiflash uchun biz kortikal va subkortikal ro'yxatlarning har birini L GSEA oldindan tartiblangan holda tahlil qildik (1C-rasm). Bu mos ravishda L ning musbat va manfiy korrelyatsiya qilingan genlaridan olingan ijobiy ball va salbiy ball beruvchi genlar to'plamini berdi. Keyinchalik bu gen to'plamlari funktsional jihatdan bog'liq klasterlarga guruhlangan va biologik mavzular bilan avtomatik ravishda izohlangan (Cline va boshq., 2007; Merico va boshq., 2010; Oesper va boshq., 2011).

Umuman olganda, korteks va subkorteks ilgari xotira bilan bog'liq bo'lgan aniq biologik mavzularga ega edi. Kortikal uchunxotira, GSEA 28 ta ijobiy va 29 ta salbiy sezilarli darajada boyitilgan gen to'plamini aniqladi. Boyitish tarmog'ining vizualizatsiyasi shuni ko'rsatdiki, bu gen to'plamlari besh xil klasterga guruhlangan (3-rasm; to'liq GSEA natijalari kengaytirilgan ma'lumotlar rasmida 3-1), har bir klaster ichidagi genlar to'plami boyitilgan genlarni almashadi. Ushbu gen to'plamlari xotira bilan bog'liq ekanligi aniqlandi. Ijobiy P1 klasterida immun javob va Fc retseptorlari signalizatsiyasi bilan bog'liq bo'lgan genlar to'plami mavjud (Fernandez-Vizarra va boshq., 2012; Marin va Kipnis, 2013). P2 interferon-gamma signalizatsiyasida (Litteljohn va boshq., 2014), P3 transmembran kaltsiy ionlarini tashishda va P4 aktin filamenti birikmasida (Krucker va boshq., 2000; Lamprecht, 2011) ishtirok etgan. Salbiy klaster N2 tarkibida xromatin dinamikasi, epigenetik tartibga solish va immun hujayralar differentsiatsiyasi bilan bog'liq genlar to'plami mavjud (Kim va Kaang, 2017).

Subkortikal uchunxotira, GSEA 50 ta ijobiy va 14 ta salbiy sezilarli darajada boyitilgan gen to'plamlarini aniqladi. Boyitish tarmog'ining vizualizatsiyasi shuni ko'rsatdiki, bu gen to'plamlari uchta alohida klasterga guruhlangan (4-rasm; to'liq GSEA natijalari kengaytirilgan ma'lumotlar rasmida 4-1). Xuddi shunday, bu gen to'plamlari bilan bog'liqligi aniqlandixotira. P1 ijobiy klasteri sinaptik uzatish va sinaptik plastisiyada ishtirok etadi. Shuningdek, u endotsitoz va ekzotsitoz, neyrotransmitter sekretsiyasi, uzoq muddatli potentsiallashuv (Stuchlik, 2014), glutamat retseptorlari signalizatsiyasi va neyron proektsiyasi morfogenezida ishtirok etadigan gen to'plamlarini o'z ichiga oladi (Kasai va boshq., 2010). Salbiy klaster N1 transkripsiya va tarjima jarayonlari (Jarome va Helmstetter, 2014; Alberini va Kandel, 2015) va N2 klasteri glial hujayra va oligodendrositlar farqlanishi (Hertz va Chen, 2016; Pepper va boshq., 2018) bilan bog'liq.

Shakl 2. Fazoviy o'xshashlik tahlili chiqishiga misol. Yuqori korrelyatsiya qilingan kortikal gen, GRB14 ning ifoda darajalari Neurosynth xaritasining voksel bilan bog'liqligi funktsiyasi sifatida tasvirlangan.xotirafunktsiya (z ball). Normallashtirilgan gen ifodasi (y o'qi) neyroimaging xaritasi z skorlariga (x o'qi) qarshi chizilgan. Har bir rangli regressiya chizig'i oltita donorning (ranglarning) har biri uchun eng mos keladigan chiziqni ifodalaydi; har bir chiziq atrofidagi shaffof tarmoqli 95 foiz ishonch oralig'i taxminini ifodalaydi.

Kortikal va subkortikal genetik profillardagi farqlar va o'zaro bog'liqliklarni aniqlash uchun biz boyitish xaritalarida ko'rsatilganidek, turli xil va umumiy (1) biologik jarayonlarni aniqladik va tavsifladik va (2)xotiragenlar (ya'ni, 1 boyitilgan genlar to'plamida topilgan barcha genlar; 1D-rasm). Biz kortikal va subkortikal hududlar o'rtasida genlar to'plamining 2,5 foizi (N 3) va genlarning 9,6 foizi (N 135) past darajada o'xshashligini aniqladik (5-rasm; aniq va bir-biriga o'xshash genlarning to'liq ro'yxati Kengaytirilgan ma'lumotlar-rasmda keltirilgan. {{9). }}). Bir-biriga o'xshash genlar oqsillarni tashish, transkripsiyani tartibga solish, sinaptik plastisiya va glutamat retseptorlari signalizatsiyasining xotira bilan bog'liq jarayonlarida ishtirok etgan (Peng va boshq., 2011; Rosenberg va boshq., 2014; Alberini va Kandel, 2015; Jadval 2; to'liq chiqishi Kengaytirilgan ma'lumotlar jadvalidagi Top-pGene gen to'plamlari va genlari 2-1). Bularga xotira funktsiyasi uchun muhim bo'lgan Arp2/3 kompleksi, GABA va AMPA ligandli ion kanallarida ishtirok etadigan genlar kiradi (Gasbarri va Pompili, 2014; Basu va boshq., 2016; Takemoto va boshq., 2017; Kengaytirilgan ma'lumotlar jadvali { {23}}). Korteksga xos genlar DNKni tiklash, epigenetik tartibga solish, immunitet va IFN signalizatsiyasi kabi xotira bilan bog'liq jarayonlarda ishtirok etgan (Marin va Kipnis, 2013; Litteljohn va boshq., 2014; Kim va Kaang, 2017; Hou va boshq., 2018). ; Kengaytirilgan ma'lumotlar jadvali 2-1). Subkorteksga xos genlar neyrogenez, dendrit morfogenezi, glial hujayralar differentsiatsiyasi va miyelinatsiyasida ishtirok etadi (Hertz va Chen, 2016; Kao va boshq.,

Shakl 3. Kortikal uchun boyitish xaritasi vizualizatsiyasixotira. Klasterlar ijobiy uchun P, salbiy uchun N bilan etiketlanadi. Gen to'plami klasterlari bilan bog'liqligi aniqlandixotira. Ijobiy klasterlar immun signalizatsiyasi, kaltsiyni tashish va aktin filament birikmasi bilan bog'liq edi. Salbiy klasterda xromatin dinamikasi va epigenetik regulyatsiya bilan bog'liq genlar to'plami mavjud. GSEA Pre-ranked ning toʻliq chiqishi uchun kengaytirilgan maʼlumotlar rasmini 3-1 koʻring.

2018; Pepper va boshqalar, 2018; Kengaytirilgan ma'lumotlar jadvali 2-1). E'tibor bering, bir xil gen to'plami kortikalga xos va subkortikal o'ziga xos biologik jarayonlarda ham paydo bo'lishi mumkin. Masalan,xotiragenlar to'plami ikkala mintaqada ham boyitiladi, lekin har bir holatda genlar to'plamining boyitishi alohida genlar tomonidan boshqariladi (kengaytirilgan ma'lumotlar jadvali 2-1). Buning sababi shundaki, turli genlar tegishli bo'lishi mumkin va shu bilan bir xil biologik jarayon gen to'plami uchun boyitishni oshiradi.

Kortikal va subkortikal bilan bog'liq bo'lgan yadro differentsial tarzda ifodalangan genlarxotira

Yuqorini aniqlash uchun-10xotirainson bilan bog'liq bo'lgan genlarxotirafunktsiyasikelajakdagi eksperimental tekshiruv uchun biz LEA bilan yuqorida olingan bir nechta gen to'plamlari uchun tegishli genlarni aniqladik (1E-rasm; Subramanian va boshq., 2005; Darby va boshq., 2016; Fleming va Miller, 2016). Oldingi ishlar shuni ko'rsatdiki, bir nechta gen to'plamlarini boyitishga olib keladigan bunday genlar tahlil qilingan fenotipga, ya'ni bu holatda xotira funktsiyasiga ko'proq bog'liq (Subramanian va boshq., 2005; Darby va boshq., 2016; Fleming va Miller, 2016). GSEA va LEA kombinatsiyasi ilgari kognitiv funktsiyalarning genetik imzolarini aniqlashda samarali bo'lgan (Tomassen va boshq., 2008; Ersland va boshq., 2012; Li va boshq., 2013), shu jumladan epizodik va ishlaydigan xotira (Heck va boshq., 2014;

Linksys va boshqalar, 2015). Biz yuqoridagi ijobiy va salbiy ball beruvchi genlar to‘plamiga LEAni qo‘lladik, so‘ngra genlar to‘plamining yetakchi quyi to‘plamlarida tez-tez paydo bo‘ladigan yuqori -10 genlarni tanladik. Keyinchalik bu genlar gen va xotira funktsiyasi o'rtasidagi bog'liqlikni qo'llab-quvvatlovchi kuchli yoki zaif dalillar sifatida tasniflangan hayvonlar modeli adabiyoti bilan tasdiqlangan (1F-rasm). Kuchli dalillar gen manipulyatsiyasi yoki giyohvand moddalarni davolash bo'yicha tadqiqotlardan iborat edi, masalan, xotira o'zgarishiga olib keladigan gen nokauti. Zaif dalillar korrelyatsion yoki hisoblash tadqiqotlarini o'z ichiga oladi, masalan, genlarning ko'payishi bilan bog'liq.xotiraishlash.

Kortikal uchunxotira, 10 dan to'qqiztasi ijobiy korrelyatsiya qilingan genlar ilgari ishtirok etganxotirafunktsiyasi(3-jadval; kortikal xotira genlarining to'liq ro'yxati va adabiyotlarni ko'rib chiqish Kengaytirilgan ma'lumotlar jadvali 3-1, kengaytirilgan ma'lumotlar jadvalida 3-2 to'liq LEA chiqishi). Genlar PRKCD (Etcheberriga-ray va boshq., 2004; Conboy va boshq., 2009), RAC1 (Haditsch va boshq., 2009; Oh va boshq., 2010), LIMK1 (Todorovski va boshq., 2015) va CDC42 ( Kim va boshq., 2014; Zhang va boshq., 2016) xotira bilan kuchli aloqalarga ega edi. Tegishli salbiy korrelyatsiya qilingan nomzod genlari uchun barcha 10 genning xotiradagi rolini tasdiqlovchi kuchli dalillar mavjud edi. Bularning barchasi xotira ishlashi bilan bog'liq bo'lgan histon H4 oqsilini kodlaydigan genlar edi (Peleg va boshq., 2010). Keksa sichqonlarda giston H4 atsetilatsiyasining tartibga solinishi xotira buzilishi bilan bog'liq edi va bu tartibga solishning qayta tiklanishi ularning xotirasini yaxshiladi.

Shakl 4. Subkortikal xotira uchun boyitish xaritasi vizualizatsiyasi. Klasterlar ijobiy uchun P, salbiy uchun N bilan etiketlanadi. Gen to'plami klasterlari xotira bilan bog'liqligi aniqlandi. Ijobiy klasterlar sinaptik uzatish, uzoq muddatli plastisiya, glutamat signalizatsiyasi va neyrit morfogenezi bilan bog'liq edi. Salbiy klasterlar transkripsiya va translatsiya va glial hujayralar differentsiatsiyasida ishtirok etadigan gen to'plamlarini o'z ichiga oladi. GSEA Pre-ranked dan toʻliq chiqish uchun kengaytirilgan maʼlumotlar rasmiga qarang 4-1.

Subkortikal xotira uchun barcha 10 ta ijobiy korrelyatsiya qilingan genlar avval xotira funktsiyasida ishtirok etgan (4-jadval; Kengaytirilgan ma'lumotlar jadvalidagi 4-1 subkortikal xotira genlarining to'liq ro'yxati va adabiyotlarni ko'rib chiqish; LEA natijalari Kengaytirilgan ma'lumotlar jadvalida 4-2). CDK5, NLGN1, RAB3A, STX1A, SNCA, SYT1 va UNC13A genlari xotira bilan qattiq bog'langan (Fujiwara va boshq., 2006; Yang va boshq., 2007; Liu va boshq., 2009; Guan va boshqalar, 2011; Kokhan. va boshq., 2012; Bie va boshq., 2014; Mishiba va boshqalar, 2014; Böhme va boshq., 2019). 10 ta salbiy korrelyatsiya qilingan nomzod genlaridan ettitasi ularni xotiraga ta'sir qiladigan zaif dalillarga ega edi. Bular ribosoma bo'linmalarini kodlovchi genlar bo'lib, ular yaxshi namoyon bo'ladigan kemiruvchilarda farqlanadi.xotiraishlash (Vang va boshq., 2003; Kong va boshq., 2009; Winbush va boshq., 2012; Katz va Lamprecht, 2015; Oka va boshq., 2016; Zhang va boshq., 2018).