Buyuk Britaniyada nevrologik takroriy kengayish kasalliklari diagnostikasi uchun butun genom ketma-ketligi: retrospektiv diagnostika aniqligi va istiqbolli klinik tekshirish tadqiqoti

Qo'shimcha ma'lumot uchun:ali.ma@wecistanche.com

Xulosa

Fon

Takroriy kengayish buzilishlari taxminan 3000 kishidan 1 nafariga ta'sir qiladi va qisqa tandem DNK takrorlarining kengayishi natijasida kelib chiqqan klinik jihatdan heterojen kasalliklardir. Genetika tekshiruvi ko'pincha lokalizatsiyaga xos bo'lib, atipik klinik ko'rinishga ega bo'lgan odamlarga, ayniqsa, oldingi ijobiy oilaviy tarixga ega bo'lmagan bolalarga tashxis qo'yishga olib keladi. Butun genom ketma-ketligi boshqa noyob genetik kasalliklar uchun birinchi darajali test sifatida tobora ko'proq foydalanilmoqda va biz uning samaradorligini bemorlarni tashxislashda baholashni maqsad qildik.nevrologiktakroriy kengayish buzilishlari.

Usullari

Biz bilan bog'liq bo'lgan eng keng tarqalgan takroriy kengayish lokuslarini aniqlash uchun butun genom ketma-ketligining diagnostik aniqligini retrospektiv baholadik.nevrologikNatijalar (AR, ATN1, ATXN1, ATXN2, ATXN3, ATXN7, C9orf72, CACNA1A, DMPK, FMR1, FXN, HTT va TBP) Angliyada Milliy sog'liqni saqlash xizmatida gumon qilingan bemorlardan olingan namunalar yordamidanevrologikbuzilishlar; oldingi PCR test natijalari mos yozuvlar standarti sifatida ishlatilgan. Takroriy kengayishlarni aniqlash uchun butun genom ketma-ketligining klinik aniqligi 2013-17 yillarda Buyuk Britaniyadagi 100 000 Genomlar loyihasiga jalb qilingan, genetik jihatdan shubha qilingan, ilgari genetik jihatdan sinovdan o'tgan va tashxis qo'yilmagan bemorlarda prospektiv tarzda tekshirildi.nevrologikbuzilish (ataksiyaning oilaviy yoki erta boshlangan shakllari, neyropatiya, spastik paraplegiya, demans, motor neyron kasalligi,parkinsonizmharakatbuzilishlar, aqliy zaiflik yoki nerv-mushak kasalliklari). Agar butun genom ketma-ketligi yordamida takroriy kengaytirish chaqiruvi qilingan bo'lsa, natijani tasdiqlash uchun PCR ishlatilgan.

Topilmalar

Takroriy kengayishlarni aniqlash uchun butun genom ketma-ketligining diagnostik aniqligi ilgari NHS doirasida 404 bemordan o‘tkazilgan 793 PCR testiga nisbatan baholandi. Butun genom ketma-ketligi 221 kengaytirilgan alleldan 215 tasini va kengaytirilmagan 1321 alleldan 1316 tasini to'g'ri tasnifladi, bu 97 · 3% sezgirlikni (95% CI 94 · 2–99 · 0) va 99 · 6 foiz o'ziga xoslikni (99 · 1–99) ko'rsatdi. ·9) PCR testi natijalari bilan solishtirganda kasallik bilan bog'liq bo'lgan 13 ta lokus bo'ylab. 100 000 Genomlar loyihasidagi 11 631 nafar bemordan olingan namunalarda butun genom ketma-ketligi 81 ta takroriy kengayishni aniqladi, ular ham PCR bilan sinovdan o‘tkazildi: 68 tasi to‘liq patogen diapazonda takroriy kengayish sifatida tasdiqlandi, 11 tasi bo‘lmagan. -patogen oraliq kengayishlar yoki almashtirishlar va ikkitasi kengaytirilmagan takrorlar edi (16 foiz yolg'onni aniqlash darajasi).

Izoh

Bizning tadqiqotimizda takroriy kengayishlarni aniqlash uchun butun genom ketma-ketligi yuqori sezuvchanlik va o'ziga xoslikni ko'rsatdi va bu aniqlanishiga olib keldi.nevrologikilgari aniqlanmagan bemorlarda kengayish buzilishlarini takrorlash. Ushbu topilmalar klinik laboratoriyalarda to'liq genom ketma-ketligini qo'llashni qo'llab-quvvatlaydi.nevrologiktakroriy kengayish buzilishi bilan mos keladigan taqdimot.

Moliyalashtirish

Tibbiy tadqiqot kengashi, Sog'liqni saqlash va ijtimoiy yordam departamenti, Angliya Milliy sog'liqni saqlash xizmati, Sog'liqni saqlash tadqiqotlari milliy instituti va Illumina.

Kirish

So'nggi paytlarda noyoblarning genetik asoslarini tushunishimizdagi yutuqlarga qaramaynevrologikbuzilishlar, bunday kasalliklarga chalingan bemorlarning 70 foizigacha genetik jihatdan aniqlanmagan. Bunday kengayishlar taxminan 3000 kishidan 1 nafariga ta'sir qilishi taxmin qilinadi (ilova p 1) va 40 dan ortiq neyrogenetik kasalliklarning asosiy sababidir4, jumladan, Xantington kasalligi va mo'rt X sindromi. Takroriy kengayish buzilishlari klinik va genetik jihatdan heterojendir va takroriy kengayish turli kasalliklar bilan bog'liq bo'lishi mumkin. Misol uchun, C9orf72 kengayishi amyotrofik lateral skleroz yoki frontotemporal demans sifatida namoyon bo'lishi mumkin.5 Turli xil lokuslarda takroriy kengayishlar ham o'xshash fenotipik xususiyatlarni keltirib chiqarishi mumkin, bu ularni klinik jihatdan ajratishni qiyinlashtiradi: kamida o'nta spinoserebellar ataksiya genida takroriy kengayishlar kattalar sifatida namoyon bo'ladi. -boshlangan ataksiya,6 va C9orf72 va ARdagilar motor neyron kasalligiga olib kelishi mumkin.7,8

Takroriy kengayish buzilishlari takrorlanuvchi qisqa tandem DNK ketma-ketliklari sonining ko'payishi natijasida yuzaga keladi va har bir buzilish uchun patogenlik chegaralari lokalizatsiyaga xosdir. Kengayish hajmi 30 dan kam takrorlashdan (masalan, CACNA1A da) bir necha ming takroriy birlikgacha (masalan, FMR1, DMPK, C9orf72 va FXN da, hajmi 5 kb gacha cho'zilishi mumkin) o'zgaradi. Takroriy kengayish molekulyar beqarorlikni namoyon qiladi, bu avlodlar va to'qimalarda takroriy o'lchamdagi o'zgarishlarga olib kelishi mumkin (umuman uzunligi oshadi). avlodlar.4 Bolalarda takroriy kengayish buzilishlarining boshlanishi o'ziga xos fenotipik belgilarsiz ko'p tizimli sindromlar sifatida namoyon bo'lishi mumkin9 va shuning uchun bu kasalliklarga chalingan bolalar, agar oilada takroriy kengayish buzilishi mavjud bo'lsa, ular mavjud bo'lgandan ko'ra ko'proq tashxis qo'yilmaydi.10– 12

Takroriy kengayishlarni laboratoriya baholash odatda PCR-ga asoslangan yoki Southern blot usullaridan foydalangan holda shubhali klinik tashxisga asoslangan individual lokusni maqsadli molekulyar baholash bilan cheklanadi, bu qimmat va vaqt talab qilishi mumkin. Bundan tashqari, ushbu kasalliklarning turli xil va bir-biriga mos keladigan fenotipik xususiyatlari tufayli, kasallik bilan bog'liq takroriy kengayish joylari tekshirilmagan bo'lib qolishi mumkin.14

Butun genom ketma-ketligi kam uchraydigan kasalliklarga chalingan bemorlarda birinchi darajali diagnostika vositasi sifatida paydo bo'ladi15, ammo yaqin vaqtgacha takroriy kengayishlarni o'z ichiga olgan lokuslarni baholash imkoniyati cheklangan deb hisoblangan.16 Biroq, bioinformatikadagi yutuqlar kasallikni aniqlash imkonini berdi. -keyingi avlod ketma-ketligi ma'lumotlaridan takroriy kengayishlarga sabab bo'ladi.17-22 Bu erda biz retrospektiv PCR ma'lumotlaridan foydalangan holda takroriy kengayishlarni aniqlash uchun butun genom ketma-ketligi yondashuvining diagnostik bahosi va uning 100000 genom loyihasidagi bemorlarda klinik tekshiruvi haqida xabar beramiz. oldingi genetik tekshiruvdan o'tkazilmagan, nevrologik kasallikka shubha qilingan.

Usullari

Tadqiqot dizayni va ishtirokchilar

Takroriy kengayishlarni aniqlash uchun butun genom ketma-ketligini baholash diagnostik aniqlik va klinik aniqlikni baholashni o'z ichiga oladi. Diagnostika aniqligi nevrologik kasalliklarga olib kelishi ma'lum bo'lgan takroriy kengayishlar uchun ilgari PCR tomonidan sinovdan o'tgan bemorlarning ma'lumotlari yordamida baholandi.4 Bemorlar ikkita manbadan aniqlandi: 100 000 Genomlar loyihasi va Kembrij universiteti kasalxonalarida joylashgan genomik laboratoriya ( Kembrij, Buyuk Britaniya). Ikkala bemorlar to'plami uchun muntazam klinik baholashning bir qismi sifatida Milliy sog'liqni saqlash xizmati (NHS) laboratoriyalari tomonidan bemor namunalarida PCR testlari o'tkazildi: 100000 genom loyihasidagi namunalar uchun PCR testlari loyihaga jalb qilinishidan oldin o'tkazildi. Universitet kolleji London kasalxonasi Neyrogenetik laboratoriyasi (London, Buyuk Britaniya); PCR tomonidan tasdiqlangan takroriy kengayishlarga ega namunalar Kembrijdagi Genomik laboratoriya tomonidan sinovdan o'tgan bemorlardan olingan. Takroriy kengayish buzilishlari uchun PCR-musbat va PCR-salbiy test natijalari bo'lgan bemorlar laboratoriya qayd tizimlari orqali tadqiqotimizga qo'shilish uchun aniqlandi; barcha bemorlar klinik xizmatni optimallashtirish va tekshirishning bir qismi sifatida sifatni ta'minlash, tadqiqot va o'qitish maqsadlarida namunalaridan foydalanishga yozma ravishda xabardor qilingan rozilik bergan.

Har bir namunaning butun genom ketma-ketligi ikkita laboratoriyadan birida amalga oshirildi: Genomics England (Hinxton, Buyuk Britaniya) 100000 Genom loyihasi namunalari (n=254) va Illumina Clinical Services Laboratory (ICSL; San-Diego, CA, AQSh) Kembrijdagi Genomik laboratoriya tomonidan olingan namunalar uchun (n=150). Umuman olganda, ushbu ma'lumotlar to'plami tadqiqotning diagnostik aniqligi uchun ishlatilgan va 404 bemorning PCR va butun genom ketma-ketligi ma'lumotlaridan iborat bo'lib, eng keng tarqalgan nevrologik kengayish kasalliklarini ifodalovchi 13 ta joyni qamrab olgan: ataksiya va kechikish bilan bog'liq bo'lgan 11 joy. boshlangan neyrodegenerativ kasalliklar (HTT, AR, ATN1, ATXN1, ATXN2, ATXN3, ATXN7, CACNA1A, TBP, C9orf72 va FXN), bitta aqliy nogironlik (FMR1) bilan bog'liq bo'lgan joy va miyotonik distrofiya (DMPK) bilan bog'liq bitta joy. Har bir lokus uchun kamida bitta kengaytirilgan allel uchun PCR test ma'lumotlari mavjud edi (ilova p 24).

Klinik aniqlik genetik nevrologik kasalliklarga shubha qilingan (oilaviy yoki erta boshlangan ataksiya shakllari, neyropatiya, spastik paraplegiya, demans) bo'lgan bemorlarda PCR tasdiqlanganidan keyin shubhali klinik tashxis bilan butun genom ketma-ketligi bilan aniqlangan takroriy kengayishlarning muvofiqligini tekshirish orqali baholandi. , motor neyron kasalligi,parkinsonizmharakat buzilishlari, intellektual nogironlik yoki nerv-mushak kasalliklari) 2013-17 yillarda 100000 genom loyihasiga jalb qilingan. 100000 genom loyihasi - noyob kasalliklar va saraton kasalliklarida qoniqtirilmagan diagnostika ehtiyojlari bo'lgan bemorlarda butun genom ketma-ketligi qiymatini baholash uchun Buyuk Britaniya dasturi. Sharqiy Angliya Kembrij Janubiy Tadqiqot Etika qo'mitasi tomonidan 100000 Genom loyihasi uchun axloqiy ma'qullangandan so'ng (14/EE/1112 havolasi), shu jumladan ma'lumotlarni tahlil qilish va diagnostika natijalarini bemorlarga qaytarish uchun bu bemorlar tibbiyot xodimlari va tadqiqotchilar tomonidan ishga qabul qilindi. Angliyadagi 13 genomik tibbiyot markazlari va agar ular yoki ularning vasiylari tadqiqotda, shu jumladan ushbu tadqiqotda foydalanish uchun namunalari va ma'lumotlari uchun yozma rozilik bergan bo'lsa, loyihaga ro'yxatdan o'tgan. Probandlar va, agar iloji bo'lsa, boshqa oila a'zolari noyob kasallik holatlari uchun belgilangan muvofiqlik mezonlariga muvofiq ro'yxatga olingan (5-11-ilovalar). Bemorlar muvofiqlik mezonlarida ko'rsatilganidek, NHSda standart genetik tekshiruvdan so'ng 100000 Genom loyihasiga jalb qilindi. Standartlashtirilgan boshlang'ich klinik ma'lumotlar Inson Fenotiplash Ontologiyasi (HPO)23 yordamida kasallikka xos ma'lumotlar modellariga qarshi qayd etildi.24 Sinov uchun probandning klinik ko'rsatkichiga nisbatan oila a'zolarining kasallik holati ham to'plangan.

Genetik jihatdan aniqlanmagan kasalliklarga chalingan bemorlarda takroriy kengayishlarni aniqlash uchun biz takroriy kengayish kasalligiga mos keladigan genetik kasalliklarga shubha qilingan bemorlarni sinovdan o'tkazdik. Bemorlar ularning kasalliklari va takroriy kengayish bilan bog'liq kasalliklar bilan HPO shartlarining muvofiqligi asosida tanlangan. Bemorlarning butun genom ketma-ketligi ma'lumotlari klinik xususiyatlariga ko'ra to'rt xil takroriy kengaytirish panellari yordamida ma'lum takroriy to'plamlarda kengayishlarni izlash uchun so'roq qilindi (5-ilova). Ushbu panellarga kiritish uchun tanlangan takroriy kengaytmalar eng keng tarqalgan nevrologik kasalliklarni keltirib chiqaradigan takroriy kengayish joylari hisoblanadi. Bir nechta takroriy kengayish buzilishi bilan potentsial mos keladigan klinik xususiyatlarga ega bemorlar bir nechta panellarda sinovdan o'tkazildi. Agar butun genom ketma-ketligi yordamida takroriy kengaytirish chaqiruvi qilingan bo'lsa, PCR tomonidan tasdiqlovchi test o'tkazildi.

Tasdiqlangan takroriy kengayishi bo'lgan har bir bemor uchun mahalliy klinisyenga potentsial diagnostika natijasi haqida ma'lumot berildi va takroriy kengayishning bemorning klinik xususiyatlariga qo'shgan hissasi baholandi. Bemorning klinik xususiyatlarini to'liq yoki qisman tushuntirib beradigan takroriy kengaytmalar uchun mahalliy standart protseduralarga muvofiq diagnostika hisoboti chiqarildi.

Protseduralar

Tadqiqotimizning diagnostik aniqligi qismida foydalanilgan NHS tarixiy namunalari uchun takroriy kengaytmalar ilgari PCR kuchaytirilishi va parcha tahlili yordamida sinovdan o'tgan. Katta C9orf72 kengaytmalari uchun janubiy blot amalga oshirildi. Tadqiqotimizning klinik aniqlik qismida 100 000 Genomlar loyihasidagi bemorlarda butun genom ketma-ketligi bilan aniqlangan takroriy kengayishlar NHS genetik laboratoriyalarida saqlangan namunalarda PCR orqali sinovdan o'tkazildi. Qo'shimcha tafsilotlar, jumladan, primer ketma-ketligi ilovada keltirilgan (2-3, 25-26-betlar).

TruSeq DNK PCR-Free kutubxonasi yordamida DNK butun genom ketma-ketligi uchun tayyorlangan va 150 bp yoki 125 bp juft uchli ketma-ketlik Genomics England uchun yuqori o'tkazuvchanlik genomlari bo'limida HiSeq 2000 yoki HiSeq X platformalarida va ICSL da amalga oshirilgan. . Genomlar o'rtacha 35 × (31 × 37 ×; ilova p 27) chuqurlikda ketma-ketlashtirildi. Qisqa tandem-takroriy genotiplash ExpansionHunter dasturiy ta'minot paketining 3.1.2.25,26 versiyasi yordamida amalga oshirildi. Qisqasi, ExpansionHunter har ikkala allelning o'lchamini aniqlash uchun oldindan belgilangan qisqa tandem takrorlar to'plami bo'ylab ketma-ketlikni o'qishni qayta tartibga soladi (3-ilova).

ExpansionHunter chiqishi har bir baholangan joy uchun takroriy elementlar soni, umumiy o'lcham va ishonch chegarasini baholashni o'z ichiga oladi. Tibbiy Patologiya Assotsiatsiyasi va Amerika Patologlar Kollejining ko'rsatmalari yuqori o'tkazuvchanlikdagi ketma-ketlik variantlarini muntazam baholashda variant chaqiruvlarini vizual tekshirishni tavsiya qiladi.27

Biroq, qisqa tandem takrorlash variantlarini Integrative Genomics Viewer kabi umumiy vizualizatsiya vositalari bilan yetarli darajada tasavvur qilib bo‘lmaydi. ExpansionHunter genotiplari (ilova 3, 15-bet). To'planish grafigini vizual tekshirish barcha genom sekvensiyasi qisqa tandem takroriy chaqiruvlarida allellar uchun ExpansionHunter bashorati har bir o'qishda to'liq o'z ichiga olganligini tasdiqlash uchun amalga oshirildi (ya'ni, takrorlash ketma-ketligi ketma-ketlikni o'qish uzunligidan kichikroq edi); monoalel yoki biallelik kengayish mavjudligini tasdiqlash; taxminiy noto'g'ri-musbat qo'ng'iroqlarni aniqlash; va FXN kabi biallelik takroriy kengayishlarda noto'g'ri-salbiy allellarni aniqlash uchun (ilova 4, 16).

ExpansionHunter to'liq yoki qisman qisqa tandem takrorini o'z ichiga olgan ketma-ketlik o'qishlarini tahlil qilish orqali butun genom ketma-ketligi ma'lumotlaridan takroriy o'lchamni taxmin qiladi. Qisqa tandem takroriy allel o'qish uzunligidan qisqaroq bo'lsa, ExpansionHunter aniq o'lchamni taxmin qiladi; agar qisqa tandem takrorlash alleli o'qilgan uzunlikdan uzunroq bo'lsa, ExpansionHunter joylashuv ketma-ketligi tarkibi, ketma-ketlik chuqurligi va ketma-ketlik sifatiga qarab, CI ichidagi takrorlash hajmini baholaydi.

Statistik tahlil

Agar ExpansionHunter tomonidan bashorat qilingan o'lcham premutatsiya chegarasidan yuqori bo'lsa, takrorlanishlarni butun genom ketma-ketligi bo'yicha kengaytirilgan yoki bashorat qilingan o'lcham chegaradan past bo'lsa, kengaytirilmagan deb tasnifladik (28-ilova).

Butun genom ketma-ketligini takroriy kengayishni aniqlash uchun sezuvchanlik va CI'lar kengaytirilgan takroriy takrorlangan ilgari PCR tomonidan tasdiqlangan allellar orasida kengaytirilgan takroriy allellar nisbati sifatida hisoblab chiqilgan. O'ziga xoslik PCR tomonidan ilgari sinovdan o'tkazilgan kengaytirilmagan takrorlar orasida kengaytirilmagan allellarning ulushi sifatida baholandi. Statistik formulalarning to'liq tavsifi ilovada keltirilgan (1-bet).

PCR bo'yicha takroriy o'lchamlarni butun genom ketma-ketligi bo'yicha takroriy o'lchamli taxminlar bilan solishtirish uchun PCR-miqdori aniqlangan allellar barcha 13 qisqa tandem takroriy lokuslar bo'ylab o'qish uzunligidan qisqaroq allellar uchun ExpansionHunter tomonidan bashorat qilingan takroriy o'lchamlar bilan taqqoslandi. Muvofiqlik ExpansionHunter tomonidan bashorat qilingan takroriy o'lchamlarning ulushi bo'yicha hisoblab chiqilgan va ular PCR-miqdori bo'yicha aniqlangan o'lchamga mos keladi, bunda plyus yoki minus bir takrorlashning PCR xatosi hisobga olingan. Statistik tahlil R statistik dasturiy ta'minot 3.6.3 versiyasi yordamida amalga oshirildi.

Moliyalashtirish manbasining roli

Tadqiqot dizayni, bemorlarni ro'yxatga olish, ma'lumotlarni to'plash va ketma-ketlikni Genomics England xodimlari va akademik tadqiqotchilar olib borishdi. Illumina xodimlari butun genom ketma-ketligi diagnostik aniqligini o'rganishning rejalashtirilgan komponenti sifatida 150 ta bemor namunalarini ketma-ketlashtirishni amalga oshirdilar va ExpansionHunterni ishlab chiqdilar. Genomics England xodimlari, akademik tadqiqotchilar va hammualliflar RTH, ED va MAE 100 000 Genomlar loyihasiga jalb qilingan bemorlarda takroriy kengayishlarni tahlil qilish va talqin qilishdi. Ma'lumotlarni sharhlash yoki hisobotni yozishda moliyalashtirish manbalari hech qanday rol o'ynamagan.

Natijalar

Takroriy kengayishlarni aniqlash uchun butun genom ketma-ketligining diagnostik aniqligi 404 bemordan NHS doirasida ilgari o'tkazilgan 793 PCR testiga nisbatan baholandi (64 bemor bir nechta takroriy sinovdan o'tkazildi; 1-rasm). Ushbu testlardan 183 tasi kengaytirilgan takroriy va 610 tasi PCR orqali takroriy kengaytmaga ega bo'lmagan deb tasniflangan, bu esa 13 ta kasallik o'chog'i bo'yicha jami 221 ta kengaytirilgan va 1321 ta kengaytirilmagan individual allellarni keltirib chiqargan (ilova 24, 28). Butun genom sekvensiyasi PCR testi natijalari bilan solishtirganda 221 kengaytirilgan alleldan 215 tasini va kengaytirilmagan 1321 alleldan 1316 tasini to'g'ri tasnifladi (ilova 27, 29-bet), boshlang'ich sezgirlikni 97·3 foiz (95% CI 94·2–99) ko'rsatdi. ·0) va o'ziga xosligi 99·6 foiz (99·1–99·9; 1-jadval). O'qish sifatiga asoslangan barcha qo'ng'iroqlarni vizual tuzatishdan so'ng, sezgirlik 99 · 1 foizga (96 · 8–99 · 9) va o'ziga xoslik 100 foizga (99 · 7–100; 2A-rasm, 1-jadval) oshdi. Kengaytirilgan allellarning vizualizatsiyasi noto'g'ri-ijobiy natijalarni aniqlashga va FXNdagi barcha noto'g'ri-salbiy allellarni qayta tasniflashga imkon berdi, ulardan faqat bittasi bialel kengayishi bilan namunalarda kengaytirilgan deb to'g'ri tasniflangan (ilova 17, 18).

Takrorlash uzunligi 509 ta PCR testida 13 ta takroriy kengayish lokuslari bo'ylab 945 allelni so'roq qilishda PCR orqali aniqlandi. ExpansionHunter va PCR o'rtasidagi o'lchovlar ketma-ketligini o'qish uzunligidan (ya'ni, 150 bp) qisqaroq va kattaroq takroriy o'lchamlar uchun korrelyatsiyalar ilovada ko'rsatilgan (19-ilova). PCR va ExpansionHunter o'rtasida 92·7 foiz (902 dan 836 tasi) kelishuvi bilan o'qish uzunligidan qisqaroq takrorlashlarda yuqori muvofiqlik kuzatildi. Lokus o'zgaruvchanligi ATXN2, ATXN7, CACNA1A va HTT uchun ExpansionHunter va PCR o'rtasida yuqori muvofiqlik va DMPK yoki TBP uchun past muvofiqlik kuzatildi (30-ilova). O'qish uzunligidan kattaroq allellarning uzunligi ExpansionHunter tomonidan kam baholandi, bu DMPK, FMR1 va FXN da qo'ng'iroq qilishning aniqligiga ta'sir qildi (2B-rasm, 19, 31-ilovalar).

ExpansionHunter FMR1, DMPK, C9orf72 va FXN da (29-ilova) katta kengaytirilgan allellarni to‘g‘ri aniqlay olgan bo‘lsa-da, prognoz qilingan o‘lchamlar PCR yordamida olinganidan pastroq bo‘lgan, chunki takroriy o‘lcham patogen diapazonda oshgan, bu esa ko‘rsatkichlarga ta’sir qilgan. DMPK, C9orf72 va FXNda katta va kichik kengayishlarni yoki FMR1da to'liq kengayish va almashtirishlarni farqlash qobiliyati (31-ilova). Misol uchun, FMR1da 200 takrordan kattaroq va to'liq mutatsiya sifatida tasniflangan PCR tomonidan baholangan takroriy uzunligi bo'lgan lokuslar ExpansionHunter tomonidan 92·6 (SD 17·8; ilova p 31) tomonidan baholangan o'rtacha takroriy o'lchamga ega edi.

Ilgari sinovdan o'tgan va genetik tashxis qo'yilmagan bemorlarning tashxisini hal qilish uchun butun genom ketma-ketligi orqali takroriy kengayishni aniqlash qobiliyatini sinab ko'rish uchun biz 100000 Genom loyihasiga jalb qilingan irsiy nevrologik kasallikka shubha qilingan 11 631 bemorlarni sinovdan o'tkazdik (1-rasm). Butun genom ketma-ketligi ma'lumotlari bemorning klinik xususiyatlariga ko'ra to'rt xil takroriy kengaytirish paneli yordamida baholandi. To'rtta panelning har biri bilan sinovdan o'tgan bemorlarning soni 2-jadvalda ko'rsatilgan.

Umuman olganda, biz 1{6}}5 bemordan olingan namunalarda takroriy kengayishlarni aniqladik va vizual tarzda tasdiqladik (2-jadval, 2-ilova 0, 33). Ulardan 81 tasi PCR orqali tasdiqlovchi test uchun mavjud boʻlib, 68 tasi takroriy kengayish (0·6 foiz rentabellik) ekanligi tasdiqlandi: A paneldagi 3692 tadan 45 tasi (1·2 foiz), sakkiztasi ({ B panelidagi 2743 tadan {18}}·3 foiz ), C panelidagi 860 sonidan besh (0·6 foiz ) va D panelidagi 6731 tadan o‘ntasi (0·1 foiz ). 81 ta kengaytirish chaqiruvidan 13 tasi patogen takroriy kengayishlar sifatida tasdiqlanmagan (16 foiz yolg'on kashfiyot darajasi). Ulardan ikkitasi ATXN1 va ATXN2-da kengaytirilmagan allellar, to'rttasi FMR1 oraliq o'lchamli chaqiruvlar (ilova p 21) va ettitasi FMR1 almashinuvi edi.

PCR tomonidan tasdiqlangan takroriy kengayishi bo'lgan 68 bemorning klinik ma'lumotlari, shu jumladan ularning klinik ko'rinishlari, aniqlangan takroriy kengayish va takroriy kengayishning bemorning klinik xususiyatlariga qo'shgan hissasi 3-jadvalda keltirilgan; HPO shartlari, ExpansionHunter tomonidan hisoblangan takrorlash hajmi va diagnostika hisoboti chiqarilgan-berilmaganligi ilovada keltirilgan (33-bet).

A paneli bilan sinovdan o'tgan bir-biriga o'xshash turli xil klinik ko'rinishlari bo'lgan bemorlarda kengayish kuzatildi (3-jadval, 22-ilova), shu jumladan levodopaga javob beradigan erta boshlangan Parkinson kasalligi va progressiv serebellar ataksiya bilan og'rigan bemorda ATXN2 takroriy kengayishi. , va Charcot-Marie-Tooth kasalligi bilan klinik tashxis qo'yilgan to'rtta bemorda AR kengayishi, shu jumladan genetik jihatdan tasdiqlangan demyelinizatsiya qiluvchi neyropatiya (ya'ni, Charcot-Marie-Tish kasalligi 1-toifa, bemor 42; ilova p 33). Patogen takroriy kengayishi bo'lgan bemorlarda oldingi klinik tashxislarning keng doirasi kuzatilgan.

Misol uchun, amyotrofik lateral skleroz yoki boshqa motor neyron kasalliklari bo'lgan ettita bemorda AR (n=4) va C9orf72 (n=3) kengayishlari aniqlangan. Irsiy ataksiyaga shubha qilingan bemorlarda biz ishga qabul qilish vaqtida NHS doirasida muntazam diagnostika ishlarining bir qismi sifatida baholanmagan joylarda kengayishlarni aniqladik, jumladan ATN1, ATXN2, ATXN3, ATXN7, CACNA1A, FXN, TBP va HTT ( jadval 3). Shuningdek, biz muqobil takroriy kengayish kasalliklariga mos keladigan klinik xususiyatlarga ega bo'lgan bemorlarda takroriy kengayishlarni aniqladik, jumladan, erta boshlangan va oilaviy Parkinson kasalligida C9orf72 kengayishi (bemor 24, 3-jadval) va HTTda pasaytirilgan penetratsion diapazonda takroriy kengayishlar (38 ta takrorlash) harakat buzilishi, demans, ruhiy tushkunlik va nutq qiyinchiliklari bo'lgan ikki opa-singilda (44 va 45-bemorlar), bu takroriy kengayish kasalliklari tomonidan taqdim etilgan diagnostika qiyinligini ta'kidlaydi.

B paneli bilan sinovdan o'tgan sakkizta bolada katta CAG takroriy kengayishlari aniqlandi (3-rasm), ulardan ettitasi bemorning klinik xususiyatlarini to'liq tushuntirdi. Oltita bemorda ma'lumotli oilaviy tarix yo'q edi va ishga qabul qilish vaqtida klinik baholashning bir qismi sifatida takroriy kengaytirish testlari taklif qilinmagan (bemorlar 48-53; 3-jadval, 33-ilova). Ushbu bolalardan ikkitasi katta HTT kengaytmalarini olib bordi (90-100 CAG takrori). Shunisi e'tiborga loyiqki, bitta bola bu takrorlanishni oilada Xantington kasalligi bo'lmagan, ta'sirlanmagan ota-onadan meros qilib olgan. Oilaviy sinovlar davom etmoqda, ammo katta oilada pasaytirilgan penetratsion allel aniqlangan, bu takrorlash bir avlodda 60 dan ortiq takroriy birliklarga kengayganligini ko'rsatadi (bemor 52). Yozish vaqtida oilada hech kim Xantington kasalligining alomatlarini ko'rsatmagan va ota-onalar uchun genetik maslahat va testlar davom etmoqda. 5 yoshgacha bo'lgan ikkita bola ATXN7-da katta takroriy kengayishlarni amalga oshirdi va murakkab ko'p tizimli kasallikka duch keldi. Ushbu bolalardan biri (50 yoshli bemor) uchun ularning ota-onasi 100 000 genom loyihasiga kiritilganidan 2 yil o'tgach, yurish muammolarini ko'rsatdi. Xuddi shunday, 10 yoshli aqliy nuqsoni boʻlgan qizda ham ota-onasi ham taʼsirlanmagan deb belgilanganiga qaramay, ATXN2da 99-takroriy kengayish kuzatildi va 18 yoshli demans bilan ogʻrigan qizda ham 99-koʻtarildi. {19}}ATN1da kengayishni takrorlang (33-ilova).

DMPKda (C paneli) beshta kengayish aniqlandi, shu jumladan mushak distrofiyasi klinik tashxisi bo'lgan bolada va onada, distal miyopatiyaga shubha qilingan ikki aka-uka va tug'ma miyopatiyali o'smirda (bemorlar 54-58). To'qqiz nafar o'g'il va bir qizda FMR1 kengayishi (paneli D) aniqlandi va Fragile X sindromi tashxisi klinik xususiyatlarni to'liq yoki qisman tushuntirdi (bemorlar 59-68).

Munozara

Turli xil va bir-biriga o'xshash klinik xususiyatlar va o'ziga xos bo'lmagan klinik topilmalar tufayli sog'liqni saqlash sohasida takroriy kengayish kasalliklari diagnostikasi qiyin bo'lib, ularning yoshi va har bir keyingi avlodda og'irligi oshishi mumkin. Takroriy kengayish buzilishlari irsiy nevrologik kasalliklarning eng ko'p uchraydigan sabablaridan biridir.4 Shunga qaramay, bemorlarga etarli darajada genetik tekshiruv o'tkazilmaganligi yoki sababchi genetik variantlar hali topilmaganligi sababli tashxis qo'yilishi mumkin. Sinov yondashuvlari hozircha qismlarga bo'lingan va bemorlarda noto'g'ri takroriy kengayish lokusu sinovdan o'tkazilgan29 yoki klinik xususiyatlarning boshqa nevrologik genetik kasalliklar bilan o'xshashligi sababli boshqa variant uchun molekulyar test olishi mumkin.30

Butun genom ketma-ketligi noyob nevrologik kasalliklar uchun birinchi darajali diagnostika testi sifatida bir nechta sharoitlarda ishlatilgan, ammo ilgari takroriy kengayishlarni aniqlash qobiliyati past deb hisoblangan.16 Butun genomdan takroriy kengayishlarni aniqlash uchun bir nechta vositalar ishlab chiqilgan. tadqiqot muhitida ketma-ketlik 31, ammo bu yondashuvlarning hech biri bitta sog'liqni saqlash xizmatida ko'p sonli bemorlardan to'plangan butun genom ketma-ketligi ma'lumotlariga tatbiq etilmagan. Biz butun genom ketma-ketligidan takroriy kengayishlarni aniqlash uchun mo'ljallangan algoritm kasallikning eng keng tarqalgan takroriy kengayishlarini ishonchli baholashi va nevrologik kasalliklarga chalingan bemorlarning katta guruhida ilgari genetik jihatdan aniqlanmagan holatlarni hal qilishi mumkinligi haqida dalillarni taqdim etamiz. Natijalarimiz shuni ko'rsatadiki, butun genom ketma-ketligi kengaytirilmagan va kengaytirilgan allellarni 13 takroriy kengayish joyi bo'ylab yuqori sezuvchanlik va o'ziga xoslik bilan ajrata oladi (ularni vizual tekshirish orqali yanada yaxshilash mumkin), o'qish uzunligidan kichikroq allellarning hajmini aniq hisoblashi mumkin. , va FMR1, DMPK, FXN va C9orf72 da katta kengaytmalar hajmini kam baholay oladi.

Butun genom ketma-ketligi bo'yicha takroriy kengayishlarni aniqlash, ilgari klinik diagnostik genomik laboratoriyalarda oltin standart usullardan foydalangan holda olingan ijobiy va salbiy natijalarga nisbatan baholanganda, biz minimal 97 · 3 foiz sezgirlik va 99 · 6 foiz o'ziga xoslikni topdik. Bundan tashqari, biz o'qilgan to'plamni qo'lda tozalash orqali ham o'ziga xoslik, ham sezgirlikni yaxshilash mumkinligini ko'rsatdik, bu noto'g'ri-ijobiy natijalarni aniqlash va bialel kengayishi bo'lgan namunalarda noto'g'ri-salbiy allellarni qayta tasniflash imkonini beradi. FMR1 (panel D) uchun sinovdan o'tgan 6731 bemordan 124 ta qo'ng'iroqlar kengaytirilishi bashorat qilingan. Vizual tekshirish orqali biz 97 tasini noto‘g‘ri musbat sifatida chiqarib tashladik. Bu shuni ko'rsatadiki, 54 ta genom ketma-ketligi testlaridan 1 tasida potentsial noto'g'ri-musbat qo'ng'iroqni bekor qilish uchun vizual tekshirish kerak bo'lgan FMR1 chaqiruvi bo'ladi. FMR1 uchun noto'g'ri ijobiy qo'ng'iroqlar sonini kamaytirish uchun ExpansionHunter genotiplash usulini takomillashtirish bo'yicha ishlar davom etmoqda.

We show that repeat sizing is accurate for repeats smaller than the sequencing read lengths, and therefore that most non-expanded and premutation CAG repeat expansion disorder alleles can be sized accurately. These results are consistent with other studies showing a strong correlation between whole genome sequencing and PCR quantification of repeat lengths smaller than the sequencing read length.19,25,26 Whole genome sequencing expansion detection is limited in its sizing of alleles considerably larger than the read length, such as in Fragile X syndrome. We note that all FMR1 repeats previously classified by PCR as fully expanded (ie, >200 repeats) were classified by whole genome sequencing as permutation (50–200 repeats) in this study. Repeat size estimation for repeats larger than the read length is particularly important for loci in which the length of the repeat correlates with the disease clinical features. This includes DMPK, for which small expansions (50–150 repeats) cause mild myotonic dystrophy type 1 and large expansions (>1000 ta takrorlash) og'irroq kasallikni keltirib chiqaradi va spinoserebellar ataksiya turi 36 (NOP56), buning uchun 650 dan ortiq takrorlanishlar patogen hisoblanadi va 15-650 takroriy o'lchamlar oraliq va noaniq ahamiyatga ega variantlar hisoblanadi.

40 dan ortiq takroriy kengayish joylari aniqlangan; Ushbu lokuslarning ko'pchiligi yaqinda aniqlangan va hozirda ilgari tushuntirilmagan holatlar, jumladan neyropatiya bilan serebellar ataksiya va vestibulyar arefleksiya sindromi (RFC1) 32 va miyoklonik epilepsiya (SAMD12) bilan bog'liq.33 Eng keng tarqalgan nevrologik kasalliklarga olib keladigan takroriy kengayish joylari ijobiy va salbiy nazorat namunalari mavjudligi asosida tadqiqotimiz uchun tanlangan.

Bu erda taqdim etilgan topilmalar ExpansionHunter kengaytirilmagan allellarni har qanday takroriy kengayish joyida aniq tasniflashi kerakligini ko'rsatadi, agar kengaytirilmagan allellar o'qiladigan uzunlikdan kichikroq bo'lsa (ya'ni, 150 bp). Aksariyat takroriy kengayish joylari kengaytirilmaganda 150 bp dan kichik allellarga ega bo'lsa-da, kengaytirilmagan allel hajmi 150 bp ga yaqin bo'lgan ba'zi lokuslar (masalan, NOTCH2NLC)34 bu yondashuv yordamida genotip qilish qiyinroq bo'lishi mumkin. Kengaytirilgan takrorlash o'qish uzunligidan sezilarli darajada katta bo'lgan lokalizatsiya uchun butun genom sekvensiyasi patogen kengayishlarni aniqlashi mumkin (masalan, NOP56,35 RFC120,32). Rivojlanayotgan uzoq o'qiladigan ketma-ketlik texnologiyalari katta kengayishlarni genotiplashda qo'shimcha yondashuvlarni taklif qilishi mumkin.36

100 000 Genomlar loyihasiga jalb qilingan 11 631 tashxis qoʻyilmagan bemorlarda butun genom ketma-ketligidan foydalangan holda takroriy kengayishlarni baholash 68 nafar bemorni tushuntirish natijalariga ega boʻldi. Bemorlar standart genetik tekshiruvdan so'ng 100 000 Genomlar loyihasiga jalb qilindi; shu sababli, ushbu kogortda aniqlangan takroriy kengayishlar ulushi FXN yoki DMPK kabi takroriy kengayish kasalliklari uchun lokalizatsiyaga xos testlarni o'z ichiga olgan standart NHS testidan diagnostika samaradorligining oshishini anglatadi. Shunisi e'tiborga loyiqki, bemorning klinik xususiyatlariga ko'ra ba'zi tashxislar, jumladan, oilada takroriy kengayish buzilishining ma'lum tarixi bo'lmagan olti nafar pediatrik bemorlarga asoslanib shubha qilinmadi. Ushbu tadqiqotda tasvirlangan pediatrik bemorlarda butun genom ketma-ketligi bilan bashorat qilingan o'rtacha takroriy kengayish o'lchamlari kattalardagi o'rtacha ko'rsatkichdan sezilarli darajada kattaroqdir, bu kattaroq kengayish hatto bolalarda ham erta va og'irroq boshlanishi bilan bog'liq degan taxminga mos keladi. Qo'shimcha ish talab etiladi, ammo bu topilma shuni ko'rsatadiki, patogenlikni yoshga bog'liq va takroriy o'lchamga bog'liq baholash kattalar uchun xavf allellarini aniqlashning potentsial xavfini kamaytirish orqali pediatrik tashxisni qo'llab-quvvatlashi mumkin, bu esa bolalarda istalmagan bashoratli testlarga olib keladi.

Bizning topilmalarimiz butun genom ketma-ketligi uchun klinik diagnostika ish oqimini yaratishga imkon beradi (23-ilova). Vizual tekshiruv noto'g'ri pozitivlarni aniqlash uchun kengaytirilgan deb tasniflangan barcha qo'ng'iroqlar uchun va faqat bitta kengaytirilgan allel aniqlangan bialel kengayishlari uchun amalga oshirilishini taklif qilamiz (masalan, FXN). Laboratoriyalarga ExpansionHunter-dan o'lchamni baholashga rioya qilmasdan kengayish mavjudligini baholash va sinov ish jarayonining standart komponenti sifatida tasdiqlovchi PCR testini o'tkazishni tavsiya qilamiz.

Kamdan-kam uchraydigan irsiy kasalliklar klinik xususiyatlarning keng doirasini o'z ichiga oladi, bu esa lokalizatsiyaga xos genomik testlarni samarasiz, mashaqqatli va qimmat qiladi. Biz klinik darajadagi butun genom ketma-ketligini, odatda, bitta baza, indeks yoki nusxa ko'chirish variantlari bilan namoyon bo'ladigan bir qator noyob nevrologik kasalliklarga tashxis qo'yish potentsiali endi takroriy kengayishlarga kengaytirilishi mumkinligi haqida dalillarni taqdim etamiz. Butun genom ketma-ketligi eng keng tarqalgan takroriy kengayishlarni aniqlay oladigan, shuningdek, ushbu shartlar bilan bog'liq bo'lgan genlardagi nuqta mutatsiyalarini va nusxa ko'chirish soni variantlarini bir vaqtning o'zida sinab ko'rish imkonini beradigan yagona testni ta'minlaganligi sababli, bu heterojen kasalliklarga chalingan bemorlarning ko'pini aniqlash imkoniyatini beradi. Lokusga xos test yordamida tashxis qo'yilmagan. Ushbu kasalliklar uchun yangi davolash usullari paydo bo'lgan davrda, erta aniqlash hal qiluvchi ahamiyatga ega bo'lishi mumkin.37 Bu natijalar klinik diagnostika laboratoriyalarida takroriy kengayishlarni aniqlash uchun butun genom ketma-ketligini amalga oshirishni qo'llab-quvvatlaydi, bu yondashuv allaqachon NHS Angliya Milliy Genomik tadqiqotlariga kiritilgan. Tashxis qo'yilmagan noyob nevrologik kasalliklarni tekshirish uchun sinov ma'lumotnomasi,38.

Ma'lumotnomalar

1 Ngo KJ, Rexach JE, Li H va boshqalar. Serebellar ataksiya va shunga o'xshash nevrologik kasalliklarda ekzoma ketma-ketligi uchun diagnostik shift. Hum Mutat 2020; 41: 487–501.

2 Lynch DS, Koutsis G, Tucci A va boshqalar. Gretsiyadagi irsiy spastik paraplegiya: keyingi avlod ketma-ketligi yordamida ilgari o'rganilmagan populyatsiyani tavsiflash. Eur J Hum Genet 2016; 24: 857–63.

3 Graziola F, Garone G, Stregapede F va boshqalar. Bolalarda boshlangan harakat buzilishlari uchun maqsadli keyingi avlod sekvensiyasi gen panelining diagnostik samarasi: 3- yillik kohort tadqiqoti. Front Genet 2019; 10: 1026.

4 Paulson H. Kengayish kasalliklarini takrorlang. Handb Clin Neurol 2018; 147: 105–23.

5 Gossye H, Engelborghs S, Van Broeckhoven C, van der Zee J. C9orf72 frontotemporal demans va / yoki amyotrofik lateral skleroz. Sietl, VA: Vashington universiteti, 2015 yil.

6 Klockgether T, Mariotti C, Paulson HL. Spinocerebellar ataksiya. Nat Rev Dis Primers 2019; 5:24.

7 Shakkottai VG, Fogel BL. Klinik neyrogenetika: autosomal dominant spinoserebellar ataksiya. Neurol Clin 2013; 31: 987–1007.

8 La Spada A. Orqa miya va bulbar mushaklar atrofiyasi. In: Adam MP, Ardinger HH, Pagon RA va boshqalar, tahrirlar. GeneReviews. Sietl, VA: Vashington universiteti, 1999 yil.

9 Gousse G, Natural H, Touraine R va boshqalar. Bolalikda erta boshlangan 7-turdagi spinoserebellar ataksiyaning o'limga olib keladigan shakli. Arch Pediatr 2018; 25: 42–44.

10 Ansorge O, Giunti P, Michalik A va boshqalar. 180 CAG takrori bilan infantil SCA7da ataxin-7 yig'ilishi va ubiquitinatsiyasi. Ann Neurol 2004; 56: 448-52.

11 Ramocki MB, Chapieski L, McDonald RO, Fernandez F, Malphrus AD. Bolalikda kognitiv regressiya bilan namoyon bo'ladigan 2-turdagi spinoserebellar ataksiya. J Child Neurol 2008; 23: 999–1001.

12 Mitchell N, LaTouche GA, Nelson B, Figueroa KP, Walker RH, Sobering AK. Bolalik davrida boshlangan spinoserebellar ataksiya 3: til distoni erta namoyon bo'lishi sifatida. Tremor Boshqa Giperkinetik Mov 2019; 13-sentabrda onlayn nashr etilgan.

13 Qush TD. Miyotonik distrofiya turi 1. In: Adam MP, Ardinger HH, Pagon RA va boshq. GeneReviews. Sietl, VA: Vashington universiteti, 2019 yil.

14 Aydin G, Dekomien G, Hoffman S, Gerding WM, Epplen JT, Arning L. SCA8, SCA10, SCA12, SCA36, FXTAS va C9orf72 takroriy kengayish chastotasi SCA bemorlarida eng keng tarqalgan SCA subtiplari uchun salbiy. BMC Neurol 2018; 18:3.

15 Turro E, Astle WJ, Megy K va boshqalar. Milliy sog'liqni saqlash tizimida noyob kasalliklarga chalingan bemorlarning butun genomlari ketma-ketligi. Tabiat 2020; 583: 96–102.

16 Eshli EA. Aniq tibbiyot tomon. Nat Rev Genet 2016; 17: 507–22.

17 Liu HY, Zhou L, Zheng MY va boshqalar. Noyob kasalliklarga duchor bo'lgan xitoylik oilalar guruhida butun genom ketma-ketligining diagnostik va klinik foydasi. Sci Rep 2019; 9: 19365.

18 Musaviy N, Shleizer-Burko S, Yanicky R, Gymrek M. Tandem takroriy kengayishlarning genom-keng landshaftini profillash. Nuklein kislotalari Res 2019; 47: e90.

19 Tankard RM, Bennett MF, Degorski P, Delatycki MB, Lockhart PJ, Bahlo M. Qisqa o'qilgan ketma-ketlik ma'lumotlari bilan ketma-ketlashtirilgan kogortalarda tandem takrorlarining kengayishlarini aniqlash. Am J Hum Genet 2018; 103: 858–73.

20 Rafehi ​​H, Szmulewicz DJ, Bennett MF va boshqalar. Bioinformatikaga asoslangan kengaytirilgan takroriy identifikatsiya: RFC1 da havola bo'lmagan intronik pentamer kengayishi CANVASni keltirib chiqaradi. Am J Hum Genet 2019; 105: 151–65.

21 Gross AM, Ajay SS, Rajan V va boshqalar. Klinik genom ketma-ketligida nusxa ko'chirish-raqam variantlari: noyob va tashxis qo'yilmagan kasalliklar uchun joylashtirish va izohlash. Genet Med 2019; 21: 1121–30.

22 Trost B, Engchuan W, Nguyen CM va boshqalar. Autizmda kengaygan tandem DNK takrorlarini genom bo'ylab aniqlash. Tabiat 2020; 586: 80–86.

23 Robinson PN, Kohler S, Bauer S, Seelow D, Horn D, Mundlos S. Inson fenotipi ontologiyasi: insonning irsiy kasalliklarini izohlash va tahlil qilish uchun vosita. Am J Hum Genet 2008; 83: 610–15.

24 Genomika Angliya. Kamdan kam uchraydigan kasalliklarning klinik ma'lumotlar modellari. 2018. https://www.genomicsengland.co.uk/?wpdmdl=5500 (2021-yil, 4-avgust).

25 Dolzhenko E, van Vugt JJFA, Shaw RJ va boshqalar. PCRsiz butun genom ketma-ketligi ma'lumotlaridan uzoq takroriy kengayishlarni aniqlash. Genome Res 2017; 27: 1895-903.

26 Dolzhenko E, Deshpande V, Schlesinger F va boshqalar. ExpansionHunter: qisqa tandem takroriy hududlardagi o'zgarishlarni tahlil qilish uchun ketma-ketlik grafikiga asoslangan vosita. Bioinformatika 2019; 35: 4754–56.

27 Roy S, Coldren C, Karunamurthy A va boshqalar. Keyingi avlod bioinformatika quvurlarini tasdiqlash bo'yicha standartlar va ko'rsatmalar: Molekulyar patologiyalar assotsiatsiyasi va Amerika patologlari kollejining qo'shma tavsiyasi. J Mol Diagn 2018; 20: 4–27.

28 Robinson JT, Thorvaldsdottir H, Winckler W va boshqalar. Integratsiyalashgan genomik tomoshabin. Nat Biotechnol 2011; 29: 24–26.

29 Schneider SA, van de Warrenburg BPC, Hughes TD va boshqalar. SCA17 oilasida Huntington kasalligiga o'xshash taqdimotning fenotipik bir xilligi. Nevrologiya 2006; 67: 1701–03.

30 Schneider SA, Qush T. Xantington kasalligi, Xantington kasalligining o'xshashligi va benign irsiy xorea: nima yangilik? Mov Disord Clin Pract 2016; 3: 342–54.

31 Bahlo M, Bennett MF, Degorski P, Tankard RM, Delatycki MB, Lockhart PJ. Qisqa o'qiladigan keyingi avlod ketma-ketligi bilan takroriy kengayishlarni aniqlashdagi so'nggi yutuqlar. F1000Res 2018; 7: 736.

32 Cortese A, Simone R, Sullivan R va boshqalar. RFC1 da intronik takrorlanishning bialel kengayishi kech boshlangan ataksiyaning keng tarqalgan sababidir. Nat Genet 2019; 51: 649–58.

33 Ishiura H, Doi K, Mitsui J va boshqalar. Katta yoshli oilaviy miyoklonik epilepsiyada intronik TTTCA va TTTTA ning kengayishi takrorlanadi. Nat Genet 2018; 50: 581–90.

34 Ishiura H, Shibata S, Yoshimura J va boshqalar. Neyronal intranuklear inklyuziya kasalligida, okulofaringodistal miyopatiyada va bir-biriga o'xshash kasallikda kodlanmagan CGG takroriy kengayish. Nat Genet 2019; 51: 1222–32.

35 Rafehi ​​H, Szmulewicz DJ, Papa K va boshqalar. Qisqa o'qilgan butun genom ketma-ketligi ma'lumotlaridan foydalangan holda uch avlod oilasida spinoserebellar ataksiya 36 ning tezkor diagnostikasi. Mov Disord 2020; 35: 1675–79.

36 Mantere T, Kersten S, Hoischen A. Tibbiy genetikada paydo bo'lgan uzoq o'qilgan ketma-ketlik. Front Genet 2019; 10: 426.

37 Ellerby LM. Takroriy kengayish buzilishlari: mexanizmlar va terapevtiklar. Neyroterapiya 2019; 16: 924–27.

38 Milliy sog'liqni saqlash tizimi. Milliy genomik testlar katalogi: noyob va irsiy kasallik uchun sinov mezonlari. Oktyabr, 2021 yil.