Yaxshi izohlangan keyingi avlod ketma-ketlik ma'lumotlarining tahlili Omicron bilan SARS-CoV-2 qayta yuqtirish hollari ortib borayotganini ko'rsatdi.
Oct 11, 2023
SARS-CoV-2 keng miqyosda mutatsiyaga uchragan xavotirli variantlarni (VOC) yaratib, global infektsiyaning ko'payishiga olib keldi. Omicron VOC SARS CoV-2 ning oldingi variantlariga duchor bo'lgan shaxslarni Omicron bo'lmagan VOC uchun ko'rilganidan yuqori chastotada qayta yuqtiradi. Omicron birlamchi infektsiyasi va Omicron qayta infektsiyasi bilan bog'liq bo'lgan pastki nasllarni tahlil qilish shuni ko'rsatadiki, Omicron-Omicron qayta infektsiyalari Omicron bo'lmagan VOC bilan birlamchi infektsiyadan keyin kuzatilganidan ko'ra qisqaroq vaqt oralig'ida sodir bo'ladi. Bizning tahlilimiz shuni ko'rsatadiki, SARS-CoV-2 ning bitta infektsiyasi yangi paydo bo'lgan Omicron nasllarining qayta infektsiyasidan himoya qilish uchun zarur bo'lgan himoya immunitetini yaratmasligi mumkin. Ushbu tahlil Daniya kogortasining keyingi avlod sekvensiyasi (NGS) yordamida bitta odamda yuzaga kelgan ikkala infektsiya bo'yicha klinik metama'lumotlarga ega bo'ldi. SARS CoV-2 genomikasini samarali nazorat qilishni taʼminlash, davolash va vaktsinani ishlab chiqishda yordam berish hamda sogʻliqni saqlash boʻyicha tavsiyalar berish uchun COVID-19 NGS ni davom ettirish va klinik metamaʼlumotlarni kiritish zarurligini tavsiya qilamiz.
cistanche tubulosa - immunitet tizimini yaxshilaydi
Jahon sogʻliqni saqlash tashkiloti SARS-CoV-2, COVID-19 ni keltirib chiqaradigan virus uchun tashvishlanishning beshta variantini (VOC) belgiladi: Alpha, Beta, Gamma, Delta va Omicron1. Ushbu VOC va yangi paydo bo'lgan variantlar SARS-CoV-2 pandemiyasini bartaraf etishda muhim to'siq bo'lib qolmoqda. Generatsiyalar ketma-ketligi (NGS) va unga hamroh bo'lgan metama'lumotlardan foydalanish VOC xostlar o'rtasida qanday tarqalishini ko'proq tushunishga imkon berdi3-5. Parranda grippi maʼlumotlarini almashish boʻyicha global tashabbus (GISAID) bugungi kunga qadar 12 milliondan ortiq SARS-CoV-2 ketma-ketligini katalogga kiritdi3. Ma'lumotlar tahlili shuni ko'rsatadiki, har bir VOC turli darajadagi yuqumlilik va virulentlik bilan bog'liq4,5 va yangi variantlar, shu jumladan hozirgi aylanma variantlar, global emlash harakatlariga qaramay, xostlarni qayta yuqtirish potentsialiga ega6,7. Eng soʻnggi variant, Omicron yoki B.1.1.529 2021-yil noyabr oyida Janubiy Afrika va Botsvanada dastlabki identifikatsiya qilinganidan koʻp oʻtmay VOC sifatida belgilangan edi1. BA.1, BA.2 va BA.3 ning Omicron sub-liniyalari butun dunyo boʻylab tarqalib, dastlabki dominant Omicron variantlariga aylandi, undan keyingi 1,8 hafta ichida BA.4 va BA.5. Yaqinda UK9 va US10da foydalanish uchun tasdiqlangan Omikronga xos vaktsina bundan mustasno, pandemiyaga qarshi kurashning bir qismi sifatida asl shtammlar ketma-ketligidan foydalangan holda ishlab chiqilgan DNK, RNK va butun protein vaktsinalaridan foydalanilgan. Oxirgi tadqiqotlar Omicron infektsiyasining yangi holatlarini o'rganib chiqdi, ular vaktsina bilan qo'zg'atilgan neytrallashtiruvchi antikorlardan qochishni ko'rsatdi, bu esa infeksion infektsiyalarning ko'payishiga olib keldi11,12. Virus 2019-yil dekabr oyida avj olgandan beri sezilarli darajada mutatsiyaga uchragan VOCga aylandi. Oldingi variantlarni zararsizlantirgan spike oqsili bilan bog‘lanishga qodir vaktsina bilan qo‘zg‘atilgan antikorlar samarasizroq ko‘rinadi va vaqt o‘tishi bilan antikor titrlari pasayib bormoqda13,14. Ilgari VOC ga ta'sir qilish natijasida olingan antikor vositachiligida olingan immunitet Omicron infektsiyasining oldini olish uchun etarli deb hisoblangan, ammo pasayayotgan antikorlar va variant mutatsiyalari kombinatsiyasi tufayli COVIDdan keyingi immunitet-19 ta'minlanmaydi. Omicron15 tomonidan qayta infektsiyadan to'liq himoya.
cistanche qo'shimchasi foydalari - immunitetni oshiradi
Omicron va uning pastki nasllaridan virusli infektsiya va qayta infektsiya genomikasi bo'yicha tadqiqotimiz NGS orqali tahlil qilingan SARS-CoV-2 genomlaridan iborat Daniyaga asoslangan ma'lumotlar to'plamidan foydalanadi. Har bir yozuv qayta infektsiyaning paydo bo'lishi uchun metama'lumotlar bilan izohlangan. Tahlil shuni ko'rsatadiki, Omicron VOC orqali qayta infektsiyalar Omicron bo'lmagan VOC orqali oldingi qayta infektsiyalarga nisbatan yuqori chastotada sodir bo'ladi. Pastki nasllarni keyingi tahlil qilish shuni ko'rsatadiki, Omicron-Omicron qayta infektsiyasi oldingi Omicron bo'lmagan VOC qayta infektsiyalari bilan solishtirganda qisqaroq vaqt oralig'ida sodir bo'ladi. Bu shuni ko'rsatadiki, Omicron varianti pandemiyada hozirgacha ko'rganimizdan ko'ra xostlarni qayta yuqtirishda ko'proq qobiliyatli va tezroq. Yangi VOC hosil bo'lishiga va shuning uchun qayta infektsiyaga olib keladigan mutatsiya potentsiali davom etayotgan sog'liqni saqlash siyosatini xabardor qilish va farmatsevtika usullarini ishlab chiqish uchun doimiy ravishda kuzatilishi kerak. Bu erda taqdim etilgan tahlil - bu ishonchli ma'lumotlar to'plamisiz va davomiy genomik monitoringsiz amalga oshirib bo'lmaydigan tadqiqot namunasidir. Rivojlanayotgan virusli genomlarning NGS SARS-CoV-2 rivojlanishini yaxshiroq tushunish uchun butun dunyo bo'ylab batafsil metama'lumotlar bilan davom etishi kerak. Har bir infektsiyalangan yoki qayta infektsiyalangan shaxsning virusli genom ketma-ketligini, metama'lumotlarini va tibbiy sog'liqni saqlash yozuvlarini uzatuvchi aniq ma'lumotlar to'plamining birlashishi ushbu maqsadga erishish uchun muhim bo'ladi.
Natijalar
SARS-CoV-2 keyingi avlod ketma-ketligi maʼlumotlari
Cistanche qo'shimchasining foydalari - immunitetni qanday mustahkamlash mumkin
Cistanche Enhance Immunity mahsulotlarini ko'rish uchun shu yerni bosing
【Batafsil ma'lumot so'rang】 Email:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692
Biz GISAID orqali kirish mumkin boʻlgan Daniya COVID-19 Genom Konsortsiumi boʻyicha tahlilimiz haqida xabar beramiz, u VOClar, jumladan, sub-nasablar boʻylab xostni qayta yuqtirishning individual holatlarini oʻrganib chiqdi3. Ayni paytda 2020-yilning 1-martidan 2022-yilning 28-avgustigacha bo‘lgan vaqt oralig‘ida 21 708 ta qayta infektsiya qaydlari mavjud. Har bir yozuvda bir shaxs uchun dastlabki infektsiya va qayta infektsiyaning aniq yig‘ish sanasi hamda ikkinchi infektsiyaning virusli genomi uchun NGS ketma-ketligi xabar qilingan. Birlamchi infektsiya va qayta infektsiya vaqti nuqtalari mezbon metama'lumotlari sifatida qayd etildi, bu infektsiyalar orasidagi davrni o'lchash imkonini beradi. Ma'lumotlar to'plamiga kiritilgan ma'lumotlarning kichikroq qismi (7595) to'plangan sanaga qo'shimcha ravishda ikkala infektsiyaning virusli Pango nasl-nasabini va bir xil shaxsdan olingan dastlabki infektsiya va qayta infektsiya namunalari uchun NGS ma'lumotlarini xabar qildi. Pango nasl nomenklaturasi virusni genomik tarkibiga ko'ra filogenetik jihatdan tasniflash uchun NGS dan foydalanadi, bu virus shtammlarini aniqlashga olib keladi16,17. Maʼlumotlar toʻplamining aksariyatida dastlabki infektsiya uchun NGS maʼlumotlari yoʻq edi va buning oʻrniga teskari transkriptaza polimer zanjiri reaktsiyasi (rtPCR) tahliliga asoslanib, subʼyekt xabar qilingan sanada SARS-CoV-2 uchun ijobiy yoki yoʻqligini aniqlashdi. rtPCR testi virusli Pango nasl-nasabini aniqlamaydi va shuning uchun bu namunalar 1-rasmda ko'rsatilgan tahlilga kiritilmagan. Namunalar hali ham tasdiqlangan dastlabki infektsiyani o'z ichiga olganligi sababli, ular faqat NGS sifatida 2a-rasmga kiritilgan. qayta infektsiya tahlil uchun zarur bo'lgan variant Pango nasl-nasabini tasdiqladi. Ishlarning kichik to'plami, 70, (<1% of total cases) had identical Pango lineages for the initial infection and reinfection. These cases were removed from the dataset because they did not satisfy the strict Pango lineage filtering methodology. This threshold was chosen because even with small nucleotide or amino acid differences within the same Pango lineage, those entries could be consistent with persistent and unresolved infection rather than reinfection18.
Qayta yuqtirish holatlari foizi va variant bo'yicha intervallar
Pango nasl-nasabi maʼlumotlari bilan bogʻliq topilgan va xabar qilingan har bir NGS xarakterli VOC uchun biz Omicron VOC (p < 0.0001, Chi kvadrat testi) bilan qayta infektsiyani qoʻllab-quvvatlovchi qayta infektsiyaning ortib borayotgan chastotasini topdik (1a-rasm). Asl virus shtammi bilan kasallangan shaxslarning 26 foizi keyingi variantlar bilan qayta infektsiyaning tobora yuqori chastotalarini ko'rsatdi. Alfa variantini dastlab yuqtirganlar Alpha tufayli qayta yuqtirish hollari bo'lmagan; ammo Delta (2,3%, 169 ta holat) va Omicron (25,1%, 1875 ta holat) dan qayta infektsiyalanish chastotalarining ortib borishi kuzatildi (1a-rasm). Dastlab Delta bilan kasallanganlar uchun Delta varianti tufayli qayta infektsiya cheklangan edi (<1%, 18 cases), but 41% (3060 cases) were reported for Omicron variant reinfections. Thus far in the pandemic, reinfection within the same variant but different sub-lineages, other than for Omicron, was found to be small (0.3%, 24 cases), yet a higher number of individuals initially infected with Omicron report reinfection due to Omicron sublineages (4.6%, 340 cases). There is a high frequency of reinfection with Omicron among all those reinfected since March 2020, during which time a total of 93.2% reinfections were due to Omicron. These results suggest that primary infection with either the Original, Alpha, or Delta variant does not provide sufficient protection against reinfection, in particular for an Omicron reinfection.
Cistanche qo'shimchasining foydalari - immunitetni qanday mustahkamlash mumkin
Buni qo'shimcha tekshirish uchun biz Omicron-dan Omicronga qayta infektsiya holatlarini ularning asosiy sub-nasab belgilari bo'yicha tasnifladik (1b-rasm). BA.2, BA.4 va BA.5 nasl-nasablari boshqa Omicron nasl-nasablariga qaraganda aminokislotalar ketma-ketligini bir-biriga yaqinroq taqsimlaydi. BA.2 va ikkala BA.4 va BA.5 o'rtasida spike oqsilida faqat uchta mutatsiyali farq mavjud: del69-70, L452R va F486V8. Ushbu o'xshashlikka qaramay, Omicron-dan Omikronga qayta infektsiyalarning yuqori chastotasi kuzatilgan son taqsimoti va kutilgan son taqsimoti o'rtasidagi sezilarli farq haqida xabar berildi, bu Omicron sub-nasablari o'rtasida qayta infektsiyalash uchun bog'liqlik mavjudligini ko'rsatdi va bu bilan bog'liq emas. imkoniyat (p < 0.0001, Chi-kvadrat testi) (1b-rasm). Dastlab BA.1 sub-nasabi bilan kasallangan shaxslar Omikrondan Omikronga umumiy qayta infektsiyaning yuqori chastotasini (62%, 211 holatlar) tashkil etgan, ikkinchi infektsiyalar asosan BA.2 (20%, 68 holatlar) yoki BA sabab bo'lgan. .5 (30%, 102 holat) (1b-rasm). Xuddi shunday, dastlab BA.2 bilan kasallangan shaxslar BA.5 (26,2%, 89 holat) bilan qayta infektsiyaning nisbatan yuqori chastotalarini (38%, 129 holat) ko'rsatdi (1b-rasm). 1b-rasmda "Boshqa" deb belgilangan infektsiyalar nasl-nasabni belgilaydigan umumiy nomenklaturaga ega emas edi. Qayta infektsiyaning yuqori chastotalari shuni ko'rsatadiki, BA.1 yoki BA.2 va BA.5 spike oqsilidagi xarakterli farq BA.1 yoki BA.2 dan infektsiyadan keyingi neytrallashtiruvchi antikorlarning BA bilan bog'lanish qobiliyatiga to'sqinlik qiladigan darajada yuqori. .5 boshoqli oqsil12,16. BA.1, BA.4 va boshqa kamroq izohlangan Omicron variantlari nasl-nasabi BA.2 va BA.5 bilan solishtirganda qayta yuqtirish darajasi pastroq edi.
1-rasm Qayta yuqtirish hollari foizi va variant bo'yicha intervallar. Daniyadagi dastlabki infektsiya va qayta infektsiya uchun ikkita variant o'rtasidagi umumiy qayta infektsiyalar chastotasini ko'rsatadigan issiqlik xaritasi. Qavslar ichidagi chastota qiymati ostida xom hisoblar ko'rsatilgan. Bo'sh oq kvadratlar uchun ma'lumotlar mavjud emas edi. n=7467 qayta yuqtirish holatlari. b Daniyadagi dastlabki Omicron infektsiyasi va ikkinchi Omicron infektsiyasi o'rtasidagi qayta infektsiya chastotasini ko'rsatadigan issiqlik xaritasi. Qavslar ichidagi chastota qiymati ostida xom hisoblar ko'rsatilgan. Bo'sh oq kvadratlar uchun ma'lumotlar mavjud emas edi. n=340 Omicron-to-Omicron qayta infektsiyasi holatlari. c Daniyada turli xil variantlarning birinchi va ikkinchi infektsiyalari uchun holatlar (haftalar) orasidagi vaqtni ko'rsatadigan scatterplot. Guruhlarning vositalari qora chiziqlar bilan ko'rsatilgan. Qizil kvadrat matnda tilga olingan 10-haftalik davrdan oldin sodir boʻlgan bir qancha dastlabki Omikrondan Omikronga oʻtgan holatlarni ajratib koʻrsatadi. n=7467 qayta infektsiya holatlari. d Daniyadagi nasl-nasab bo'yicha Omicron-to-Omicron infektsiyalari holatlari (haftalari) orasidagi vaqtni taqsimlash. Guruhlarning vositalari qora chiziqlar bilan ko'rsatilgan. Qizil kvadrat matnda tilga olingan Omikrondan Omikrongacha boʻlgan dastlabki holatlarni ajratib koʻrsatadi, ular maʼlum bir pastki nasl uchun 10-haftadan oldin sodir boʻladi. n=340 Omicrondan Omicronga qayta infektsiya holatlari.
2-rasm Qayta yuqtirish foizlari va ketma-ketlik soni. NGS va rtPCR ma'lumotlarini o'z ichiga olgan variant bilan tabaqalashtirilgan ikkinchi infektsiya foizlarini ifodalovchi chiziqli chiziqli qatlamli chiziqli chiziq sifatida ifodalangan variant bo'yicha qatlamlangan Daniya sekvensiyasi foizlari. b Bir oylik vaqt oralig'ida qit'alar bo'yicha tabaqalashtirilgan butun dunyo bo'ylab sekvensiya hisoblashlari. Ma'lumotlar, shuningdek, 2-rasmda bir oylik ketma-ketlikdagi holatlar foizi sifatida ko'rsatilgan.
Infektsiyadan keyin neytrallashtiruvchi antikorlarning kamayishi ma'lum bir odamda tabiiy immunitet qancha davom etishi haqida tashvish uyg'otadi. Omicrongacha boʻlgan modellar infektsiyadan keyingi dastlabki immunitetning 90% dan koʻproq samaradorligini baholashgan, ammo bu hisob-kitoblar 108 haftadan soʻng 10% dan kamroqqa kamaydi19. 1c va d rasmlari pandemiya davomida kuzatilgan birinchi va ikkinchi VOC infektsiyalari orasidagi vaqtni ko'rsatadi. Pandemiyada paydo bo'lish, tarqalish va hukmronlik qilish vaqtlari tufayli turli VOClar o'rtasida qayta infektsiyalash vaqtini bosqichma-bosqich oshirish tendentsiyasi namoyon bo'ladi (1c-rasm). Xususan, Omicron-to-Omicron qayta infektsiyasi hodisalari dastlabki infektsiyadan keyin 3 hafta o'tgach paydo bo'ladi, o'rtacha 22 hafta (1c-rasm). Ushbu Omicron-to-Omicron reinfektsiyalaridan 340 ta (14,7%) 50 tasi dastlabki infektsiyadan keyingi 10 hafta ichida sodir bo'ladi; 1c-rasmda qizil quti bilan belgilangan. 10 haftadan oldin va keyin sodir bo'lgan Omikrondan Omikronga qayta infektsiyalar orasidagi vaqtning ahamiyati uchun t-testi o'tkazildi. Ushbu ikkita kichik guruh o'rtacha qayta infektsiya vaqtlarining ahamiyatini ko'rsatadi (p <0,0001, 95% CI: 17,17-20,19). Bu Omicron-Omicron qayta infektsiyasi guruhida ushbu muhim bimodal taqsimotga nima sabab bo'lishi mumkinligini aniqlash uchun keyingi tahlillarga olib keldi. 1c-rasmdagi bu reinfektsiyalar 1d-rasmda pastki nasl bo'yicha qatlamlangan. 1d-rasmda qizil quti bilan belgilangan 10 haftadan oldin qayta infektsiyaning paydo bo'lishi asosan birinchi navbatda BA.1 bilan, keyin esa BA.2 bilan qayta infektsiya bilan bog'liq. 1d-rasmda ushbu guruhlar o'rtasida tafovut tahlili (ANOVA) o'tkazildi (qo'shimcha ma'lumotlar 1) ma'lumotlar to'plamidagi namunalarning Pango nasl-nasabini aniqlash uchun bioinformatika yordamida qayta ishlangan NGS ma'lumotlarining mavjudligi sababli ko'pchilik uchun vositalardagi farq o'rtasidagi ahamiyatni ko'rsatadi. .
Qayta yuqtirish hollari foizi
Oldin tavsiflanganidek, NGS va rtPCR namunalarining birlashtirilgan maʼlumotlar toʻplamidan foydalangan holda, oʻtgan yildagi boshqa VOClarga nisbatan soʻnggi sakkiz oy ichida (2-dekabr021-iyuldan 2022-yilgacha) koʻproq qayta infektsiyalar qayd etilgan (2-rasm). 2a). Daniyadagi umumiy infektsiyalarga nisbatan Omicron sub-nasablarining nisbati qo'shimcha rasmda batafsil tavsiflangan. 1. Global Omicron infektsiyasi to'lqini davrida, Daniyada 2022 yil iyul oyida namuna olingan umumiy holatlarning 19,5% ni qayta yuqtirishning eng yuqori ulushiga ega bo'ldi. Taqqoslash uchun, Delta to'lqini davridagi umumiy holatlarning 1,4% ni tashkil etgan cho'qqi reinfektsiya sifatida qayd etilgan. Bu farq pandemiyaning Omicron VOC ga o'tishi paytida kuzatilgan qayta infektsiyalarning yuqori darajasini ta'kidlaydi. Bundan tashqari, ma'lumotlar shuni ko'rsatadiki, infektsiyaning dominant varianti Delta va Omicron o'rtasida 50% ga teng taqsimlanganda, qayta infektsiyalar teng taqsimlanmagan. O'sha paytda, 2021 yil dekabrida qayta infektsiyalar Delta tomonidan 0,6% hollarda va Omicron tomonidan 1,6% hollarda sodir bo'lgan. Bu Delta va Omicron o'rtasidagi muhim topilma, chunki ta'sir qilish ehtimoli taxminan bir xil edi, ammo qayta infektsiya ehtimoli yo'q edi.
Munozara
Mavjud mintaqaviy ma'lumotlarning ushbu suratidagi natijalarimiz ikkita asosiy tushunchani ko'rsatadi. Birinchidan, odamlar SARS-COV-2 bilan qayta infektsiyalanadi va Omikrondan Omikronga qayta infektsiyalar oldingi VOC bilan bog'liq qayta infektsiyalarga qaraganda yuqoriroq chastotada bir-biriga yaqinroq sodir bo'ladi. Oldingi bir qator tadqiqotlar SARS-CoV-2da qayta infektsiyalanish chastotalarini, shu jumladan Omicronni o'rganadi va bu turdagi tadqiqotlar qimmatli tushunchalarni taqdim etsa-da, ular ko'pincha faqat PCR ma'lumotlari bilan cheklanadi6,7,20 va Pango nasl-nasabini belgilamaydi. Shunday qilib, pandemiya haqida tushunchaga ega bo'lish qobiliyatini cheklaydi. Ikkinchidan, virusli infektsiya tezligi va vaktsina samaradorligidagi o'zgarishlarni doimiy ravishda kuzatish uchun bemorning klinik metama'lumotlari bilan NGSga doimiy ehtiyoj mavjud. Samarali genomik kuzatuv bizga virusli infektsiya tendentsiyalarini tushunishga va paydo bo'lgan VOClarning hozirgi tahdid darajasini baholashga imkon beradi. Biz ommaviy axborot bazasini yaratish uchun infektsiyalangan shaxslardan virusli ketma-ketlikni olishga qaratilgan butun dunyo bo'ylab ilmiy hamkorlikning misli ko'rilmagan darajasini ko'rdik. Ushbu hamkorlik qimmatli ma'lumotlarni ommaga taqdim etdi, shunda biz virus genomikasidagi o'zgarishlarni kuzatishimiz, epidemiologik tadqiqotlar o'tkazishimiz, sog'liqni saqlash siyosatini boshqarishimiz va vaktsina loyihasini xabardor qilishimiz mumkin3. Ushbu tahlil vaqtida GISAIDda 12 milliondan ortiq ketma-ketlik mavjud bo'lsa-da, joriy ketma-ketlik stavkalari sezilarli darajada pasaymoqda3. NGS sonining qit'alar bo'yicha taqsimlanishi Shimoliy Amerika va Evropada so'nggi pasayish bilan ko'rsatilgan (2b-rasm). Bu pasayish ilmiy hamjamiyatimizning SARS-CoV-2 va COVID-19ni tahlil qilish qobiliyatiga salbiy taʼsir qiladi, chunki Pango nasl-nasabi maʼlumotlarini faqat NGS maʼlumotlaridan olish mumkin. Bundan tashqari, hozirda mavjud bo'lgan genomik ketma-ketlik ko'pincha boshlang'ich infektsiya yoki qayta infektsiya sifatida xabar qilinadi, ammo NGSning dastlabki infektsiyasi va qayta infektsiyasi ma'lumotlari odatda bir xil shaxs uchun birgalikda xabar qilinmaydi. Daniya ma'lumotlar to'plami qayta infektsiya xavfini tahlil qilish vositasi sifatida har bir kishi uchun NGS ma'lumotlarini hisobot berish muhimligini ko'rsatadi. Bu GISAID ma'lumotlar bazasidagi noyob kogort, chunki ushbu tadqiqotda Daniyadan 21 708 ta yaxshi izohlangan genom ishlatilgan. 2,{21}} dan kamroq qoʻshimcha izohli qayta infektsiya genomlari butun dunyo boʻylab mavjud boʻlib, takroriy infektsiya tafsilotlari cheklangan va bemorlar bilan bogʻlanishlar koʻp boʻlmagan. Ushbu tadqiqotning hajmi, shuningdek, Daniyaning nisbiy kattaligi va aholi zichligi tahlillarda noxolislikni yumshatishga yordam beradi. Qayta infektsiya nafaqat ikkinchi infektsiya, balki uchinchi va to'rtinchi infektsiya uchun ham keng tarqalgan bo'lib, butun dunyo bo'ylab e'lon qilingan ma'lumotlar qayta infektsiya haqida ko'proq ma'lumot berishi mumkin. Bundan tashqari, surunkali infektsiyalar virusning ma'lum bir xostda qanday rivojlanishini tushunish uchun vaqt o'tishi bilan namunalarda bir nechta NGS tahlillari bilan yaqindan tahlil qilinishi mumkin.
Qayta infektsiyaga tashqi, biologik bo'lmagan noaniqliklar, masalan, blokirovka qilish muddatlari va niqoblar, vaktsinalar va turli cheklovlar kabi himoya choralari ta'sir qilishi mumkin. 2020-yil 11-martda Daniyada milliy blokirovka joriy etildi, ikki qayta ochilish bosqichi koʻp oʻtmay 6-aprel va 27-mayda sodir boʻldi. Ikkinchi milliy blokirovka 2020-yil 16-dekabrda joriy etildi va ikki bosqichda 2021-yil 16-fevral va 1-martda qayta ochildi. Niqob talablari, yig‘ilishlardagi o‘lcham cheklovlari va biznes faoliyatiga cheklovlar kabi barcha cheklovlar 2021-yil sentabr oyida olib tashlandi. 2021-yil dekabridan 2022-yil fevraligacha virus tarqalishini yumshatishga yordam berish uchun ushbu cheklovlar qayta tiklanganiga qaramay, ushbu davrda kuzatilgan 7084 ta Omicron qayta infektsiyasi 1,5% dan 6% gacha o'sdi, bu ilgari ko'rilmagan qayta infektsiya darajasi (2a-rasm). Daniya 2022-yil 15-maydan boshlab birlamchi emlashlarni to‘xtatib, emlash dasturini to‘xtatgan dunyodagi birinchi davlat bo‘ldi. 2022-yil fevralidan boshlab mamlakatning 81 foizi emlangan va 62 foizi uchinchi kuchaytirgichni olgani aytilgan. Emlash dasturini tugatish birlamchi infektsiya va qayta yuqtirish ko'rsatkichlarining oshishiga olib kelishi mumkin edi, chunki 21-24 Daniyada hali ham emlanmagan shaxslarning katta qismi mavjud edi. COVID{25}} pandemiyasida xavotirga soladigan narsa shundaki, emlangan odamlarda vaksinatsiyalangan odamlarda neytrallashuvchi antikor titrlarining pasayishi tufayli ajralmas infektsiyalar yuzaga keladi13,14. Biz buni tadqiqotimizda tahlil qila olmadik, chunki vaktsina turi, qabul qilingan dozalar soni va qabul qilingan sana haqida maʼlumot beruvchi metamaʼlumotlar mavjud emas edi. Vaksinatsiya meta-ma'lumotlari va boshqalar, masalan, yosh yoki mavjud sog'liq holatlari, har bir alohida holatga ko'ra, himoya yoki xavf darajasida qayta infektsiyani tahlil qilish imkonini beradi. Tadqiqotlar Omicron qayta infektsiyasini tahlil qilish uchun ushbu turdagi metama'lumotlardan foydalangan, ammo Pango nasl-nasabini aniqlaydigan NGS ma'lumotlari rtPCR25,26 o'rniga mavjud emas. Qatarda o'tkazilgan tahlil rtPCR bilan cheklangan, ammo BA.4 yoki BA.5 ga qarshi avvalgi Omicron bo'lmagan infektsiyadan oddiy darajada, ammo Omicron infektsiyasidan keyin kuchliroq bo'lgan degan xulosaga keldi. Birinchi infektsiya variantidan qat'i nazar, odamlar hali ham qayta infektsiyalanishi mumkin edi, ammo qizig'i, bu emlangan shaxslar uchun unchalik o'zgarmadi. Vaktsinatsiya qilingan shaxslar qayta infektsiyadan biroz yuqoriroq himoyaga ega bo'lishlari taklif qilindi. Qatardagi tadqiqot natijalari dominant variant sanasi, BA.4 yoki BA.5 bilan bog'liq bo'lgan umumiy Spike oqsilini yo'q qilish uchun mo'ljallangan ijobiy rtPCR testi orqali olingan. Bu oʻchirish bir nechta Omicron sub-liniyalarida, BA.4 va BA.5da mavjud boʻlganligi sababli, ularni NGS20 tomonidan Pango nasl-nasabini tasdiqlamasdan tahlil qilish uchun ajratib boʻlmaydi. SARS CoV-2 namunalarining keyingi avlod ketma-ketligi xostni tavsiflovchi metamaʼlumotlar qoʻshilishi bilan davom etishiga qatʼiy ishonamiz. Ketma-ketlikning pasayishi tashvishli bo'lsa-da, bitta odam ma'lumotlarining bir nechta manbalar orqali integratsiyalashuvi COVID-19 haqida yangi tushunchalarni kashf qilish uchun muhim ishdir. Masalan, virus genomini identifikatsiyalash uchun keyingi avlod ketma-ketligini, yoshni va mavjud sharoitlarni tekshirish uchun tibbiy yozuvlarni va vaqt va qayta infektsiya holatini kuzatish uchun metama'lumotlarni bog'lash muhimdir.
cistanche o'simlik - immunitet tizimini oshiradi
Qayta infektsiyalangan taqdirda, infektsiyalar o'rtasidagi vaqtni va har bir infektsiyaning virusli genom tarkibini tavsiflovchi ma'lumotlarni ketma-ketlashtirish sog'liqni saqlash bo'yicha aniq tavsiyalar berish va samarali, uzoq muddatli farmatsevtika vositalarini ishlab chiqish uchun juda muhimdir. Bizning tadqiqotimiz shuni ko'rsatadiki, Omicron VOC bilan qayta infektsiyalar pandemiya davrida boshqa VOC uchun kuzatilganidan ko'ra yuqoriroq chastotada va qisqaroq vaqt oralig'ida sodir bo'ladi. Bu sog'liqni saqlash siyosatini ishlab chiquvchilar uchun muhim ahamiyatga ega. Bu erda taqdim etilgan tahlil NGS butun dunyo bo'ylab davom ettirilishi va har bir infektsiyalangan yoki qayta infektsiyalangan shaxsning virusli genom ketma-ketligini, metama'lumotlarini va tibbiy sog'lig'ini uzatuvchi ma'lumotlar to'plamlari birlashmasi orqali yanada takomillashtirilishi kerak bo'lgan ushbu mustahkam ma'lumotlar to'plamisiz amalga oshirib bo'lmaydigan tadqiqot namunasidir. yozuvlar.
Tadqiqotimiz shuni ko'rsatadiki, Omicron VOC bilan qayta infektsiyalar pandemiya davrida boshqa VOC uchun kuzatilganidan ko'ra yuqoriroq chastotada va qisqaroq vaqt oralig'ida sodir bo'ladi; ammo, bizning virus tarqalishini o'lchash va miqdorini aniqlash qobiliyatimiz bemor namunalarini doimiy ravishda ketma-ketlashtirish uchun moliyalashtirish / qobiliyatning kamayishi tufayli eksponent ravishda kamaydi.
Ma'lumotnomalar
1. Viana, R. va boshqalar. Afrikaning janubida SARS-CoV-2 Omicron variantining tez epidemiyasi kengayishi. Tabiat 603, 679–686 (2022).
2. Oliu-Barton, M. va boshqalar. Samarali vaktsinalar mavjud bo'lganda SARS-CoV-2 ni yo'q qilish va yumshatish. Lancet Glob. Salomatlik 10, e142–e147 (2022).
3. Khare, S. va boshqalar. GISAIDning pandemiyaga qarshi kurashdagi roli. Xitoy CDC Wkly. 3, 1049–1051 (2021).
4. Gómez, CE, Perdiguero, B. & Esteban, M. Rivojlanayotgan SARS-CoV-2 variantlari va SARS-CoV-2/COVID-19 ga qarshi global emlash dasturlariga ta'siri. Vaktsinalar 9, 243 (2021).
5. Wu, H. va boshqalar. R203K/G204R nukleokapsid mutatsiyalari SARS-CoV-2 infektsiyasini, fitnesini va virulentligini oshiradi. Cell Host Microbe 29, 1788–1801.e6 (2021).
6. Rahman, S. va boshqalar. Tabiiy yuqtirgan va emlangan shaxslar orasida COVID-19 qayta infektsiyasi. Sci. 12-Resp., 1438 (2022).
7. Pulliam, JRC va boshqalar. Janubiy Afrikada Omicron paydo bo'lishi bilan bog'liq bo'lgan SARS-CoV-2ni qayta yuqtirish xavfi ortdi. Fan 376, eabn4947 (2022).
8. Tegalli, H. va boshqalar. Janubiy Afrikada SARS-CoV-2 Omicron nasllarining BA.4 va BA.5 paydo bo'lishi. Nat. Med. 28, 1785–1790 (2022).
9. Mahase, E. Covid-19: Buyuk Britaniya kuzgi kuchaytiruvchi dasturning bir qismi sifatida Moderna kompaniyasining omicron BA.1 vaktsinasini chiqaradi. BMJ 378, o2038 (2022).
10. CDC. CDC birinchi yangilangan COVID-19 Boosterni tavsiya qiladi. https://www. cdc.gov/media/releases/2022/s0901-covid-19-booster.html (2022).
11. Yu, J. va boshqalar. SARS-CoV-2 Omicron BA.1 va BA.2 variantlarini zararsizlantirish. N. Engl. J. Med. 386, 1579–1580 (2022).
12. Tuekpraxon, A. va boshqalar. SARS-CoV-2 Omicron BA.4 va BA.5 antikorlarining emlash va BA.1 sarumidan chiqishi. 185-uya, 2422–2433.e13 (2022).
13. Kurhade, C. va boshqalar. Omicron BA.1, BA.2 va BA.3 SARS CoV-2 ni BNT162b2 vaktsinasining 3 dozasi bilan zararsizlantirish. Nat. Kommun. 13, 3602 (2022).
14. Woodbridge, Y., Amit, S., Huppert, A. & Kopelman, NM. SARS-CoV-2 Delta va Omicron variantlarining virusli yuklanish dinamikasi bir nechta emlash dozalari va oldingi infektsiyadan keyin. Nat. Kommun. 13, 6706 (2022 yil).
15. Goldberg, Y. va boshqalar. SARS-CoV ga qarshi tabiiy va gibrid immunitetni himoya qilish va pasaytirish-2. N. Engl. J. Med. 386, 2201–2212 (2022).
16. Rambaut, A. va boshqalar. Genomik epidemiologiyaga yordam berish uchun SARS-CoV-2 avlodlari uchun dinamik nomenklatura taklifi. Nat. Mikrobiol. 5, 1403–1407 (2020).
17. O'Toole, Á., va boshqalar. Pangolin vositasi yordamida paydo bo'lgan pandemiyada epidemiologik nasllarni belgilash. Virus Evol. 7, veab064 (2021).
18. Weigang, S. va boshqalar. Immunitetdan qochish variantlari manbai sifatida immunosupressiyalangan COVID-19 bemorda SARS-CoV-2 ning xost ichidagi evolyutsiyasi. Nat. Kommun. 12, 6405 (2021 yil).
19. Prillaman, M. Bitta koronavirus infektsiyasi boshqasini davolaydi, ammo bu xuddi shunday variant bo'lsagina. Tabiat https://doi.org/10.1038/d41586-022-01914-6 (2022)
20. Altarawneh, HN va boshqalar. Oldingi SARS-CoV-2 infektsiyasining Omicron BA.4 va BA.5 subvariantlariga qarshi himoya ta'siri. N. Engl. J. Med 387, 1620–1622 (2022).
21. Danielsen, S., Joensen, A., Andersen, PK, Madsen, T. va Strandberg-Larsen, K. Daniyada COVID{3}} blokirovkasidan keyin yosh kattalardagi o'z-o'ziga shikast etkazish, o'z joniga qasd qilish va ovqatlanish buzilishi belgilari. Nat. Hum. Xulq-atvor. https://doi. org/10.1038/s41562-022-01511-7. (2023)
22. Peltier E. Daniya, virus holatlari bilan to'lib-toshgan, "Buni keltiring" munosabatini qabul qiladi. The New York Times https://www.nytimes.com/2022/02/08/world/europe/denmark-covid-infections.html (2022).
23. Elllyatt H. Daniya COVID{1}}ga qarshi emlash dasturini toʻxtatgan birinchi davlatga aylandi. CNBC https://www.cnbc.com/2022/04/28/denmark-the-first country-to-halt-its-covid-vaccination-program.html (2022).
24. Daniya Kovid cheklovlari holatlarning ko'payishiga qaramay olib tashlandi. BBC https://www. bbc.com/news/world-europe-60215200 (2022).
25. Eythorsson, E., Runolfsdottir, HL, Ingvarsson, RF, Sigurdsson, MI & Palsson, R. Islandiyada Omikron to'lqini paytida SARS-CoV-2ni qayta yuqtirish darajasi. JAMA tarmoq. 5, e2225320 (2022) ni oching.
26. Carazo, S. va boshqalar. Kanadaning Kvebek shahridagi messenjer RNK bilan emlangan va emlanmagan shaxslar orasida Omicron varianti bilan qayta infektsiyadan oldingi SARS-CoV-2 infektsiyasining taxminiy himoyasi. JAMA tarmoq. 5, e2236670 (2022) ni oching.
27. Falahi, S. va Kenarkoohi, A. COVID-19 qayta infektsiyasi: uzoq muddatli to'kilish yoki haqiqiy qayta infektsiya? N. Mikroblar N. Yuqtirish. 38, 100812 (2020 yil).
28. Burkholz, S. va boshqalar. Kod: SARS-CoV-2 Omikronni qayta yuqtirish holatlarining ko'payishi Daniyada COVID-dan keyingi-19 immunitetning samarasizligini ko'rsatadi va keyingi avlod ketma-ketligini davom ettirish zarurligini bildiradi. https://doi. org/10.5281/ZENODO.7659150. (2023).
