Integral Omiks tahlili buyrak allograft biopsiyalarida mikrovaskulyar yallig'lanish bilan bog'liq yo'llarni ochib beradi
Mar 24, 2022
Qattiq organ transplantatsiyasida mikroRNKlar (miRNK) shikastlanishga javoban allogreft hujayra funktsiyasini tartibga solishda asosiy o'yinchilar sifatida paydo bo'ldi. Antikor vositachiligida rad etishda miRNKlarning roli haqida tushunchaga ega bo'lish uchun, mikrovaskulyar yallig'lanish bilan gistologik jihatdan aniqlangan rad etish fenotipi,buyrak allogreft biopsiyalari miRNK, balki messenjer RNK (mRNK) profiliga ham duchor bo‘ldi. BIOMARGIN tadqiqotiga xos noyob ko‘p bosqichli tanlash jarayonidan foydalanish (kashfiyot kohorti, N=86; tanlash kohorti, N=99; tekshirish kohorti, N=298), oltita differensial ifodalangan miRNK doimiy ravishda aniqlandi: miR-139-5p (pastga) va miR-142-3p/150-5p/155-5p/{ {7}}p/223-3p (yuqoriga). Ularning ifoda darajasi asta-sekin mikrovaskulyar yallig'lanish intensivligi bilan bog'liq. MiRNK maqsadli genlarining hujayra o'ziga xosligi ularning in vivo mRNK maqsadlarini mustaqil allogreft biopsiya kohortidan bitta hujayrali RNK ketma-ketligi bilan birlashtirish orqali tekshirildi. Endoteliydan olingan miR{11}}p ifodasi MHC bilan bog'liq genlar ifodasi bilan salbiy bog'liq. Aksincha, epiteliyadan kelib chiqadigan miR{14}}p haddan tashqari ekspressiyasi buyrak elektrolitlari gomeostazining buzilishi va immunitet bilan bog'liq bo'lgan yo'llar bilan kuchli bog'liq edi. Immunitet hujayralarida miR{16}}p T-limfotsitlarda NF-kB faollashuvini, miR{18}}p esa antigen taqdim qiluvchi hujayralardagi mRNK birikmasini tartibga solgan. Umuman olganda, integratsiyalashgan omiks bizga mikrovaskulyar yallig'lanish bilan bog'liq yangi yo'llarni ochishga imkon berdi va quvurli epiteliya hujayralarida metabolizmning o'zgarishi yaqin atrofdagi endoteliya bo'linmasidan tashqari, antikor vositachiligida rad etish natijasida sodir bo'lishini ko'rsatadi.
Kalit so‘zlar:buyrak transplantatsiyasi, mikroRNK, multi-omiks, mikrovaskulyar yallig'lanish, antikor vositachiligida rad etish
CISTANCHE BUYRAK/BUYRAK KASALLIKLARINI SOZLADI
KIRISHInbuyrak transplantatsiyasi(KT), alloimmun shikastlanish, odatda, immun infiltratsiyasining fazoviy taqsimotiga va donorga xos anti-HLA antikorlarining mavjudligi yoki yo'qligi haqidagi ma'lumotlarga ko'ra, allogreft rad etishning ikki turiga dichotomized. Diagnostika Banff xalqaro konsensus tasnifiga (1) muvofiq gistologik lezyonlarni baholash bilan allogreft biopsiyasiga asoslanadi. Tubulit ("t" lezyon) va interstitsial yallig'lanish ("I" lezyon) T xujayralari vositachiligidagi rad etishning (TCMR) o'ziga xos gistologik xususiyatlari bo'lib, tubulointerstitial bo'linmaning bevosita sitotoksikligi bilan bog'liq. Antikor vositachiligidagi rad etish (ABMR) ko'pincha mikrovaskulyar bo'linmaga qaratilgan yallig'lanish bilan aylanib yuradigan anti-HLA antikorlari bilan bog'liq. Faol ABMR gistologik lezyonlari glomerulyar kapillyarlarda ("g" lezyon) va peritubulyar kapillyarlarda ("ptc" lezyoni) mononuklear hujayralar mavjudligini o'z ichiga oladi, ular birgalikda "mikrovaskulyar yallig'lanish" (MVI) deb ataladi. Surunkali faol ABMRda surunkali to'qimalar shikastlanishi, masalan, transplant glomerulopatiyasi yoki arterial intimal fibroz bu o'tkir lezyonlarga qo'shiladi (1). Hozirgi T'-hujayralarga mo'ljallangan immunosupressiv vositalardan foydalangan holda, TCMR cheklangan prognostik ta'sirga ega deb hisoblanadi, ABMR esa samarali terapevtik yondashuvlarning yo'qligi bilan bog'liq bo'lgan transplantatsiya etishmovchiligining asosiy sababidir (2).
MVI va ABMR uchun yaxshiroq davolash usullarini topish uchun ushbu shikastlanish jarayonlari asosidagi biologik mexanizmlarni yaxshiroq tushunish kerak. Yuqori samarali omiks texnologiyalari maqsadga muvofiq ko'rinadi, chunki ular minglab genlar, oqsillar va metabolitlarni aniq va bir vaqtning o'zida skrining qilish imkonini beradi(3). Butun transkriptom bilan so'roq qilishbuyrakallogreft biopsiyalari ABMR (4) paytida shikastlangan rezident hujayralarda yoki infiltratsiya qiluvchi hujayra populyatsiyalarida mRNK gen ekspressiyasining chuqur o'zgarishini ko'rsatdi. Shu bilan birga, mikroRNKlar (miRNKlar) posttranskripsiya darajasida xabarchi RNKni (mRNK) tartibga solish orqali hujayra metabolizmida asosiy o'yinchilar sifatida paydo bo'ldi. Aslida, miRNKlar organizmning proliferatsiya, apoptoz, differentsiatsiya va rivojlanish bilan bog'liq fiziologik jarayonlarini nozik sozlash haqidagi tushunchamizda inqilob qildi (5). Ajablanarli emaski, tartibga solinmagan miRNK ifodasi ko'plab patologiyalarning rivojlanishiga olib keladi, shu jumladanbuyrak kasalligi(6). MiRNK ifoda profillari kasal va sog'lom holatlar o'rtasida farq qilganligi sababli, ko'plab tadqiqotlar miRNKlarni yolg'iz yoki boshqa an'anaviy markerlar bilan birgalikda tahlil qildi, bu nafaqat kasallik tashxisini qo'yish va kasallikning rivojlanishini prognoz qilish, balki potentsial terapevtik dasturlarni ishlab chiqish uchun ham (7).
Qattiq organ transplantatsiyasi kontekstida miRNKlar immun hujayra funktsiyasini tartibga solishda va allogreft rezident hujayralarining shikastlanishiga javob berishda roli orqali rad etishda ishtirok etishi mumkin (6,8). Bir nechta tadqiqotlar allograft miRNKlarni TCMR (8,9) sozlamalarida biomarkerlar va/yoki effektorlar sifatida tekshirgan, ammo hozircha hech biri MVI va ABMRga e'tibor qaratgani yo'q.buyrakmiRNKlarning ushbu zararli rad etish fenotipidagi roli haqida tushunchaga ega bo'lish uchun allograft biopsiyalari.
MATERIALLAR VA USULLAR O'quv loyihasiUshbu tadqiqot FP{0}}moliyalangan BIOMARkers dasturining bir qismidirBuyrakGraft jarohatlari tadqiqot dasturi (BIOMARGIN, https://cordis.europa. eu/project/id/305499, ClinicalTrials.goy, NCT02832661 raqami), Evropa tadqiqot konsortsiumi tomonidan allogreft immun lezyonlarining biomarkerlarini izlashdabuyrak transplantatsiyasidiagnostik va/yoki prognostik ahamiyatga ega bo'lgan qabul qiluvchilar. BIOMARGIN ko'p markazli, istiqbolli, ko'p bosqichli tadqiqot bo'lib, to'rtta o'tkaziladibuyrak transplantatsiyasiEvropadagi markazlar (Necker kasalxonasi, Parij, Frantsiya; Universitet kasalxonalari, Leuven, Belgiya; Hannover tibbiyot maktabi, Hannover, Germaniya; va Universitet kasalxonasi, Limoges, Frantsiya). Namunalar skrining va indikatsiya biopsiyalari vaqtida 2013 yil apreldan 2015 yil iyungacha bo'lgan davrda to'plangan (IA-rasm). Barcha transplantatsiyalar manfiy komplementga bog'liq bo'lgan sitotoksiklik o'zaro mos kelishi bilan amalga oshirildi. Ushbu to'rtta klinik markazda protokol biopsiyalari ko'rsatma biopsiyalaridan tashqari, mahalliy markaz amaliyotiga ko'ra, transplantatsiya qilinganidan keyin 3,12 va ba'zan 24 oyda amalga oshirildi. Har bir saytdagi institutsional tekshiruv kengashi tadqiqotni ma'qulladi va barcha bemorlar yozma ravishda xabardor qilingan rozilikni berdilar.
Kohortlarni o'rganishTadqiqot uch bosqichga bo'lingan (1A-rasm). Vaziyatni nazorat qilishning birinchi bosqichida global miRNK ifoda tahlili uchun N=88 biopsiya namunalari ishlatilgan (N=754 miRNK, potentsial normallashtiruvchi miRNKlar bundan mustasno) . Biz namunalarni mavjudligi va gistologik mezonlari asosida tanladik (glomerulonefrit yoki poliomavirus bilan bog'liq nefropatiya tashxisi va noaniq tashxisi bo'lgan holatlar bundan mustasno). Mahalliy biopsiya o'qishlari asosida birinchi tanlov amalga oshirildi, u asl markazdan mustaqil ravishda bir guruh patologlar tomonidan markaziy o'qish orqali yanada aniqlandi. Statistik tahlil (miRNK tanloviga qarang) miRNKlarning kengaytirilgan ro'yxatini tanlash uchun ishlatilgan, ular gistologik fenotiplar o'rtasida eng farqli ravishda ifodalangan va keyinchalik 2-bosqichda miqdori aniqlangan.
Shunga o'xshash vaziyatni nazorat qilish tadqiqot dizayni ikkinchi (tanlash) bosqichida qo'llanildi, bu erda maqsadli miRNK ifoda tahlili (N=143) N=99 biopsiya namunalarida o'tkazildi. Xuddi shu statistik quvur liniyasi miRNKlarning yanada cheklangan ro'yxatini tanlash uchun qo'llanildi, keyinchalik ularning miqdori 3-bosqichda aniqlanadi. Nihoyat, uchinchi (validatsiya) kogortada barcha namunalar 2014-yil 24-iyun va 2015-yil 2-iyul oralig‘ida BIOMARGIN protokoli bo‘yicha istiqbolli va ketma-ket to‘plangan.buyrakallograft biopsiya sifati, ikkinchi tanlov bosqichi natijasida tanlangan 38 miRNK uchun baholandi. Haqiqiy hayotdagi ushbu kohortda gistologiya, demografiya, vaqt yoki namuna mavjudligi va sifat nazorati mezonlaridan (biopsiyaning etarliligi va RNK rentabelligi) boshqa omillarga asoslanib hech qanday tanlov o'tkazilmagan.
miRNK tanlashBIOMARGIN tadqiqoti uchun R(R Core Team(10), 1.0.44 versiyasi) biosignal R paketining (1l) kengaytmasi sifatida maxsus mustahkam statistik quvur liniyasi ishlab chiqilgan. Qisqacha aytganda, kashfiyot bosqichida biz bir o'zgaruvchan va ko'p o'zgaruvchan yondashuvlarni o'z ichiga olgan xususiyatlarni tanlash strategiyasini amalga oshirdik. Bir o'zgaruvchan tanlov uchun biz parametrik bo'lmagan test (Wilcoxon-Mann-Whitney testi) va parametrik test (Student's t-test) va Discovery kohortidan (BIOS-03-0023, BIOS-06-0238) foydalandik. Har bir ko'p o'zgaruvchan modeldagi har bir miRNK transkriptining bashorat ballari "ko'p o'lchovli ball" olish uchun birlashtirildi. Ushbu bir o'zgaruvchan va ko'p o'lchovli tahlillar natijalarini birlashtirib, biz keyingi bosqichda miqdorini aniqlash uchun kengaytirilgan ro'yxatning bir qismi bo'lish uchun miRNK nomzodlarining bir qismini tartiblash va tanlashga muvaffaq bo'ldik.VMI yo'llariga qaratilgan ushbu posthok tahlil uchun har bir miRNKning median normallashtirilgan ifodasi barcha uchta kogortada Wilcoxon testidan foydalangan holda holatlar va nazoratlar o'rtasida taqqoslandi. Biz Benjamini va Xochbergning noto'g'ri kashfiyot tezligi (FDR) usulidan foydalangan holda bir nechta testlarni nazorat qildik.
Klinikopatologik baholashShaxsiy gistologik lezyon ballari Banff 2019 mezonlariga (16) muvofiq yarim miqdoriy jihatdan baholandi. "Mikrotomir yallig'lanishi" (MVI) atamasi glomerulit (g) va/yoki peritubulyar kapillyarit (ptc) ning har qanday darajadagi kombinatsiyasiga ishora qilish uchun ishlatilgan. ABMRning barcha holatlari Banf 2015 yoki Banff 2017 tasnifining (gistologik) dastlabki 2 mezoniga javob berdi. o'tkir to'qimalar shikastlanishining dalillari va qon tomir endoteliysi bilan hozirgi/so'nggi antikorlarning o'zaro ta'sirining dalillari), ammo barchasi uchinchi mezonga javob bermadi [donorga xos antikorlarning (DSA) va/yoki CAD bo'yalishining serologik dalillari]. Transplantatsiyadan keyingi DSAlar mahalliy markaz amaliyoti bo'yicha aniqlandi, DSA pozitivligi biopsiya vaqtida yoki undan oldingi istalgan vaqtda o'rtacha floresans intensivligi (MFI) qiymati 500 bo'lgan aniqlangan donorga xos zardobga qarshi HLA antikorlari sifatida aniqlanadi.
mRNK va miRNK profilini yaratish uchun biopsiya namunalaridan RNK ekstraktsiyasiHar birida ikkita igna yadrosi olinganbuyrakallograft biopsiyasi. Ulardan biri an'anaviy gistologik tasniflash uchun ishlatilgan, ikkinchisining kamida yarmi darhol Allprotect Tissue Reagentida (Qiagen Benelux BV, Venlo, Niderlandiya) saqlangan. Allprotect naychalari 4C da (minimal 24 soatdan maksimal 72 soatgacha) saqlangan. , so'ngra RNK ekstraktsiyasigacha -20 daraja saqlanadi. Jami RNK dan ajratilganbuyrakQIAcube asbobida (Qiagen Benelux BV) Allprep DNK/RNK/miRNA Universal Kit (Qiagen Benelux BV) yordamida allograft biopsiya namunalari. Izolyatsiya qilingan RNK miqdori (26{{20}} nm da absorbans) va tozaligi (230,260 va 280 nmdagi absorbans nisbati) NanoDrop ND-1000 spektrofotometri (Termo) yordamida o'lchandi. Fisher Scientific/Life Technologies Europe BV, Gent, Belgiya). RNK yaxlitlik raqami (RIN) Eukaryote nano/pico RNK to'plami (Agilent Technologies Belgium NV, Diegem, Belgiya) bilan Bioanalyzer 2100 (Agilent Technologies BelgiumNV) asbobida baholandi. Sifat nazorati indekslari VMI va No o'rtasida sezilarli farq qilmadi. MVIguruhlar [RIN(o'rtacha±SD):5,6±1,96vs5,4±1,97,P=0,66;260/280 nisbat (o'rtacha±SD):1,87±0,06 va 1,87±0,1l,P{26 }}.40]. RIN darajasi past bo'lgan RNK namunalari uchun(<6.5), we="" excluded="" samples="" with="" a="" 260/280=""><1.6. the="" extracted="" rna="" was="" subsequently="" split="" and="" stored="" at="" -80℃℃.half="" of="" the="" rna="" extract="" was="" used="" for="" mirna="" profiling="" and="" the="" other="" half="" for="" mrna="" transcriptomic="" analysis.="" the="" associated="" data="" are="" available="" from="" the="" gene="" expression="">
CISTANCHE BUYRAK/BUYRAK DIALIZINI YANGILAYDI
miRNK profilini yaratishSpecific reverse transcription of 150ngof total RNA was performed using Megaplex"RT Primers Human Pool A v2.1(Step 1)or Custom RT Primers Human Pool (Step 2 and 3)(Thermo Fisher Scientific, Les Ulis, France), on a Veriti Thermal Cycler (Applied Biosystems, Thermo Fisher Scientific). No complementary(c)DNA preamplification was required. miRNA expression was assessed by qPCR, using TaqManArray Cards (Applied Biosystems", Thermo Fisher Scientific), where the primers and probe of each miRNA were spottedanddried in duplicate wells of a microfluidic card. We used TaqMan"Array Human MicroRNA A +B Card Sets v3.0 for the discovery cohort(a two-card set enabling quantitation of 754 unselected human miRNAs)and Custom TaqManArray MicroRNA Cards for the selection and validation cohorts. Data analysis was performed by using Expression Suite software version 1.0.3. Assays with a cycle threshold(CT) values >35 tasi ifoda etilmagan deb topildi. RNU44 va RNU48 barcha namunalarda o'rtacha (RNU44 plus RNU48) o'zgaruvchanlik koeffitsienti A massiv kartasida 3,73 foizni va B massiv kartasida 3,79 foizni tashkil etdi] va barcha kichik tadqiqotlarda ma'lumotlarni normalizatsiya qilish uchun uy xo'jaligi genlari sifatida ishlatilgan.
mRNK transkriptomik tahliliTranskriptomik tahlil allaqachon tasvirlanganidek mikroarray tomonidan amalga oshirildi (17). Qisqacha aytganda, biopsiya namunalaridan olingan jami RNK birinchi boʻlib GeneChip 39 IVT PLUS reagent toʻplami (Affymetrix) yordamida qoʻshimcha RNK(cRNK)ga koʻpaytirildi va biotinillanadi va Affymetrix GeneChip U133 Plus 2 inson genomiga gibridlanadi.0 Affymetrix) butun genomni qamrab olgan 54 675 ta zond to'plamidan iborat. Biz Robust Multichip Average (RMA) normalizatsiyasidan foydalandik. Har bir mRNKning median normallashtirilgan ifodasi Wilcoxon testi yordamida holatlar va nazoratlar o'rtasida solishtirildi. Biz Benjamini va Xochbergning noto'g'ri kashfiyot tezligi (FDR) usulini qo'llash orqali ko'p sinovlar tufayli alfa riski inflyatsiyasini nazorat qildik. Mikroarray ma'lumotlari Microarray eksperimenti to'g'risidagi minimal ma'lumotlarga muvofiq ishlandi.
Silico tahlillaridaTranskriptomik ma'lumotlarni differensial tahlil qilish uchun Multiomics Experiments (BIOMEX) dasturiy ta'minoti Ensembl ID annotatsiyasidan foydalangan holda ishlatilgan (18). Tanlangan miRNKlar tomonidan tartibga solinadigan genlar to'plamini aniqlash uchun Ingenuity Pathway Analysis (IPA, Build: 478438M Content version:44691306, Qiagen) va OMICSnet(19) ishlatilgan. OMICSnet to'liq yo'ldan (20) foydalanib, Reactome yo'l ma'lumotlar bazasi bilan Gen Ontologiyasini tahlil qilish uchun ishlatilgan. Gen tarmoqlarini qurish butunlay nazoratsiz edi va har bir genning tarmoqdagi barcha boshqa genlar bilan molekulyar o'zaro ta'siri soniga tayangan. Eng ko'p o'zaro ta'sir ko'rsatadigan genlar avtomatik ravishda tarmoqning markaziga joylashtirildi, kamroq o'zaro ta'sirga ega genlar esa periferiyaga tarqaldi. Tanlangan miRNKlarning uyali kelib chiqishi Fantom5 loyihasi (21) yordamida tekshirildi, u inson hujayralari va to'qimalarida gen ekspressiyasini tahlil qilishni ta'minlaydi. MiRNK ifodasini tahlil qilish uchun biz hamma narsani ko'rib chiqdikbuyrak-o'zaro bog'liq strukturaviy hujayralar va barcha aylanma gematopoetik hujayralar, boshqa tanlovsiz.
Yagona hujayrali RNK ketma-ketligi ma'lumotlarini tahlil qilishOldin nashr etilgan ikkita ABMR biopsiyasidan olingan insonning bir hujayrali RNK sekvensiyasi (siRNA-seq) ma'lumotlari va transplantatsiya kuzatuvi biopsiyalariga mos keladigan to'rtta sog'lom ma'lumotnomadan foydalanilgan. Tegishli xom hisoblar yoki matritsalar mos ravishda GEO(GSE145927, https://www.ncbi.nlm. nihgov/geo)(22) vaBuyrakNozik tibbiyot loyihasi (KPMP, https://atlas.kpmp.org/repository). Namuna uchun ishlab chiqarilgan xom gen ekspresyon matritsalari Seurat V4 to'plami (23) yordamida birlashtirildi va tahlil qilindi. Seurat ob'ektlarini yaratish va filtrlash uchun qo'llaniladigan parametrlar quyidagicha edi: 5{8}}0 dan 10000 gacha aniqlangan genlarni va 25 foizdan kam mitoxondrial transkriptlarni ifodalovchi hujayralarni kiritish. Filtrlashdan so'ng, barcha ob'ektlar Seurat (24) da SCTransform integratsiya ish oqimi yordamida birlashtirildi. Qisqacha aytganda, PrepSCTIIntegration funksiyasidan foydalangan holda integratsiya uchun 3000 ta xususiyatdan foydalanilgan va to'plam effektini cheklash uchun FindIntegrationAnchors funksiyasidan foydalanilgan. To'liq Uniform Manifold Approximation and Projection (UMAP) ma'lumotlar to'plami DimPlot funktsiyasi va eng yaxshi 16 asosiy komponentlar yordamida yaratilgan. Klasterlar FindNeighbors va FindClusters funksiyalari yordamida 0,6 o'lchamli qurilgan. Klaster identifikatsiyasi FeaturePlot funksiyasi yordamida har bir klasterdagi maxsus markerlarning ifodasini baholash orqali amalga oshirildi. Nuqtali chizmalar DotPlot va FeaturePlot chizma funksiyalari yordamida, kirish ma'lumotlari sifatida RNK tahlilida normallashtirilgan hisoblar bilan yaratilgan.
CISTANCHE BUYRAK/BUYRAK INFEKTSIONINI YAXSHILADI
Statistik tahlilBemor va donorning xususiyatlari toifali o'zgaruvchilar uchun raqamlar, foizlar va chastotalar bilan tavsiflangan. Biz uzluksiz o'zgaruvchilar haqida, agar normal taqsimlangan bo'lsa, o'rtacha va standart og'ishlar (SD), noto'g'ri taqsimlangan o'zgaruvchilar uchun medianlar va kvartillararo diapazonlar (IQR) yordamida xabar berdik. Biz ularning xususiyatlarini Fisher yoki Uilkoxon testidan foydalangan holda solishtirdik. MVI intensivligi bo'yicha median miRNK ifodasini solishtirish uchun Kruskal-Uollis testidan va korrelyatsiya tahlili uchun Spearman testidan foydalandik. Biz 0 dan kichik P-qiymatlari uchun statistik ahamiyatga ega boʻldik.05. Statistik tahlil va maʼlumotlarni taqdim etish uchun GraphPad Prism (8-versiya; GraphPad Software, San-Diego, Kaliforniya) va RStudio (versiya 4.0.3)dan foydalandik. Quyidagi R paketlaridan foydalanildi: issiqlik xaritasi tahlillari uchun issiqlik xaritasi3 (heatmap3_1.1.9), radar chizmalari uchun fmsb(fmsb_0.7.0) va masshtablar (shkalalar_1.1.1) paketlar, shtrixli grafiklar uchun ggplot2 (ggplot2_3.3.5) va korrelyatsiya matritsasi tahlili uchun komplot(corrplot_0.90).
NATIJALAR
MVI bilan bog'langan miRNKlarning ko'p bosqichli identifikatsiyasiBetween April 2013 and July 2015,646 patients enrolled in the BIOMARGIN study provided 716 indication or surveillance biopsies. Inadequate biopsies (N=49), biopsies with no paired sample for research use(N=135)or samples not passing molecular biology QC(N=49) were excluded, leaving 483 samples from 441 individuals available for this study (Figure 1A). Baseline and clinical characteristics of the study groups are provided in Supplementary Tables S1-3, and the histological characteristics of the biopsies are provided in Supplementary Tables S4-6. In the discovery cohort, a total of 27 patients met the MVI composite endpoint(MVI+), defined as clinical ABMR diagnosis and/or any level of MVI(g and/or ptc>0). Boshqa 59 bemor (MVI-) T-hujayra vositachiligida rad etish (TCMR, N=8), interstitsial fibroz va quvurli atrofiya (IFIA,N{=20) va normal biopsiya (N{{6) kabi turli tashxislarni taqdim etdi. }}), butno MVI. 754 miRNK nomzodidan 18 ta miRNK MVI plus va MVI-guruhlari o'rtasida differentsial tarzda ifodalangan (1B-rasm). Tanlov kohortida 99 ta namunada 143 miRNKning cheklangan ro'yxati aniqlandi. Ushbu tanlov kohortida 14 miRNK (N=28) va (N=71) ABMR bo'lmagan holatlar o'rtasida differentsial tarzda ifodalangan (1C-rasm). Nihoyat, eng katta kesma kohortda 298 ta namunada 38 ta miRNK miqdori aniqlandi, ulardan 12 ta miRNK ABMR(N=29) va ABMR (N=269) biopsiyalari oʻrtasida differentsial tarzda ifodalangan (1D-rasm). ).
6 ta MVI bilan bog'langan MiRNKlarning izchil identifikatsiyasi va gistologiya bilan bog'liqligiKeyinchalik, biz differentsial ifodalangan miRNKlarning 3 ta ro'yxatini kesib o'tdik va 3 ta mustaqil kogortada MVI yoki ABMR bilan izchil bog'langan 6 miRNKni aniqladik (2A-rasm).miR{4}}p,miR-150-5p,miR -155-5p, miR-222-3p va miR{8}}p MVI/ABMRda haddan tashqari ifodalangan, miR-139-5p ifodasi esa pasaygan. Radar chizmalari (2B-rasm) har bir qadam uchun 6 miRNKning korpusi va boshqaruv elementlari o'rtasidagi differentsial ifodani ko'rsatadi va uchta mustaqil kogortada miRNK profillarining mustahkamligini qo'llab-quvvatlaydi. Keyinchalik, biz birgalikda olingan 483 allogreft biopsiyalarida 6 miRNK ifodasi individual gistologik lezyonlar bilan qanday bog'liqligini o'rganib chiqdik. Yuqori tartibga solinadigan 5 miRNKning ifodasi MVI lezyonlarining intensivligi bilan asta-sekin o'sib bordi, miR-139-5p ifodasi esa salbiy bog'liq edi (2C-rasm).MiR-139-5p/142-3p/ 150-5p/155-5p/{22}}p nafaqat ABMR bilan bog'liq xususiyatlar (g, ptc, C4d cho'kishi), balki TCMR bilan bog'liq lezyonlar (i, t) bilan ham yuqori darajada bog'liq edi. ) va IFTA lezyonlari (ct, ci), ularning umumiy, ABMRga xos bo'lmagan, yallig'lanish va chandiqli jarayonlarda ishtirok etishini ko'rsatadi. Shu bilan bir qatorda, lezyonlar o'rtasida tabiatan ba'zi ichki kollinearlik mavjud bo'lishi mumkin, buning natijasida biz bitta lezyon uchun haqiqiy o'ziga xoslikni aniqlay olmaymiz. MiR{28}}p TCMR yoki IFTA gistologik lezyonlari bilan korrelyatsiya qilmadi (2D-rasm).
Multi-Omics integratsiyasi: MVda mRNK-miRNK o'zaro ta'siriKeyinchalik, biz MVI plyus va MVI holatlari o'rtasidagi differentsial ifodalangan genlarni, ilgari nashr etilgan kashfiyotlar to'plamida (25) baholadik. 54,675 ta zonddan jami 2755 ta differensial ifodalangan genlar (DEG) MVI plus va MVI- o'rtasida aniqlandi.
1085 pastga regulyatsiya qilingan va 1670 yuqori tartibga solinadigan genlarni o'z ichiga olgan guruhlar (3A-rasm). MVI plyus namunalarida eng ko'p differensial ifodalangan mRNKlar CXCL9 va CXCL10 edi, bu genlar ABMRda eng ko'p ifodalanganligi haqidagi oldingi hisobotlarga (17,26) muvofiq. Keyinchalik, biz har bir miRNK uchun taxminiy maqsadli genlarni silikada aniqlash uchun IPA va OMICSnet dan foydalandik. Jami 4504 mRNK 6 miRNKdan kamida bittasi tomonidan nishonga olinishi taxmin qilingan. Keyin, biz ushbu 4504 bashorat qilingan maqsadlarni allogreft biopsiyalarida DEGs bilan birlashtirdik. Integratsiyalashgan miRNK/mRNK tahlili miR-139-5p tomonidan nishonga olingan 61 DEGni aniqladi, ular MVI plus biopsiyalarida sezilarli darajada oshdi. Shuningdek, u miR-142-3p, miR{20}}p, miR{21}}p, miR{ tomonidan maqsad qilingan MVI plus biopsiyalarida 28, 58,52,43 va 27 DEG sezilarli darajada kamayganini aniqladi. {22}}p, va miR-223-3p (3B-rasm).
MV bilan bog'liq miRNKlarning uyali kelib chiqishiOltita miRNKning hujayra kelib chiqishi turlicha xarakterlanganbuyrakmiRNK atlasidan foydalangan holda hujayra va gematopoetik hujayra subtiplari onlayn mavjud [Fantom ma'lumotlar bazasi (27)]. Nazoratsiz klasterlash diskriminatsiya qilinganbuyrakimmun hujayradan olingan miRNKlardan hujayradan olingan miRNKlar (4A-rasm). Shuningdek, u har bir miRNK uchun bir yoki ikkita dominant hujayra turini aniqladi. MiR-139-5p asosan glomerulyar endotelial hujayralar (EK) tomonidan ifodalangan ko'rinadi. MiR-222-3p, garchi uning ifodasi quvurli yallig'lanish bilan bog'liq bo'lmasa ham (Banff lezyonlar "t", 2D-rasm), birinchi navbatdabuyrakepiteliya hujayralari. Qolgan to'rtta miRNK asosan periferik qonning mononuklear hujayralarida (PBMC) yoki granulotsitlarda ifodalangan, miR-142-3p NK hujayralari va monositlarda, miR-150-5p CD4 plyus va CD8 plyus T hujayralarida, miR bilan boyitilgan. -155-5p CD19 plyus B hujayralari va makrofaglarda, miR-223-3p neytrofillarda.
Yagona hujayrali RNK ketma-ketligi barcha buyrak hujayralari va infiltratsiya qiluvchi immun hujayralarini aniqladi. MVI bilan bog'liq bo'lgan har bir miRNKning potentsial rolini tavsiflash uchun biz ikkitadan ommaviy mavjud sc-RNAseq ma'lumotlarini tahlil qildik.buyrakABMR va yuqori MVI ko'rsatkichlari (g2, ptc3) (22) bilan allograft biopsiyalari. Ushbu ma'lumotlar to'plamlari MVI bo'lmagan 4 ta sog'lom mos yozuvlar biopsiyalari bilan birlashtirilgan. Sifat nazorati va filtrlashdan so'ng 31545 ta hujayra aniqlandi va nazoratsiz klasterlashda 12 ta klaster aniqlandi (4B-rasm). Biz barcha asosiy rezident va infiltratsiya qiluvchi hujayra subtiplarini aniqlash va ularni belgilash uchun yaxshi tasdiqlangan markerlardan (28) foydalandik (Qo'shimcha S2 rasm). Keyinchalik, biz oltita miRNK kelib chiqishi taxmin qilingan hujayra populyatsiyalariga e'tibor qaratdik. Shu maqsadda biz hujayralarni endoteliy, epiteliy, limfotsitlar va APClarga mos keladigan 4 ta asosiy klasterga ajratdik (4C-rasm). Ushbu ma'lumotlarning oldingi tahliliga muvofiq (22), sc-RNASeg ma'lumotlar to'plamida na neytrofil, na NK hujayra populyatsiyalari aniqlanmadi.
miR-139-5p MVI davomida EK faollashuvi va antigen taqdim etish yo‘lini boshqaradiMiR-139-5p MVI/ABMR (2A-rasm) holatlarida bizning tadqiqotimizda yagona pastga regulyatsiya qilingan miRNK bo'lib, asosan glomerulyar EK dan kelib chiqqanligi aniqlandi (4A-rasm). Uning maqsadli genlaridan 61 tasi MVI plyus holatlaridan (3B-rasm) ommaviy mikromassivda ko'tarilganligi tasdiqlandi va ularning ifodasi ilgari identifikatsiya qilingan 3 EC subklasterlarida bir hujayrali rezolyutsiyada qo'shimcha tekshirildi (4B, C-rasmlar). 5A-rasmda ko'rsatilganidek, faollashtirilgan ECcluster faqat MVI plus namunalarida aniqlangan. Bundan tashqari, ECning uchta kichik klasteridan qat'i nazar, 61 genning yarmi (N=30) sc-RNAseq MVI plus biopsiyalarida doimiy ravishda ko'paygan. Ular orasida GBP5 eng ko'p ko'paygan gen edi. Keyinchalik, bu 30 ta endoteliyadan olingan transkriptlardan foydalangan holda gen ontologiyasi tahlili UBE2D1 va YWHAG ni gen tarmog'idagi markaziy o'yinchilar sifatida aniqladi (5B-rasm). Aniqrog'i, immun bilan bog'liq yo'llar va asosiy gistokompozitsiya kompleksi (MHC) vositachiligida antigenni qayta ishlash va taqdim etish yo'llari boyitilgan (5C-rasm). Pseudotime tahlili MVI bilan bog'liq endotelial faollashuv jarayonida EK faollashuvi jarayonida gen ekspresyonidagi o'zgarishlarni yaxshiroq tavsiflash uchun amalga oshirildi, bo'ylab hujayralar holati traektoriyasi (5D, E-rasmlar), UBE2D1, YWHAG va GBP5 doimiy ravishda ortdi. MHC bilan bog'liq HLA-A, -B va -DRA genlari uchun, shuningdek, VCAM1, CXCL9 va CXCL10 kabi bonafid endotelial faollashuv va yallig'lanish belgilari uchun juda o'xshash traektoriyalar topilgan, bu barcha genlar endotelial faollashuv paytida bir vaqtning o'zida ifodalanganligini ko'rsatadi. Umuman olganda, bu natijalar MV lezyonlari paytida miR-139-5p kamayganligini va endi faollashtirilgan EKda MHC antigenini taqdim etish yo'lini bostirmasligini ko'rsatadi.
miR-222-3p ikkalasini ham yomonlashtiradiBuyrakMVI davrida epitelial hujayralardagi fiziologik va immun bilan bog'liq yo'llar Keyingi, biz miR-222-3p, MVI namunalarida yuqori tartibga solinadigan miRNKga e'tibor qaratdik.buyrakepiteliya hujayralari kelib chiqishi va ABMR bilan bog'liq gistologik lezyonlarga nisbatan ko'proq eksklyuziv korrelyatsiya (2A, D,4A-rasmlar). Katta allogreft to'qimalarida uning 43 maqsadli genining ekspressiyasi pastga tushirilgan (3B-rasm) va keyinchalik bir marta baholangan. hujayra o'lchamlari har xilbuyrakbiz ilgari aniqlagan epiteliya populyatsiyalari (4B, C-rasmlar). Barcha aniqlangan 43 (95 foiz) genning 41 tasining sezilarli darajada kamayishibuyrakepitelial hujayralar klasterlari genlarni susaytirishni ko'rsatadi
VMIdagi profil (6A-rasm). Qizig'i shundaki, 4 gen ishtirok etadibuyrakfiziologik yo'llar (ERBB4, ATPIB1, TIMM50 va KIF3B), shuningdek, immun bilan bog'liq genlar (TRAPI va PEBPI) tarmoqdagi markaziy genlar sifatida aniqlangan (6B-rasm). 43 genlarning gen ontologiyasi ErbB signalizatsiya yo'llarida, shuningdek, immun bilan bog'liq yo'llar va sitokin reaktsiyalarida (6C-rasm) va ERBB4 ifodasida boyitilganligini aniqladi.buyrakhujayralar (6D-rasm). Umuman olganda, bu natijalar VMI vaqtida yuqori darajadagi -222-3p inbuyrakepiteliya hujayralari ikkalasida ham ishtirok etgan genlarning kuchli repressiyasi bilan bog'liqbuyrakelektrolitlar gomeostazi yo'llari va epiteliyadagi immunitet bilan bog'liq yo'llar.
miR-150-5p MVI davrida T-limfotsitlarda NF-kB faollashuvini tartibga soladi Xuddi shunday, biz T-hujayralar klasteridagi MVI davrida miR{2}}p ning tartibga soluvchi rolini (ortishi) tekshirdik, bunda u eng ko'p ifodalangan. (4A-rasm). Biz ommaviy allogreft biopsiya namunalarida aniqlangan MVI bilan bog'liq 58 ta pasaygan DEG ni chizdik (3B-rasm) va biz uni sc-RNAseq T-hujayra klasteridagi gen ekspressiyasiga duch keldik (7A-rasm). MVI davomida miR150-5p tomonidan nishonga olingan va T-hujayralarida kam ifodalangan genlarning ulushi hayratlanarli darajada past (15/58,25,9 foiz) bo‘lib, bu genlarning in vivo miqyosda global kamayishiga faqat quyidagi sabablar bog‘liq emasligini ko‘rsatadi. T-limfotsitlar bo'limi. Shunga qaramay, OMICSnet platformasidan foydalangan holda, 15 ta genning yuqori tanlangan roʻyxatidan biz genlar tarmogʻini yaratdik (7B-rasm) va gen ontologiyasi tahlilini oʻtkazdik (7C-rasm). -MVI davrida T-limfotsitlarda KB regulyatsiyasi.
miR-155-5p MV paytida APClarda mRNK qo'shilishini tartibga soladi Nihoyat, xuddi shu strategiya MVI davomida kam ifodalangan 52miR-155-5p-maqsadli genlar uchun ham qo‘llanildi (3B-rasm). T limfotsitlardagi miR-150-5p dan farqli o‘laroq, biz deyarli uchdan ikki qismini kuzatdik. miR{6}}p maqsadli genlarning soni APC sc-RNAseq klasterida doimiy ravishda kamaydi (31/52,59,6 foiz, 8A-rasm). Gen tarmog'i tahlili AIFMI va CIAO1 markaziy genlar ekanligini aniqladi (8B-rasm). Bundan tashqari, gen ontologiyasi mRNK qo'shilishi bilan bog'liq yo'llarda kuchli boyitishni aniqladi (8C-rasm).
MUHOKAZAO'zining noyob dizayni bilan BIOMARGIN tadqiqoti multi-omik ma'lumotlar integratsiyasi uchun odatiy asosdir. Darhaqiqat, turli transplantatsiya markazlaridan ko'p sonli bemorlarni o'z ichiga olgan kashfiyot, tanlash va tasdiqlash kohortlarida juda mustahkam quvurlar ishlatilgan. Uchta mustaqil kogortada biz MVI davomida 6 miRNKning o'ziga xos ifoda profilini bir vaqtning o'zida kuzatdik va tasdiqladik: miR-139-5p kamaydi, miR-142-3p/150-5p/{{5} }p/222-3p va miR-223-3p oshirildi. Muhimi, ushbu 6 miRNKning har birining darajasi MVI zo'ravonligi bilan bog'liq bo'lib, dozaga bog'liq tartibga solish mexanizmini taklif qiladi. Biz har bir miRNK uyali kelib chiqishini tekshirish uchun kremniy platformalarida foydalandik. Ajablanarlisi shundaki, miRNKlarning ikkita alohida guruhi kuzatildi: birinchisi infiltratsiya qiluvchi immunitet hujayralaridan olingan, ikkinchisi esa rezidentlarga xos.buyrakhujayralar. Keyin ikkala miRNK va mRNKlar bir xil kashf etilgan biopsiya namunalari to'plamida o'lchandi, bu MVI bilan bog'liq in vivo-validatsiyalangan differentsial ifodalangan mRNK/miRNKlarni integratsiyalashgan tahlil qilish imkonini beradi. Nihoyat, mRNK/miRNKlarning ommaviy to‘qimalar rezolyutsiyasida assotsiatsiyasini tasvirlab berganimizdan so‘ng, aniqlangan 6 miRNKdan to‘rttasi uchun bitta hujayrali rezolyutsiyada mRNK/miRNK o‘zaro ta’sirini tasdiqladik.
Qizig'i shundaki, miR-139-5p MVI lezyonlari bilan salbiy bog'liq bo'lgan yagona miRNK edi. U asosan EK dan kelib chiqqan va MHC bilan bog'liq genlarni tartibga solishi haqida xabar berilgan. Maqsadli genlar orasida UBE2D1 MVI bilan bog'liq bo'lgan endotelial faollashuv vaqtida yuqori darajada tartibga solingan. UBE2D oilasi ubiquitin-proteazoma tizimidagi E2 ubiquitin-konjugatsiya qiluvchi fermentlar oilasi (29, 30) va UBeD1 mart-1 ubiquitinatsiyani kuchaytirishi ko'rsatilgan, bu esa MHC II sinf oqsillarining yuqori regulyatsiyasiga olib keladi (31). Bundan tashqari, GBP5 MVI davomida eng ko'p ifodalangan gen inaktivatsiyalangan EK edi, bu bizning so'nggi hisobotlarimizga ko'ra, GBP5 ABMR biopsiyalarida (17), balki qon namunalarida ham (32) yuqori darajada tartibga solinganligini ko'rsatadi. Qizig'i shundaki, GBP5 ifodasi CXCL9 va CXCL10 (33) bilan birga inson bachadon mikrovaskulyar endotelial hujayralarida II turdagi interferon tomonidan induksiyalanganligi ko'rsatilgan. Ushbu ikkita yallig'lanishga qarshi kimyokinlarning o'tkir rad etish jarayonlaridagi dastlabki roli yaxshi hujjatlashtirilgan va ularning siydikdagi darajasi buyrak transplantatsiyasini qabul qiluvchilarni muntazam kuzatishda o'tkir rad etish xavfini kuzatish uchun tavsiya etiladi (34). Yana bir miR{23}}p maqsadi HLA-F oqsillari oilasi uchun YWHAG.YWHAG kodlari bo‘lib, diabetik nefropatiyada faol profibrotik jarayon davomida differensial tarzda ifodalangani tasvirlangan (35). Yallig'lanishdan keyingi umumiy yo'l bo'lgan fibrozda miR{26}}p ning mumkin bo'lgan roli IFTA yaqinda ABMRdan keyin buyrak allogreftining omon qolishini bashorat qilish uchun kompozit reytingga kiritilganligi bilan ham muhimroqdir(36). Umuman olganda, bu natijalar shuni ko'rsatadiki, miR{28}}p MVI davomida Anetum yuzasida MCH antigeni ekspressiyasini endi bostirmaydi va kemoattraktsiya va fibroz jarayonlarida ishtirok etishi mumkin, ammo bu mexanizmlar MVI va endoteliy yuzasida eksperimental tarzda tasdiqlanishi kerak. kemoattraktsiya va fifibroz jarayonlarida ishtirok etishi mumkin, ammo bu mexanizmlar eksperimental ravishda tasdiqlanishi kerak.
Ikkinchisibuyrak-biz aniqlagan miRNK miR-222- 3p bo'lib, uning ifodasi MVI lezyonlariga xosroq ekanligi aniqlandi: u g va PTC ko'rsatkichlari, shuningdek C4d cho'kishi bilan bog'liq, lekin i yoki t lezyonlari bilan bog'liq emas. Biroq, u asosan epiteliya hujayralaridan kelib chiqqan. Hujayra rezolyutsiyasida multi-omik integratsiyadan so'ng, miR-222-3p asosan hujayraning proliferatsiya, migratsiya, o'sish va differentsiatsiya kabi asosiy funktsiyalari uchun juda muhim bo'lgan ErbB signalizatsiyasini bostirishini aniqladik (37). Inson biologiyasida fiziologik ErbB signalizatsiyasi zarurbuyrakelektrolitlar gomeostazi va buyraklar yaxlitligini saqlash (38). Natijalarimiz, shuningdek, ADAM22, NRG1, ZNF91 ni MVI davrida epiteliyda repressiya qilingan ErbB signalizatsiyasi bilan bog'liq genlar sifatida aniqladi. ATP1B1 va KIF3B kabi buyrak fiziologiyasi uchun zarur bo'lgan boshqa genlar ham MVI paytida buyrak epiteliyasida miR-222-3p tomonidan repressiya qilingan. Ilgari, Baker va boshqalar. ATP1B1 (Na plus /K plus -ATPase ning b1 sub birligi) drayvlar ekanligini ko'rsatdibuyraknatriyning quvurli reabsorbtsiyasi (39). Bundan tashqari, Aguado-Fraile va boshqalar. Kinesin oilasi a'zosi 3B (KIF3B) kalamush proksimal tubula hujayralarida hujayra savdosida ishtirok etganligini aniqladilar. KIF3B proksimal epitelial tubula hujayralarining ishemiya/reperfuzion reaktsiyasining asosiy vositachisi sifatida namoyon bo'ladi.buyrakishemik zararni boshqarish (40). Shunday qilib, miR-222-3p epiteliyda MVI paytida muhim fiziologik yo'llarni bostiradi, deb taxmin qilishimiz mumkin. Bundan tashqari, immunitet bilan bog'liq yo'llar miR-222-3p haddan tashqari ekspressiyasi bilan tartibga solinadi: TRAP1 va PEBP1 kabi muhim genlar kuchli MVI bo'lgan namunalarda butunlay inhibe qilingan. Qizig'i shundaki, TRAP1 yaxshilanishi ko'rsatilganbuyrakhimoya qilish orqali bir tomonlama ureteral obstruktsiyasi bo'lgan sichqonlarda tubulointerstitial fibrozbuyrakquvurli epitelial hujayrali mitoxondriyalar (41). Bundan tashqari, PEBP1 gomeostatik / bazal sharoitlarda MAPK va NF-kB yo'llarini inhibe qilish orqali yallig'lanishga qarshi ta'sir ko'rsatadi (42). Inbuyrakepiteliya, Marko va boshqalar tomonidan o'tkazilgan tadqiqot. nafis ravishda post-ishemik NF-kB faollashuvi quvurli shikastlanishni kuchaytiradi va yallig'lanishni kuchaytiradi (43). Bizning qo'limizda PEBP1 miR-222-3p tomonidan to'liq repressiya qilingan, bu MVI paytida NF kB yo'li ochilganligini ko'rsatadi. Umuman olganda, bu natijalar MVI va davrida epiteliya biologiyasi buzilganligini ko'rsatadibuyrakepiteliya hujayralari MVI jarohatlariga faol javob beradi, bu to'qimalarning MVIda ishtirok etishi kamdan-kam hollarda hal qilinadi. Ushbu molekulyar topilmalar yaxshi tasdiqlangan, ammo uzoq vaqt e'tibordan chetda qolgan ABMR mezonlari bo'lgan o'tkir naycha shikastlanishi lezyonlariga yangi yorug'lik berishi mumkin. Bundan tashqari, epitelial hujayralar ekzosomal miR{2}}p ajralishi va makrofaglarda M2 fenotipini keltirib chiqarishi mumkinligi ko'rsatilgan (44). Shu bilan birga, Li va boshqalar. Yaqinda M2 makrofaglari miR-155-ni haddan tashqari ko'paytirishi va bu miRNKni mikromuhitda, shuningdek, ekzosomalar sekretsiyasi orqali etkazib berishini xabar qildi. Buyrak transplantatsiyasida miR{7}} turli sharoitlarda (IFTA, o'tkir rad etish va TCMR) va tana suyuqligi yoki to'qimalarida ko'paygan (45). Qizig'i shundaki, miR- 155 epitelial hujayralardagi RASSF4-ni nishonga olish orqali epitelial-mezenximal o'tishni rag'batlantirishi mumkin (46). Bu miRNKga asoslangan makrofaglar o'rtasidagi o'zaro bog'liqlik vabuyrakepiteliya hujayralarini baholash kerakbuyrak transplantatsiyasiva ayniqsa, MVI kontekstida. Ushbu topilmalarga muvofiq, miR-155-5p asosan monotsitlar va makrofaglarni o'z ichiga olgan APClar tomonidan ifodalanganligini kuzatdik. Ushbu alohida kichik to'plamda miR- 155-5p-target-genlar ontologiyasi premRNKni birlashtirish yo'llarining boyitilishini aniqladi. Qizig'i shundaki, Janssen va boshqalar. o'pkaning yallig'lanishi alveolyar makrofaglarda mRNKdan oldingi qo'shilish yo'llarini keltirib chiqardi. Bundan tashqari, mRNKni birlashtirishdan oldingi faollashuv to'qimalarda yashovchi makrofaglarda (qon olingan) monotsitlardan olingan makrofaglarga nisbatan farq qiladi. Qabul qilingan makrofaglarning asosiy metabolizmidagi o'zgarishlar, glikoliz orqali oqimning kuchayishi va trikarboksilik kislota sikli (TCA sikli, ya'ni Krebs sikli) orqali oqimning kamayishi haqida xabar berilgan (47). miR-150-5p ga kelsak, MVI davrida uning haddan tashqari ifodalanishi tug'ma NKT hujayralarini ham, adaptiv T hujayralarini ham qamrab olgan limfotsitlar klasteridagi NF-kB yo'li bilan bog'liqligini aniqladik. Qizig'i shundaki, miR{11}}p etuk va funktsional NK hujayralarini (48) hosil qilish uchun juda muhim va miR{13}}p etishmayotgan CD8 va T hujayralari kamroq sitotoksik (49) ekanligi xabar qilingan. Bundan tashqari, CD8 T xujayralari ekzosomalarda (50) miR{17}}p ni ajratishi mumkin, bu esa o'z navbatida quvurli epiteliya hujayralarida fibroblast faollashishiga yordam beradi.buyrakso'nggi hisobotlarda ko'rsatilgandek fifibroz (51, 52).
CISTANCHE BUYRAK/BUYRAK FONKSIYASINI YAXSHILADI
Bizning tadqiqotimiz ba'zi cheklovlarga ega. Biz tadqiqotimizni ko'p bosqichli dizaynimizda doimiy ravishda aniqlangan 6 miRNKga qaratdik. Biroq, biz miRNKni bosqichma-bosqich tanlashni davom ettirdik, barcha ma'lum miRNKlarning faqat bir qismi tasdiqlash kohortida aniqlangan. MiRNKlarni tanlashning statistik yo'li BIOMARGINning bir nechta so'nggi nuqtalar (ABMR, shuningdek, TCMR va IFTA) uchun diagnostik biomarkerlarni aniqlashga mos keladigan dastlabki dizayniga tayangan. Shunday qilib, kashfiyot va tanlash kogortalarida sezilarli darajada ko'paygan bo'lsa-da (2A-rasm), miR-146a validatsiya kohortida aniqlanmagan. Shunday qilib, miR-146a bizning tanlovimizdan de-fakto chiqarib tashlandi, garchi adabiyotda buyrak transplantatsiyasida ishemiya/reperfuzion rol (53) va alloimmun javoblarni Treg vositachiligida nazorat qilish (54) taklif qilingan. Bundan tashqari, biz kuchliroq namuna o'lchami miR-138 (pastga) va miR-511 (yuqoriga) kabi ko'proq miRNKlarni berishi mumkinligini istisno qila olmaymiz, ular tanlov kohorti va ABMR holatlarida farqlanadi. kashfiyot kohortida bir xil yo'nalishdagi tendentsiyani ko'rsatdi. Bundan tashqari, biz o'z biopsiya namunalarida sc-RNAseq tahlilini o'tkazmadik, lekin onlayn mavjud sc-RNAseq ma'lumotlar to'plamidan foydalandik. Tadqiqot dizayni va biopsiya namunalarini yig'ish vaqtida scRNAseq texnologiyasi haqiqatan ham mavjud emas edi va yangi to'plangan namunalarga bo'lgan ehtiyoj muzlatilgan yoki kerosin bilan qoplangan namunalardan retrospektiv foydalanishga imkon bermadi. Xuddi shunday, mRNK profilini yaratish mikroarraylar yordamida amalga oshirildi, o'sha paytdagi benchmark texnologiyasi hozirda keyingi avlod RNK-seqdan ustun keldi. Onlayn mavjud sc-RNAseq ma'lumotlar to'plamidan foydalanish bemorlarning asosiy demografik xususiyatlari haqida xabar berish imkoniyatini cheklaydi. Ushbu etishmayotgan ma'lumotlar aholi guruhlari vakilligi bilan bog'liq tashvish tug'dirishi mumkin. Bundan tashqari, biz ketma-ketlikning hech qanday texnik tomonini nazorat qilmadik. Shunday qilib, tanlangan rezolyutsiyada bizning sc-RNAseq tahlilimiz ushbu namunalarda hech qanday neytrofil yoki NK hujayralari klasterini aniqlamadi. Shuning uchun miR-142-3p va miR{20}}p ning quyi oqim tahlillari ularning tegishli maqsadli gen tarmog‘i va ontologiyasini yaratish bilan cheklandi (Qo‘shimcha S2 rasm) va bitta hujayrali rezolyutsiyani o‘rganishga imkon bermadi. Biroq, miR{24}}p ning 27 maqsadli genlarining gen tarmog'i va ontologiyasi TCA siklining (Qo'shimcha S2-rasm) ERBB signalizatsiyasi bilan boyitilganligini aniqladi. Shunday qilib, monotsitlardagi miR{26}}p, neytrofillardagi miR{27}}p ham MVI davomida ushbu hujayralar ishtirok etadigan metabolizm va yallig'lanish reaktsiyasida rol o'ynaydi, deb taxmin qilishimiz mumkin. Bundan tashqari, miR{28}}p allaqachon buyrak allogreftini rad etishda ortishi ko'rsatilgan (9, 55, 56), lekin hozirgacha ABMR bilan maxsus bog'lanmagan. Tadqiqotimizning yana bir cheklovi shundaki, nodir infiltratsiya qiluvchi hujayralardagi o'ziga xos gen ifodasi o'zgarishlari ommaviy gen ekspresyon tahlilida maskalanishi mumkin. Shunday qilib, barcha, hatto noyob hujayra subtiplarini to'g'ri tekshirishga imkon berish uchun ko'proq namunalarni o'z ichiga olgan keyingi tadqiqotlar talab qilinadi, ammo hozirda texnikaning nisbatan yuqori narxi bilan cheklangan.
Xulosa qilib aytganda, biz bu erda ABMR bilan bog'liq asosiy gistologik shikastlanish MVI bilan bog'liq molekulyar yo'llarni tekshirdik. Qo'llaniladigan integral omiks yondashuvi bizga MVI bilan bog'liq bo'lgan yangi yo'llarni ochishga imkon berdi va yaqin atrofdagi endoteliy bo'linmasidan tashqari, ABMR natijasida quvurli epiteliya metabolizmining o'zgarishi sodir bo'lishini ko'rsatadi. Bizning tadqiqotimiz kasallik mexanizmlarini ochish uchun multi-omikaning katta imkoniyatlarini ko'rsatadi va o'zaro bog'liqlikni yanada aniqroq aniqlash uchun yangi tadqiqotlarga yo'l ochadi.buyrakrezident va allogreft-infiltratsiya qiluvchi hujayralar to'plami.
