Buyrak hujayrali karsinomada VEGFA ning tizimli tahlili: ifodasi, prognozi, genlarni tartibga solish tarmog'i va tartibga solish maqsadlari

edmund.chen@wecistanche.com

Kirish

Buyrak hujayrali karsinoma (RCC), eng keng tarqalgan malign shishbuyrak, dunyodagi eng keng tarqalgan 10 saratondan biridir.1 Bu dunyo bo'ylab taxminan 330,{3}} saraton kasalligini va har yili 140,000 o'limni tashkil qiladi.2 RCCning heterojen kichik turlari orasida,buyrak buyrakPapiller hujayrali karsinoma (KIRP) kasallanish darajasi bo'yicha ikkinchi o'rinda turadi, RHKlarning 10-15 foizini tashkil qiladi.buyrak buyrakaniq hujayrali karsinoma (KIRC) bilan kasallanish 75% -80% .3BuyrakXromofob (KICH) RHKning kam uchraydigan kichik turi bo'lib, RHKlarning taxminan 4-5 foizini tashkil qiladi.4 Kengaytirilgan RCC o'limga olib keladigan kasallik bo'lib, 5-yillik omon qolish darajasi atigi 11,7 foizni tashkil etadi.5 Jarrohlik va maqsadli terapiya RCC uchun asosiy klinik terapevtik usullardir.6 Tegishli klinik tadkikotlar immun nazorat nuqtasi ingibitorlarini antiangiogen vositalar bilan birgalikda qo'llash RCC bilan kasallangan bemorlarda klinik jihatdan samaraliroq ekanligini ko'rsatdi.7,8 Biroq, immunoterapiyaga asoslangan yangi usullar ham ko'plab qiyinchiliklarga duch kelmoqda. klinik qo'llashda. RCCni davolash uchun yanada istiqbolli terapevtik maqsadlar va yondashuvlarni aniqlashga shoshilinch ehtiyoj bor.

Qon tomir endotelial o'sish omili A (VEGFA), muhim angiogenik omil, RCC bilan og'rigan bemorlarda muhim o'simtaga xos omil bo'lib, o'simta angiogenezi va rivojlanishida hal qiluvchi rol o'ynaydi.9 VEGFA integrin bilan bog'lanib, saraton hujayralarining yopishishi va migratsiyasini qo'zg'atadi. 9 1.10 Bir nechta VEGFA ingibitorlari klinik jihatdan foydalidir.11,12 VEGFning avaskulyar tirozin kinaz inhibitori Sunitinib rivojlangan RCCni birinchi va ikkinchi darajali davolash uchun tasdiqlangan. Biroq, sunitinib potentsial sabab bo'lishi mumkinbuyrak shikastlanishiva yurak-qon tomir buzilishlari.11 Garchi VEGFA RCC bilan og'rigan bemorlarda o'simtaga xos bo'lgan muhim omil hisoblansa-da, RCC ning heterojen subtiplari (KIRC, KICH, va KIRP) aniqlanmagan. Shuning uchun VEGFA ifodasi va RCC paydo bo'lishi o'rtasidagi bog'liqlik haqida ko'proq foydali ma'lumotlarni olish kerak. Ushbu tadqiqotda biz RCC bo'lgan bemorlarda VEGFA ning ifoda darajasini, gen tartibga solish tarmog'ini, prognostik qiymatini va tartibga solish maqsadini aniqlash uchun bir nechta bepul onlayn ma'lumotlar bazalaridan foydalandik. Bundan tashqari, ushbu tadqiqot VEGFA ifodasi va RCC paydo bo'lishi o'rtasidagi munosabatlarni yanada o'rganish va RCC bilan kasallangan bemorlarni maqsadli davolash bo'yicha yangi tushunchalarni taqdim etishga qaratilgan.

Kalit so‘zlar:Buyrak hujayrali karsinomasi, buyrakning aniq hujayrali karsinomasi, buyrak xromofobi, buyrak papiller hujayrali karsinomasi, VEGFA, genlarni tartibga solish tarmog'i, maqsadli bashorat

CISTANCHE BUYRAK/BUYRAK KASALLIKLARINI SOZLADI

Materiallar va uslublar

UALCAN tahliliUALCAN (http://ualcan.path.uab.edu/analysis.html) - bu o'sma kichik guruhlari genlarini ifodalash va omon qolish tahlillari uchun vosita sifatida ishlatiladigan onlayn ma'lumotlar bazasi.13,ALCAN ma'lumotlar bazasining "Ifoda tahlili" moduli TCGA gen ifodasi ma'lumotlarini tahlil qilish uchun ishlatilgan va skrining mezonlari quyidagicha o'rnatildi: (a) gen: VEGFA; (b) ma'lumotlar to'plami: KIRC, KICH va KIRP; (c) chegarani o'rnatish shartlari: P-qiymatini kesish =0.05. Qiyosiy tahlil qilish uchun Student's t-testidan foydalanildi.Gen ifodasi profilini tahlil qilishGen ifodasi profilini tahlil qilish (GEPIA) (http://gepia.kanser-pku.cn/index.html) - bu bepul onlayn platforma bo'lib, ushbu tadqiqotda 9736 ta o'simta va 8587 ta oddiy namunaning RNK ketma-ketligini ifodalash ma'lumotlarini ta'minlaydi, 14 differentsial mRNK ifodasi, promotor metilatsiyasi, patologik bosqich va korrelyativ prognozni tahlil qilish uchun. Skrining mezonlari quyidagicha edi: (a) gen: VEGFA; (b) ma'lumotlar to'plami: KIRC, KICH va KIRP; (c) chegarani o'rnatish shartlari: P-qiymatini kesish =0.05. VEGFA ifodasini va RCC patologik bosqichini tahlil qilish uchun Student's t-testidan foydalanilgan. RCC bilan kasallangan bemorlarning prognozini tahlil qilish uchun Kaplan-Meier egri chizig'i ishlatilgan.cBioPortal tahlilicBioPortal (http://cbioportal.org) saraton genetik ma'lumotlarini vizuallashtirish, o'rganish va tahlil qilish uchun foydalaniladigan ochiq onlayn ma'lumotlar bazasidir.15 Bizning tadqiqotimizda VEGFA va unga qo'shni genlarning genetik o'zgarishlarini tahlil qilish (eng yuqori 5{{ 9}} o'zgartirilgan VEGFA ning qo'shni genlari) cBioPortal ma'lumotlar bazasi yordamida o'tkazildi. Skrining mezonlari quyidagilardan iborat edi: (a) mos ravishda KIRC, KICH va KIRPning 446, 66 va 274 namunalari tahlil qilindi; (b) barcha namunalarga nisbatan mRNK ifodasi z-ballari (log RNK Seq V2 RSEM) ± 2,0 z-skor chegarasi yordamida olingan; (c) gen: VEGFA.STRING tahliliSTRING (https://string-db.org/cgi/input.pl) maqsadli oqsillar o'rtasida oqsil-oqsil o'zaro ta'siri (PPI) tarmoqlarini qurish uchun foydalaniladigan onlayn bepul ma'lumotlar bazasidir.16 Ushbu tadqiqotda biz PPI tarmog'ining o'zaro ta'sirini yaratdik. skrining shartlari past ishonch (0.150) va Homo sapiens sifatida belgilangan turlar.GeneMANIA tahliliGeneMANIA (http://www.genemania.org) PPI yaratish, gen funktsiyasi haqida farazlarni yaratish, genlar ro'yxatini tahlil qilish va funktsiyalarni aniqlash uchun genlarni ketma-ketlashtirish uchun tahlil vositasidir.17 Ushbu tadqiqotda biz rolni o'rganish uchun o'zaro ta'sir tarmoqlarini qurdik. VEGFA va eng yaxshi 50 o'zgartirilgan qo'shni genlar.Metascape tahliliMetascape (https://metascape.org) bu oddiy va kuchli gen funksiyalarini izohlash va tahlil qilish vositasi boʻlib, foydalanuvchilarga gen yoki oqsil funksiyasini tushunish uchun ommaviy genlar va oqsillarni tahlil qilish uchun hozirda mashhur bioinformatika tahlil usullarini qoʻllashga yordam beradi. tadqiqot, Gen Ontologiyasi (GO) funktsiyasi va Kioto Genlar va Genomlar Entsiklopediyasi (KEGG) yo'lini boyitish tahlili VEGFA va uning RCCdagi o'zgartirilgan qo'shni genlari Metascape yordamida tekshirildi.TRUST tahliliTRUST (https://www.grnpedia.orgtrrust/) 800 ta transkripsiya omillarining 8444 va 6552 transkripsiya-faktor-maqsadli tartibga solish munosabatlarini o'z ichiga olgan inson transkripsiyaviy tartibga solish tarmoqlarining qo'lda tuzilgan ma'lumotlar bazasidir.19 Ushbu tadqiqotda biz buni aniqlashga harakat qildik. TRUST ma'lumotlar bazasidan foydalangan holda RCC bilan og'rigan bemorlarda VEGFA va uning o'zgartirilgan qo'shni genlarini ifodalashni tartibga soluvchi asosiy omilni aniqlang.LinkedOmics tahliliLinkedOmics (http://www.linkedomics.org) barcha 32 TCGA saraton turlaridan multi-omiks ma'lumotlarini o'z ichiga olgan ommaviy onlayn platforma. Bizning tadqiqotimizda kinaz maqsadli boyitish, miRNK maqsadli boyitish va VEGFA bilan bog'liq ravishda differentsial tarzda ifodalangan genlar LinkedOmicsning "LinkInterpreter" moduli yordamida o'tkazildi. Skrining mezonlari quyidagicha belgilandi: (a) kamida uchta gen (o'lcham); (b) saraton turi: KIRC, KICH va KIRP; (c) simulyatsiya 500; (d) qidiruv atributi: VEGFA va eng yaxshi 50 ta o'zgartirilgan qo'shni genlar; (e) maqsadli ma'lumotlar to'plami: RNK-seq (ma'lumotlar turi).Taymer tahliliTIMER (https://cistrome.shinyapps.io/timer/) o'simtaga infiltratsiya qiluvchi immun hujayralari, jumladan B hujayralari, CD4 plus T hujayralari, CD8 plus T hujayralari, neytrofillar, makrofaglar va dendritiklarni tizimli tahlil qilish uchun keng qamrovli resursdir. hujayralar.21 Bizning tadqiqotimizda VEGFA ifoda darajasi va immun hujayralar infiltratsiyasi o'rtasidagi korrelyatsiya TIMERning "gen moduli" tomonidan baholandi.

Natijalar

RCC bo'lgan bemorlarda VEGFA ifodasiBiz normal inson to'qimalariga ega bo'lgan RCC bilan og'rigan bemorlarda VEGFA ning ekspression darajasini taqqosladik va namuna turi, jinsi va KIRC patologik bosqichi bo'yicha qatlamlangan VEGFA transkripsiya darajalari sezilarli darajada yuqori tartibga solinganligini aniqladik (P < {0}}="" .001)="" (1(a)="" dan="" (c)-rasm).="" xuddi="" shunday,="" kich="" to'qimalarida="" vegfa="" ning="" ifoda="" darajasi="" namuna="" turi,="" jinsi="" va="" kich="" 2="" bosqichi="" (p=""><0,05) asosida="" oshirildi="" (1-rasm="" (d)="" dan="" (f)="" gacha).="" biroq,="" kirp="" to'qimalarida="" vegfa="" ning="" ifoda="" darajasi="" namuna="" turiga="" va="" erkak="" jinsiga="" (p=""><0,05) (1-rasm="" (g)="" va="" (h))="" qarab="" pastga="" tushirildi.="" bundan="" tashqari,="" biz="" rcc="" bo'lgan="" bemorlarda="" vegfa="" ning="" differentsial="" ifodasi="" va="" patologik="" bosqich="" o'rtasidagi="" korrelyatsiyani="" baholadik.="" natijalarimiz="" kirc="" (p="0.0471)" va="" kirp="" (p="4.36e-6)" bo'lgan="" bemorlarda="" vegfa="" ifodasi="" va="" patologik="" bosqich="" o'rtasida="" sezilarli="" bog'liqlikni="" ko'rsatdi="" (2-rasm)="" .="" bundan="" tashqari,="" biz="" rcc="" bo'lgan="" bemorlarda="" vegfa="" ifodasining="" prognostik="" qiymatini="" baholash="" uchun="" gepia="" dan="" foydalandik.="" vegfa="" ifoda="" darajasi="" yuqori="" emas,="" balki="" past="" bo'lgan="" kirp="" bilan="" og'rigan="" bemorlarda="" umumiy="" omon="" qolish="" uzoqroq="" edi="" (p="0.00044)" (3-rasm="" (c)).="" 100="" oygacha="" yuqori="" vegfa="" ifoda="" darajasidan="" past="" bo'lgan="" kirp="" bilan="" og'rigan="" bemorlarda="" omon="" qolish="" foizi="" yuqori="" edi="" (p="0.0016)" (3(f)-rasm).="" biroq,="" kirp="" bilan="" og'rigan="" bemorlarda="" 100="" oydan="" keyin="" teskari="" natija="" topildi="" (3-rasm="">

RCC bo'lgan bemorlarda VEGFA ifodasining genetik o'zgarishi va promotor metilatsiyasi darajasiRCC bo'lgan bemorlarda VEGFA ning genetik o'zgarishlari TCGA yordamida baholandi. Natijalarimiz KIRC bilan og'rigan bemorlarda VEGFA ifodasi 4 foizga o'zgarganligini ko'rsatdi (Qo'shimcha shakl 1 (a)). Biroq, VEGFA ifodasining promotor metilatsiyasi darajasi KIRC bo'lgan bemorlarda oddiy odamlarga qaraganda pastroq edi (Qo'shimcha shakl 1 (b)). Bundan tashqari, biz KICH bilan og'rigan bemorlarda VEGFA ifoda darajasining 8 foizga o'zgarishini aniqladik (Qo'shimcha shakl 1 (c)). Xuddi shunday, KIRP bo'lgan bemorlarda VEGFA ifodasi 4 foizga o'zgargan (Qo'shimcha shakl 1 (e)). Biroq, VEGFA ifodasining promotor metilatsiyasi darajasi KIRPning 1-patologik bosqichi bo'lgan bemorlarda oddiy odamlarga qaraganda yuqori edi (Qo'shimcha rasm 1 (f))

RCC bo'lgan bemorlarda qo'shni gen o'zgarishi va VEGFA shovqin tarmog'iRCC bo'lgan bemorlarda VEGFA ifodasining qo'shni gen o'zgarishi cBioPortal dasturi yordamida tahlil qilindi. KIRC, KICH va KIRP bilan og'rigan bemorlarda VEGFA qo'shni gen o'zgarishi chastotalarini 11,11 foizdan kattaroq yoki teng, 20 foizdan katta yoki teng va 9,09 foizdan katta yoki teng (eng tez-tez o'zgartiriladigan 50 ta qo'shni gen) aniqladik. mos ravishda (qo'shimcha jadvallar 1-3). KIRC bilan og'rigan bemorlarda eng ko'p o'zgartirilgan VEGFA qo'shni genlari VHL (72,22 foiz), PBRM1 (33,33 foiz) va MUC16 (22,22 foiz) edi (1-jadval). Bundan tashqari, TRRAP (60.00 foiz), PABPC1 (60.00 foiz) va MUC5B (60.00 foiz) bemorlarda VEGFA qoʻshni genlari eng tez oʻzgargan. KICH (Qo'shimcha) 2-jadval). KIRP bilan og'rigan bemorlarda uchta eng tez-tez o'zgartirilgan VEGFA qo'shni genlari BAP1 (27,27 foiz), MS4A15 (18,18 foiz) va TGM7 (18,18 foiz) edi (3-jadval).

Keyin biz VEGFA va uning qo'shni genlari o'rtasidagi potentsial o'zaro ta'sirlarni o'rganib chiqdik. PPI tarmog'i STRING dasturi yordamida qurilgan. KIRC bilan og'rigan bemorlarda PPI tarmoqlarida 43 ta tugun va 95 ta chekka oldik (Qo'shimcha shakl 2 (a)). Bundan tashqari, peptidil lizin trimetilatsiyasi, peptidil-lizin metilatsiyasi, hujayradan tashqari matritsa va oqsil O ga bog'langan glikozillanish KIRC bilan og'rigan bemorlarda VEGFA va unga qo'shni genlarning asosiy funktsiyalari edi (Qo'shimcha shakl 2 (b)). Shuningdek, biz KICH bilan og'rigan bemorlarda PPI tarmoqlarida 44 tugun va 125 qirralarni oldik (Qo'shimcha shakl 2 (c)). VEGFA va uning qo'shni genlari KICH bilan og'rigan bemorlarda quyidagi funktsiyalarga ega edi: O-glikanni qayta ishlash, Golji lümeni, b oqsili O bilan bog'langan glikozillanish, epiteliya tuzilishini saqlash va oraliq filament sitoskeletini tashkil etish (Qo'shimcha rasm 2 (d)). Bundan tashqari, KIRP bilan og'rigan bemorlarda PPI tarmoqlarida 30 ta tugun va 57 chekka olingan (Qo'shimcha shakl 2 (e)). Mushaklar tuzilishining rivojlanishi, mushak hujayralarining differentsiatsiyasi, mushak to'qimalarining rivojlanishi va mushak to'qimalarining tarkibiy tarkibiy qismining rivojlanishi KIRP bilan og'rigan bemorlarda VEGFA va unga qo'shni genlarning asosiy funktsiyalari edi (Qo'shimcha rasm 2 (f)). VEGFA o'zining qo'shni genlari bilan birgalikda ifodalash, jismoniy o'zaro ta'sirlar, prognoz qilingan umumiy protein domenlari va birgalikda lokalizatsiya orqali murakkab o'zaro ta'sir tarmog'iga ulanadi (Qo'shimcha shakl 2(b) dan (f))

GO va KEGG yo'llarini boyitish tahliliVEGFA ning GO funktsiyasi va KEGG yo'lini boyitish tahlili va RCC bo'lgan bemorlarda eng yaxshi 50 o'zgartirilgan qo'shni genlar Metascape dasturi yordamida o'rganildi. Bizning natijalarimiz shuni ko'rsatdiki, KIRC bilan og'rigan bemorlarda VEGFA va unga qo'shni genlar bilan bog'liq bo'lgan hujayrali komponentlar asosan bazal membranada, kaveolada, adherens birikmasida, sperma qismida va kontraktil tolalar qismida ishtirok etgan (Qo'shimcha shakl 3 (a)). Bundan tashqari, KIRC bilan og'rigan bemorlarda VEGFA va uning o'zgartirilgan qo'shni genlarini ifodalashning asosiy biologik jarayonlari koronar tomirlarning morfogenezi, kardiomiotsitlarning rivojlanishi, akson kengayishining ijobiy tartibga solinishi va plazma membranasi hujayralarining adezyon molekulalari orqali geterofil hujayrali yopishishi edi (qo'shimcha rasm). 3(b)). KIRC bilan og'rigan bemorlarda VEGFA va uning eng yaxshi 50 ta o'zgartirilgan qo'shni genlarining molekulyar funktsiyalari asosan hujayradan tashqari matritsaning tarkibiy tarkibiy qismi, hujayra yopishish molekulasini bog'lash va katalitik faollikni, shuningdek, RNKga ta'sir qilishni o'z ichiga oladi (Qo'shimcha rasm 3 (c)). VEGFA ning KEGG yo'li va uning KIRCdagi qo'shni genlari asosan diabetik asoratlarda AGE-RAGE signalizatsiya yo'lida va PI3K-Akt signalizatsiya yo'lida ishtirok etgan (Qo'shimcha rasm 3 (d)). Golgi lümeni, hujayradan tashqari matritsa, ATPaz kompleksi va Z diski KICH bilan og'rigan bemorlarda VEGFA va uning qo'shni genlarini ifodalash bilan bog'liq hujayrali komponentlar edi (Qo'shimcha rasm 3 (e)). Bundan tashqari, KICH bilan og'rigan bemorlarda VEGFA va uning eng yaxshi 50 o'zgartirilgan qo'shni genlarini ifodalash bilan bog'liq asosiy biologik jarayonlar oshqozon-ichak epiteliyasini saqlash, hujayra tarkibiy qismlarini tashkil etishning salbiy regulyatsiyasi va yaralarni davolash edi (3(f) qo'shimcha rasm). . KICH bilan og'rigan bemorlarda VEGFA va unga qo'shni genlarning molekulyar funktsiyalari ATPaz faolligi, aktin filamentini bog'lash va proteazni bog'lash edi (Qo'shimcha rasm 3 (g)). ATP-bog'lovchi kassetali (ABC) tashuvchilari va inson T-hujayrali leykemiya virusi 1 infektsiyasi KICH bilan og'rigan bemorlarda VEGFA va uning eng yaxshi 50 o'zgartirilgan qo'shni genlarining KEGG yo'li tahlilida ishtirok etdi (Qo'shimcha rasm 3 (h)). Bundan tashqari, KIRP bilan og'rigan bemorlarda VEGFA va uning qo'shni genlari bilan bog'liq bo'lgan hujayrali komponentlar asosan Golgi lümeni va sentriolada ishtirok etgan (qo'shimcha rasm 3 (I)). Bundan tashqari, KIRP bilan og'rigan bemorlarda VEGFA va uning o'zgartirilgan qo'shni genlarini ifodalashda ishtirok etgan asosiy biologik jarayonlar to'qima gomeostazi, miyeloid hujayra gomeostazi, O-glikanni qayta ishlash va lipidlarga hujayra javobi edi (3(j) qo'shimcha rasm). KIRP bilan og'rigan bemorlarda VEGFA va uning eng yaxshi 50 ta o'zgartirilgan qo'shni genlarining molekulyar funktsiyalari asosan transkripsiya koaktivator faolligini, sistein tipidagi peptidaza faolligini va kalmodulinni bog'lashni o'z ichiga oladi (Qo'shimcha rasm 3 (k)). KIRP bilan og'rigan bemorlarda VEGFA va uning o'zgartirilgan qo'shni genlarining KEGG yo'lini tahlil qilishda vibrio vabo infektsiyasi, kengaygan kardiyomiyopatiya va inson sitomegalovirusi infektsiyasi ishtirok etgan (Qo'shimcha rasm 3 (l)).

CISTANCHE BUYRAK/BUYRAK INFEKTSIONINI YAXSHILADI

RCC bo'lgan bemorlarda VEGFA ning transkripsiya omili maqsadlariRCC bo'lgan bemorlarda VEGFA ning potentsial transkripsiya omili, kinaz va miRNK maqsadlari TRRUST dasturi yordamida olingan (1-jadval). Gipoksiya qo'zg'atuvchi omil 1 alfa sub birligi (HIF1A), transkripsiya omili AP{4}} alfa (TFAP2A) va estrogen retseptorlari 1 (ESR1) KIRC bilan kasallangan bemorlarda VEGFA tarmog'ida va unga qo'shni genlarda ishtirok etgan asosiy transkripsiya omillari edi. (P < 0.05).="" rora,="" setd2,="" vegfa="" va="" vhl="" hif1a="" ning="" tartibga="" solinadigan="" genlariga="" ega.="" bundan="" tashqari,="" tfap2a="" adra1a="" va="" vegfa="" funktsiyalarini="" tartibga="" solgan.="" nr5a2="" va="" vegfa="" esr1="" ning="" tartibga="" solinadigan="" genlariga="" ega.="" bundan="" tashqari,="" vegfa="" va="" unga="" qo'shni="" genlar="" tarmog'ida="" ishtirok="" etgan="" asosiy="" transkripsiya="" omili="" maqsadlari="" signal="" o'tkazgich="" va="" transkripsiya="" 3="" faollashtiruvchisi="" (stat3),="" b-hujayralarda="" kappa="" yorug'lik="" polipeptid="" genini="" kuchaytiruvchi="" yadro="" omili="" (nfkb1)="" va="" gomeodomain="" edi.="" kich="" (p="">< 0.01)="" bilan="" og'rigan="" bemorlarda="" o'zaro="" ta'sir="" qiluvchi="" protein="" kinaz="" 2="" (hipk2).="" stat3="" ning="" tartibga="" solinadigan="" genlari="" a2m,="" muc4,="" muc5b,="" tp53="" va="" vegfa="" edi.="" bundan="" tashqari,="" nfkb1="" a2m,="" muc5b,="" muc6,="" tnc,="" tp53="" va="" vegfa="" funktsiyalarini="" tartibga="" solgan.="" tp53="" va="" vegfa="" hipk2="" ning="" tartibga="" solinadigan="" genlariga="" ega.="" bundan="" tashqari,="" vilkalar="" qutisi="" o3="" (foxo3),="" tfap2a="" (faollashtiruvchi="" kuchaytiruvchi="" bog'lovchi="" protein="" 2="" alfa)="" va="" v-ets="" eritroblastoz="" virusi="" e26="" onkogen="" homologi="" 1="" (ets1)="" kirp="" bilan="" kasallangan="" bemorlarda="" vegfa="" va="" unga="" qo'shni="" genlarning="" muhim="" transkripsiya="" faktorlari="" edi.="" p=""><0,05). bundan="" tashqari,="" bcl2l11="" va="" vegfa="" foxo3="" ning="" tartibga="" solinadigan="" genlariga="" ega.="" bundan="" tashqari,="" tfap2a="" muc4="" va="" vegfa="" funktsiyalarini="" tartibga="" solgan.="" casp1="" va="" muc4="" ets1="" tomonidan="" boshqariladigan="" genlar="">

RCC bilan og'rigan bemorlarda VEGFA ning kinaz va miRNK maqsadlari Biz LinkedOmics bilan VEGFA tarmog'ining uchta eng yaxshi kinaz maqsadlari va miRNK maqsadlarini oldik (2-jadval). KIRCdagi VEGFA miRNA-maqsadli tarmog'i ATAAGCT MIR-21 bilan bog'langan (P < 0.05).="" bundan="" tashqari,="" vegfa="" ning="" kinaz="" maqsadlari="" kich="" bilan="" kasallangan="" bemorlarda="" kinaz="" atm="" edi="" (p="">< 0.05).="" bundan="" tashqari,="" kinaz="" cdk1="" va="" kinaz="" aurkb="" kirp="" bo'lgan="" bemorlarda="" vegfa="" ning="" kinaz="" maqsadlari="" edi="" (p=""><0,05). vegfa="" ning="" mirnk="" maqsadlari="" kirp="" bilan="" kasallangan="" bemorlarda="" (tcgatgg)="" mir-213,="" (tctgatc)="" mir-383="" va="" (caggtcc)="" mir-492="" edi="" (p=""><>

RCC bo'lgan bemorlarda differensial ravishda ifodalangan genlar va VEGFA ekspressiyasining korrelyatsiyasiBiz LinkedOmics TCGA ma'lumotlar bazasida KIRC bilan kasallangan 533 bemorning mRNK ketma-ketligi ma'lumotlarini oldik. Qo'shimcha shakl 4(a)da ko'rsatilganidek, 20,158 gen VEGFA bilan chambarchas bog'liq edi. Ularning orasida 11,417 va 8741 genlar VEGFA ifodasi bilan mos ravishda ijobiy va salbiy korrelyatsiyani ko'rsatdi. Bundan tashqari, 50 ta muhim gen KIRC (P <0,05) bo'lgan="" bemorlarda="" vegfa="" ifodasi="" bilan="" ijobiy="" va="" salbiy="" korrelyatsiya="" qilingan="" (qo'shimcha="" shakl="" 4="" (b)="" va="" (c)).="" bundan="" tashqari,="" vegfa="" ifodasi="" notch4="" (pirson="" korrelyatsiya="" koeffitsienti="0.7023," p="2.076e-80)" (qo'shimcha="" shakl="" 5(a)),="" gpr4="" (pirson="" korrelyatsiyasi{)="" bilan="" kuchli="" ijobiy="" bog'lanishga="" ega="" edi.="" {19}}.702,="" p="2.63e–80)" (qoʻshimcha="" rasm="" 5(b))="" va="" trib2="" (pirson="" korrelyatsiyasi="0.6972," p="8.902e–79" )="" (qo'shimcha="" shakl="" 5(c))="" ifodalari.="" bundan="" tashqari,="" biz="" tcga="" ma'lumotlar="" bazasida="" kich="" bo'lgan="" 66="" bemorning="" mrnk="" ketma-ketligi="" ma'lumotlarini="" tahlil="" qildik="" va="" 19,216="" gen="" vegfa="" ifodasi="" bilan="" chambarchas="" bog'liqligini="" aniqladik.="" ularning="" orasida="" 8820="" va="" 10="" 396="" gen="" vegfa="" ifodasi="" bilan="" mos="" ravishda="" ijobiy="" va="" salbiy="" korrelyatsiyani="" ko'rsatdi="" (qo'shimcha="" shakl="" 4="" (d)).="" shuningdek,="" biz="" kich="" bilan="" og'rigan="" bemorlarda="" vegfa="" ifodasi="" bilan="" ijobiy="" va="" salbiy="" bog'liq="" bo'lgan="" 50="" ta="" muhim="" genni="" aniqladik="" (qo'shimcha="" shakl="" 4="" (e)="" va="" (f)).="" bundan="" tashqari,="" vegfa="" ifodasi="" ckmt2="" (pirson="" korrelyatsiyasi="0.6474," p="4.236e–9)" (qoʻshimcha="" shakl="" 5(d)),="" rragd="" (pirson="" korrelyatsiyasi="0" bilan="" ijobiy="" bogʻlangan.="" .6279,="" p="1.673e–8)" (qoʻshimcha="" rasm="" 5(e))="" va="" ppargc1a="" (pirson="" korrelyatsiyasi="0.6086," p="5.93e–8)" (qoʻshimcha="" rasm="" 5(f))="" ifodalar.="" nihoyat,="" biz="" tcga="" ma'lumotlar="" bazasida="" kirp="" bo'lgan="" 290="" bemorning="" mrnk="" ketma-ketligi="" ma'lumotlarini="" tahlil="" qildik.="" bundan="" tashqari,="" 20="" 023="" gen="" vegfa="" ifodasi="" bilan="" chambarchas="" bog'liq="" edi.="" ularning="" orasida="" 11,130="" va="" 8893="" genlar="" vegfa="" ifodasi="" vegfa="" bilan="" mos="" ravishda="" ijobiy="" va="" salbiy="" korrelyatsiyani="" ko'rsatdi="" (qo'shimcha="" rasm="" 4="" (g)).="" biz="" kirp="" bo'lgan="" bemorlarda="" vegfa="" ifodasi="" bilan="" ijobiy="" va="" salbiy="" bog'liq="" bo'lgan="" 50="" ta="" muhim="" genni="" aniqladik="" (qo'shimcha="" shakl="" 4="" (h)="" va="" (i)).="" vegfa="" ifodasi="" flt1="" (pirson="" korrelyatsiyasi="0.8184," p="2.909e-71)" (qoʻshimcha="" rasm="" 5(g)),="" c6orf223="" (pirson="" korrelyatsiyasi="0)" bilan="" ijobiy="" bogʻlangan.="" 7779,="" p="4.606e–60)" (qoʻshimcha="" rasm="" 5(h))="" va="" esm1="" (pirson="" korrelyatsiyasi="0.7602," p="6.983e–56)" (5-qoʻshimcha="" rasm)="" (i))="">

CISTANCHE BUYRAK/BUYRAK OG'RIG'INI YANGILAYDI

RCC bo'lgan bemorlarda immun hujayra infiltratsiyasi va VEGFA ifodasiRCC bo'lgan bemorlarda immun hujayra infiltratsiyasi va VEGFA ifodasi o'rtasidagi bog'liqlikni yanada aniqlash uchun biz TIMER dasturidan foydalangan holda immun hujayra infiltratsiyasi va VEGFA ifodasi o'rtasidagi bog'liqlikni o'rganib chiqdik. KIRC bilan og'rigan bemorlarda VEGFA ifoda darajasi CD8 plus T hujayralari (Cor=0.197, P=3.36e-5), CD4 plus T hujayralari () infiltratsiyasi bilan ijobiy bog'liq edi. Kor= 0.301, P=4.41e-11) va neytrofillar (Kor =0.223, P= 1.44e -6) (Qo‘shimcha 6(a)-rasm). Bundan tashqari, biz KICH bilan kasallangan bemorlarda immun hujayra infiltratsiyasi va VEGFA ifodasi o'rtasidagi bog'liqlikni tahlil qildik. Infiltratsiya B (Cor=0.349, P=4.39e-3), CD8 plus T (Cor= 0.398, P=1.03e -5) va dendritik hujayralar (Cor=0.253, P=4.18e-2) VEGFA ifodasi bilan ijobiy bogʻlangan (Qoʻshimcha shakl 6(b)) . Nihoyat, KIRC bilan og'rigan bemorlarda VEGFA ifoda darajasi B (Cor= 0.16, P=1.04e-2), CD8 plus T (Cor{) ning infiltratsiyasi bilan ijobiy bog'liq edi. {41}}.179, P=0.384e-3) va CD4 plus T hujayralari (Kor=0.157, P=1.14e-2 ) (Qo'shimcha shakl 6(c)). Biroq, makrofag infiltratsiyasi (Cor=−0.226, P=3.22e-4) VEGFA ifodasi bilan salbiy bogʻlangan (Qoʻshimcha shakl 6(c)).

Munozara

VEGF oilasining a'zosi bo'lgan VEGFA muhim sitokin va angiogenezning etakchi induktoridir.22 Klinikadan oldingi tadqiqotlar VEGFA RCC bilan og'rigan bemorlarda haddan tashqari ko'p bo'lganligi haqida xabar bergan. .25,26 O'simta angiogenezi RCC rivojlanishida muhim rol o'ynaydi. O'simta angiogeneziga qaratilgan dorilar RCCni davolashda qariyb 20 yil davomida qo'llanilgan.27 Biroq, bu dorilarning terapevtik ta'siri hali ham ideal emas va ularning yon ta'sirini kamaytirish kerak. Biz RCC bo'lgan bemorlarda genlarni tartibga solish tarmog'ini, prognostik qiymatini va VEGFA ning maqsadli prognozini ochib berishga harakat qildik.

Bundan tashqari, biz RCC bo'lgan bemorlarda VEGFA ifoda darajasini va VEGFA ning differentsial ifodasi va patologik bosqich o'rtasidagi bog'liqlikni o'rganib chiqdik. VEGFA ifodasi oddiy odamlarda emas, balki KIRC va KICH bilan og'rigan bemorlarda ko'tarilgan. Shunga qaramay, KIRP bilan og'rigan bemorlarda VEGFA ifodasi pasaygan. Ushbu topilmalar KIRC, KICH va KIRP,26,28 bilan og'rigan bemorlarda oldingi tadqiqot natijalariga o'xshash edi va KICH bilan og'rigan bemorlarda oldingi tadqiqot natijalariga zid edi.25 Biz qarama-qarshi natijalarni gen o'zgarishi va promotor metilatsiyasi bo'lgan bemorlarda tushuntirishga harakat qildik. RCC. Biz genetik o'zgarishlar KIRC, KICH va KIRP bilan kasallangan bemorlarning mos ravishda 4, 8 va 4 foizida sodir bo'lganligini aniqladik. Bundan tashqari, VEGFA promotor metilatsiyasi darajasi turli KIRC bosqichlari bo'lgan bemorlarda sog'lom odamlarga qaraganda past edi; aksincha, VEGFA ning promotor metilatsiya darajasi 1-bosqich KIRP bo'lgan bemorlarda yuqori bo'lgan. Biroq, KICH bilan kasallangan bemorlar va sog'lom odamlar o'rtasida VEGFA ning promotor metilatsiyasi darajasida farqlar topilmadi. Shuning uchun, biz VEGFA ning genetik o'zgarishi va metilatsiyasi RCC bo'lgan bemorlarda turli VEGFA ifodalarining asosiy sababi bo'lishi mumkin deb taxmin qilamiz. VEGFA ifodasi va KIRC va KIRP patologik bosqichlari. Bundan tashqari, VEGFA ifoda darajasi past bo'lgan KIRP bilan og'rigan bemorlarning omon qolishlari VEGFA ifoda darajasi yuqori bo'lgan KIRP bilan og'rigan bemorlarga qaraganda uzoqroq edi. Shunisi e'tiborga loyiqki, biz KIRP bilan kasallangan bemorlarda kasalliksiz omon qolish egri chizig'iga asoslangan holda 100 oydan keyin qarama-qarshi natijalarga erishdik. Shunday qilib, VEGFA ifoda darajasi KIRP bo'lgan bemorlarda prognostik ko'rsatkich bo'lishi mumkin. Ba'zi tadqiqotlar VEGF ifodasi rivojlangan RCCning muhim xususiyati bo'lishi mumkinligini ko'rsatdi. CD147/VEGF birgalikda ifodalanishini aniqlash rivojlangan RCCli bemorlarning prognozini bashorat qilishga yordam beradi.29

Bundan tashqari, 50 ta eng tez-tez uchraydigan VEGFA qo'shni genlari RCC bilan og'rigan bemorlarda quyidagi chastotalarga ko'ra o'zgargan: 11,11 foizdan katta yoki unga teng (KIRC), 20 foizdan katta yoki teng (KICH) va 9,09 dan katta yoki teng. foiz (KIRP). Keyin biz VEGFA va unga qo'shni genlarning potentsial o'zaro ta'siri va funktsiyalarini o'rganib chiqdik; ular murakkab va qattiq ulanish tarmoqlariga ega ekanligi aniqlandi. KIRC bilan kasallangan bemorlarda bu genlar asosan oqsil metilatsiyasida ishtirok etgan. Biroq, KICH bilan og'rigan bemorlarda VEGFA qo'shni genlari protein glikozilatsiyasi va hujayra tuzilishini saqlashda ishlaydi. Bundan tashqari, VEGFA qo'shni genlari asosan KIRP bo'lgan bemorlarda mushak tolalari o'sishi va farqlanishi bilan bog'liq edi. Protein metilatsiyasidagi dinamik o'zgarishlar hujayra taqdirini aniqlash va hujayra rivojlanishi uchun zarurdir. Protein metilatsiyasi birinchi navbatda Lys va Arg qoldiqlarining yon zanjirlarida sodir bo'ladi.30 Masalan, giston metilatsiyasi odatda Lys va Arg qoldiqlarida metillanish bilan saraton kasalliklarida kuzatiladi.31 Aberrant metilatsiya va O-glikozillanish epigenetik o'simtalarning keng tarqalgan modifikatsiyalaridir. Aberrant O-glikozillanish saraton hujayralarida onkogen xususiyatlarning bevosita induktsiyasi orqali saraton rivojlanishiga yordam beradi.buyraktolali tomir o'qi bilan papiller yoki quvurli papiller tuzilishga ega bo'lgan parenxima. KIRP paydo bo'lishi ularning immunogistokimyoviy fenotiplarining sezilarli o'xshashligi tufayli angioleiomiyomaga o'xshash stroma (shuningdek, silliq mushak yoki leyomioma stromasi deb ham ataladi) bilan RCClarning paydo bo'lishi bilan bog'liq bo'lishi mumkin.33 Yuqoridagi dalillar VEGFA qo'shni genlari paydo bo'lishiga va RCC rivojlanishi.

CISTANCHE BUYRAK/BUYRAK DIALIZINI YANGILAYDI

Bundan tashqari, GO boyitish tahlili shuni ko'rsatdiki, KIRC bilan og'rigan bemorlarda VEGFA va unga qo'shni genlarning funktsiyalari asosan hujayra yopishqoqligi molekulalarini bog'lash va katalitik faollik, shuningdek, RNKga ta'sir qilish bilan bog'liq. Epitelial hujayra yopishish molekulasi (EPCAM) yaqinda turli xil o'smalarni tashxislash, prognozlash va davolash uchun nomzod oqsil sifatida e'tiborni tortdi. EPCAM RCCda mustaqil prognostik molekulyar marker bo'lib, yaxshi prognoz uchun yordamchi ma'lumot berishi mumkin.34 Biz ATPaz faolligi, aktin filament bilan bog'lanishi va proteaza bog'lanishi KICH bilan kasallangan bemorlarda VEGFA va unga qo'shni genlarning molekulyar funktsiyalari ekanligini aniqladik. KICH35 bilan og'rigan bemorlarda mitoxondriyal morfologik va funktsional o'zgarishlar ma'lum; ATPaz faolligining o'zgarishi potentsial patogen mexanizm bo'lishi mumkin. Biroq, ushbu mexanizmni tasdiqlash uchun qo'shimcha tadqiqotlar talab etiladi. Bizning tadqiqotimizda KIRP bilan og'rigan bemorlarda VEGFA va uning o'zgartirilgan qo'shni genlarining molekulyar funktsiyalari asosan transkripsiya koaktivator faolligini, sistein tipidagi peptidaza faolligini va kalmodulinni bog'lashni o'z ichiga oladi. Kalmodulin - bu hujayra sikli bilan bog'liq bo'lgan hujayra ichidagi kaltsiyni bog'laydigan protein. RCC bo'lgan bemorlar o'simta kalmodulin miqdori va o'simta o'sish tezligi o'rtasida ijobiy korrelyatsiyani ko'rsatishi ma'lum.36 Biz diabetik asoratlarda AGE-RAGE signalizatsiya yo'li, PI3K-Akt signalizatsiya yo'li, ABC tashuvchi ta'siri va inson T-hujayrali leykemiya virusi ekanligini aniqladik. 1 infektsiya, asosan, RCC bilan og'rigan bemorlarda VEGFA va uning qo'shni genlarining KEGG yo'li tahlilida ishtirok etgan; bu jarayonlar saraton paydo bo'lishi va rivojlanishi bilan chambarchas bog'liq.37 Shunday qilib, bu signalizatsiya yo'llarini tartibga solish potentsial RCC davolash maqsadi bo'lishi mumkin.

Shuningdek, biz RCC bo'lgan bemorlarda VEGFA maqsadlari va regulyatorlarini tahlil qildik. Biz birinchi navbatda RCC bilan og'rigan bemorlarda VEGFA va unga qo'shni genlarning transkripsiya omili maqsadlarini o'rganib chiqdik va HIF1A, TFAP2A va ESR1 KIRC bilan og'rigan bemorlarda hal qiluvchi tartibga soluvchi omillar ekanligini aniqladik. HIF-1 gipoksiyaga hujayra javobida ishtirok etadigan asosiy gen regulyatoridir. HIF-1 haddan tashqari ifodalanishi RCC patogenezi bilan bog'liq; bundan tashqari, HIF1A ning funktsional polimorfizmi RCCga sezuvchanlikka olib kelishi mumkin va HIF1A polimorfizmi RCCning qaytalanishi, rivojlanishi va omon qolishiga ta'sir qilishi mumkin.38 Biroq, TFAP2A va ESR1 RCC bilan og'rigan bemorlarda xabar qilinmagan. Shuningdek, STAT3, NFKB1 va HIPK2 KICH bilan og'rigan bemorlarda sezilarli darajada tartibga solinadigan omillar ekanligini aniqladik. STAT3 oqsillari asosiy transkripsiya omillari bo‘lib, ular turli xil malign o‘smalarda, jumladan, RCCda g‘ayritabiiy tarzda faollashadi.39 STAT3 inhibisyonu RCC hujayralari migratsiyasi va invaziyasiga to‘sqinlik qilishi mumkin.40

NFKB1 ko'plab malign o'smalarning patogenezi bilan bog'liq, shu jumladan RCC. Funktsional NFKB1 promotor polimorfizmi RCC xavfi ortishi bilan bog'liq.41 HIPK2 hujayra apoptozi va proliferatsiyasini tartibga solishda, shuningdek, DNK shikastlanishini tiklash va boshqa asosiy jarayonlarda noyob rol o'ynaydi; Shunday qilib, HIPK2 tobora ko'proq e'tiborni tortdi. HIPK2 tomonidan FOXM1 fosforillanishi RCC bilan og'rigan bemorlarda transkripsiya faolligi va FOXM1 hujayralarining ko'payishiga yordam beradi, bu potentsial RCC davolash mexanizmi bo'lishi mumkin.42 Bizning tadqiqotimizda FOXO3, TFAP2A va ETS1 VEGFA va unga qo'shni genlarning transkripsiya omilining muhim maqsadlari ekanligi aniqlandi. KIRP bilan og'rigan bemorlarda. FOXO{12}}vositalangan fosfofruktokinaz-M ifodasi RCC hujayralarining o'sishi, ko'chishi va invaziyasini inhibe qiladi,43 FOXO3 RCC davolashda yangi terapevtik maqsad sifatida yangi biomarker sifatida ishlatilishi mumkin.44 ETS1 hujayradan tashqarida asosiy transkripsiya omili bo'lib ko'rinadi. angiogenez jarayonida matritsani qayta qurish; u RCC angiogenezida ishtirok etishi mumkin.45 Biz VEGFA bilan bog'liq kinaz maqsadlarini (KICHda ATM, shuningdek KIRPda CDK1 va AURKB) va VEGFA bilan bog'liq miRNK maqsadlarini (KIRCda MIR-21; MIR{ KIRPda {23}}, MIR-383 va MIR-492). So'nggi o'n yil ichida ko'plab tadqiqotlar shuni ko'rsatdiki, protein kinaz kasalliklari yoki mutatsiyalar saraton paydo bo'lishida sababchi rol o'ynaydi. Saraton tadqiqotlari ko'plab protein kinazlarning inson o'smalari va saraton rivojlanishidagi muhim rolini ko'rsatdi va bu molekulalarni yangi maqsadli terapiya uchun samarali nomzodlarga aylantirdi.46 Kinaz ingibitorlari xavfli o'smalarning ayrim turlarini davolashda inqilob qildi.47 miRNKlar bo'lmaganlar sinfidir. gen ifodasini tartibga solishda muhim rol o'ynaydigan RNKlarni kodlash. miRNK inhibitörleri maqsadli genlarning 3' tarjima qilinmagan hududi bilan o'zaro ta'sir qilish orqali maqsadli genlarning ifodasini kamaytiradi. Ularning o'simta bostiruvchi genlar va onkogen ekspressiyasini tartibga solishdagi muhim roli ularning o'simta hosil bo'lishidagi rolini kuchaytiradi.48 MiRNK maqsadlarining kashf etilishi oxir-oqibatda o'smaning paydo bo'lishi va saratonga qarshi dori vositalarini ishlab chiqish mexanizmlarini oydinlashtirishi mumkin.49 Ushbu tadqiqot ma'lumotnoma beradi va keyingi ishlarning muhimligini ta'kidlaydi. RCC davolash uchun potentsial terapevtik maqsadlar sifatida tartibga solinadigan omillar, kinazlar va miRNKlarni tahlil qilish.

RCC bo'lgan bemorlarda differensial ravishda ifodalangan genlar va VEGFA ifodasi o'rtasidagi bog'liqlikni o'rganib chiqdik. RCC bo'lgan bemorlarda 10 dan ortiq 000 gen VEGFA ifodasi bilan ijobiy va salbiy korrelyatsiya qilingan. Ular orasida VEGFA bilan eng yuqori korrelyatsiyaga ega bo'lgan genlar RCC bo'lgan bemorlarda topilgan: KIRCda NOTCH4, GPR4 va TRIB2; KICHda CKMT2, RRAGD va PPARGC1A; va KIRP da FLT1, C6orf223 va ESM1. Biroq, saraton bilan bog'liq bo'lgan ushbu genlarni maqsad qilib qo'yish RCC uchun yordamchi terapiyani ta'minlashi mumkin. RCCning immunoinfifiltratsiyasi klinik prognoz bilan chambarchas bog'liq.50 Immun hujayralarini saraton joylariga tashish asosan qon tomirlari orqali sodir bo'lgan. Kutilganidek, RCC bo'lgan bemorlarda VEGFA ifodasi CD8 plus T hujayralari, CD4 plus T hujayralari, makrofaglar, neytrofillar va dendritik hujayralarni o'z ichiga olgan immun hujayra infiltratsiyasi bilan ijobiy bog'liqligini aniqladik. Biz VEGFA yoki VEGFA bilan bog'liq tartibga soluvchi maqsadlarga ta'sir qiluvchi dorilarni ishlab chiqish orqali RCClarning immun hujayralari infiltratsiyasini yaxshilashga umid qilamiz. Xulosa qilib aytganda, RCC bo'lgan bemorlarda VEGFA ning ekspression darajasini va gen tartibga solish tarmog'ini o'rganish orqali biz RCCni o'rganish va davolash haqida ko'proq ma'lumot berdik. Bundan tashqari, biz RCC bemorlarining omon qolishini aniq bashorat qilish uchun yangi terapevtik maqsadlar va prognostik biomarkerlarni aniqladik.