Sutemizuvchilarning tug'ma immun javoblarini tartibga soluvchi bakteritsid/o'tkazuvchanlikni oshiruvchi oqsilning (BPIFA1) molekulyar evolyutsiyasi 1-qism

Annotatsiya:

Sutemizuvchilarning tug'ma immunitet tizimining asosiy omili bo'lgan bakteritsid/o'tkazuvchanlikni oshiruvchi oqsil, bostirib kiruvchi bakteriyalarga qarshi tabiiy immunitetni himoya qilishda ishtirok etadi. BPIFA1 antibakterial, sirt faol moddalar, havo yo'llari yuzasidagi suyuqlikni nazorat qilish va immunomodulyatorlik kabi ko'plab mexanizmlar orqali xost mudofaasiga faol hissa qo'shadi. Biroq, adaptiv evolyutsiya davrida sutemizuvchilarda BPIFA1 genidagi evolyutsiya tarixi va tanlov kuchlari yaxshi tushunilmagan. Ushbu tadqiqot adaptiv evolyutsiya natijasida hosil bo'lgan selektiv bosimni baholash uchun odamlarning BPIFA1 genini boshqa sutemizuvchilar turlari bilan solishtirganda o'rganib chiqdi. Ijobiy tanlov sodir bo'lgan yoki yo'qligini baholash uchun biz bir nechta turli xil ehtimollik testlarini qo'lladik (M1 va M2 va M7 va M8).

Ijobiy tanlangan saytlarning nisbati muhim edi, BPIFA1 oqsili uchun ehtimollik log qiymati 93,63 ni tashkil etdi. Tanlov serveri bir xil ma'lumotlar to'plamida mexanik-empirik kombinatsiya modelidan foydalangan holda ma'lum saytlar uchun ijobiy tanlovni qayta tasdiqlash uchun ishlatilgan va shu bilan ijobiy tanlov natijalarini tasdiqlovchi qo'shimcha dalillarni taqdim etgan. Sutemizuvchilar turlarining BPIFA1 genlarida ijobiy tanlov signallari uchun ishonchli dalillar mavjud edi, bu tanlov belgilari va signallarni yaratish uchun muhimroq edi.

LPLUNC1 yoki Nazofarengeal karsinoma bilan bog'liq Gen 6 (NAG6) sifatida ham tanilgan BPIFA1 oqsili yuqori nafas yo'llari va og'iz bo'shlig'ida yuqori darajada ifodalangan oqsildir. BPIFA1 oqsili immunitet bilan chambarchas bog'liq.

Tadqiqotlar shuni ko'rsatdiki, BPIFA1 oqsili antibakterial va immunomodulyatsion ta'sirga ega. BPIFA1 oqsili invaziv Escherichia coli bilan bog'lanishi va uning hujayra membranasini yo'q qilishi va shu bilan antibakterial rol o'ynashi mumkin. Bundan tashqari, BPIFA1 oqsili Toll-like retseptorlari (TLR) 4 va TLR2 yo'llarini faollashtirib, yallig'lanish reaktsiyalarini, apoptozni va immun hujayra faollashuvini rag'batlantirish orqali immunomodulyatsion rol o'ynaydi.

BPIFA1 oqsili va nafas olish kasalliklari o'rtasidagi munosabatlar ham keng o'rganilgan. Misol uchun, tadqiqotlar shuni ko'rsatdiki, bronxial astma va surunkali obstruktiv o'pka kasalligi (KOAH) kabi nafas olish kasalliklarida BPIFA1 oqsilining ifoda darajasi kasallikning og'irligi bilan chambarchas bog'liq. Ayniqsa, infektsiya sharoitida BPIFA1 oqsilining ifoda darajasi sezilarli darajada oshishi mumkin, shu bilan nafas olish tizimining immun javobini va flora muvozanatini tartibga solishda ishtirok etadi.

Shuning uchun BPIFA1 oqsilining immunitet tizimidagi rolini e'tiborsiz qoldirib bo'lmaydi va uning nafas olish kasalliklari va infektsiyalari bilan aloqasi yanada chuqur o'rganishni talab qiladi. Shuning uchun immunitetimizni oshirishga alohida e'tibor qaratishimiz kerak. Cistanche immunitetni yaxshilashga sezilarli ta'sir ko'rsatadi. Go'sht tarkibidagi polisakkaridlar inson immunitet tizimining immun reaktsiyasini tartibga solishi, immunitet hujayralarining stress qobiliyatini yaxshilashi va immunitet hujayralarini mustahkamlashi mumkin. bakteritsid ta'siri.

Cistanche butun ovqatlarini bilish uchun bosing

Biz musbat tanlov bosimi ostida ma'lum kodonlarni tanib olish uchun dN/dS nisbatlariga asoslangan turli modellarni solishtirgan holda ehtimollik testlarini o'tkazdik. Biz sutemizuvchilar genomidagi BPIFA1 oqsillarining LBP-BPI domenida ijobiy tanlangan saytlarni, shu jumladan DPPC uchun juda yuqori darajadagi selektivlikka ega bo'lgan lipid bog'lovchi domenni aniqladik. BPIFA1 sutemizuvchilar genomidagi ko'plab genetik signallarga javoban yuqori nafas yo'llarining tug'ma immunitet tizimini faollashtiradi. Ushbu topilmalar sutemizuvchilar turlarining antibakterial va virusga qarshi himoyasida muhim rol o'ynaydigan immunoregulyatsion ta'sirlarning evolyutsion rivojlanishini ta'kidlaydi.

Kalit so‘zlar:

BPIFA1; bakteritsid; immunitet tizimi; molekulyar evolyutsiya; ijobiy tanlov.

1.Kirish

Bakteritsid o'tkazuvchanligini oshiruvchi oqsil (BPI) bakteriyalarning tashqi membranasidan ajralib chiqadigan lipopolisakkaridlarni bog'laydigan va neytrallaydigan yuqori samarali mikroblarga qarshi oqsildir [1]. BPI qatlamlarini o'z ichiga olgan oila a'zosi 1 (BPIFA1) geni mahalliy immunitet tizimiga ta'sir qilishi ma'lum va bu ta'sirlar mikroorganizmlarning o'sishi va kirib kelishiga potentsial ta'sir ko'rsatishi mumkin [2]. Ushbu bog'lanishning asosi bo'lgan potentsial mexanizmlardan biri BPIFA1 ning fagotsitar hujayralar tomonidan bakteriyalarning so'rilishini kuchaytirish va ularni yo'q qilish qobiliyatidir [3].

Ularning ketma-ketlik o'xshashligi minimal bo'lsa-da, BPI bir xil strukturaviy qatlamni qabul qiladigan ikkita domenga ega [1,4]. Gram-manfiy bakteriyalarning kirib borishi lipopolisakkaridlarni bog'lovchi oqsil (LBP) mavjudligi bilan osonlashtirilgan integratsiyalangan xost reaktsiyasiga olib keladi. LBP - bu BPI [5] bilan chambarchas bog'langan va muvofiqlashtirilgan endotoksinni bog'laydigan oqsil. BPIFA1 shilliq qavat mikrobiotasini va asosiy interferon signalizatsiyasini nazorat qiladi. SPLUNC1 (ilgari BPIFA1 nomi bilan tanilgan) antibakterial, sirt faol moddalar va immunomodulator faollikka ega bo'lgan oqsil qatlamli oila a'zosi bo'lib, ularning barchasi xostni himoya qilishga yordam beradi. Nafas olish tizimi uning ifodalanishining asosiy joyidir [6]. SPLUNC1, PLUNC sichqoncha genining inson gomologi, yuqori nafas yo'llari va nazofarengeal sohalarda sichqon gomologi bilan bir xil ifoda naqshini namoyish etadi. Gram-manfiy bakteriyalarga qarshi antibakterial ta'sir kodlangan antimikrobiyal oqsil tomonidan namoyon bo'ladi [5]. Kichik hujayrali bo'lmagan o'pka saratonida u mikrometastazni aniqlash uchun potentsial molekulyar marker bo'lib xizmat qilishi mumkin. 3' tarjima qilinmagan hududning muqobil qo'shilishi natijasida bir nechta transkript variantlari topildi; ammo, bu transkript variantlardan faqat uchtasining to'liq metrajli tabiati tushuniladi [7].

Sichqonchada ham, odamlarda ham traxeyaning yuqori qismida BPIFA1 genini ifodalashning sezilarli darajalari bor, ammo bu ifoda traxeyadan uzoqlashgani sari pasayadi, asosiy bronxlar bifurkatsiyasida minimal darajaga etadi va o‘pka periferiyasida aniqlanmaydi. [8]. Sichqonlar va odamlarda keng ko'lamli gen ekspressiyasi tadqiqotlari periferik o'pka to'qimalarida BPIFA1 ni aniqlay olmadi [9]. Sichqoncha timusida, kalamushning yuragi va hidlash shilliq qavatida BPIFA1 mRNK ifodasining juda past darajadan tashqari, BPIFA1 kemiruvchilarning nafas olish tizimidan tashqaridagi biron bir organ yoki to'qimalarda ifodalanmaydi [10]. BPIFA1 mRNK insonning quyidagi to'qimalarida mavjudligi haqida hech qanday ma'lumot yo'q: yurak, jigar, miya, oshqozon, ingichka ichak, yo'ldosh, skelet mushaklari, oshqozon osti bezi, taloq, normal limfa tugunlari, periferik limfotsitlar, prostata, moyak yoki tuxumdon [11].

BPIFA1 mRNK ifodasi embrion va kattalar to'qimalarida yuqori darajada solishtirish mumkin bo'lgan tarqatish sxemasiga amal qiladi. Bu naqsh har ikki turdagi to'qimalarda ham kuzatiladi [1]. Transgenik sichqonlarda BPIFA1 haddan tashqari ekspressiyasi havo yo'llarining boshqariladigan yallig'lanishi modelida uglerod nanotubalarining opsonizatsiyasi va fagotsitozi kuchaygan alveolyar makrofaglarni hosil qildi [12]. Bundan tashqari, kommensal Gram-salbiy nanobakteriyalar nazofarengeal saraton to'qimalarining epitelial hujayralarida BPIFA1 bilan birgalikda joylashishi ko'rsatilgan [13]. Namunalar ilgari nazofarengeal karsinoma bilan kasallanganligi aniqlangan bemorlardan olingan. Yaqinda o'tkazilgan tadqiqot natijalari shuni ko'rsatdiki, BPIFA1 va bakterial bo'lmagan LPS o'rtasidagi o'zaro ta'sirlar bakterial bo'lmagan LPS tufayli organizmning yallig'lanish reaktsiyasini yumshata oladi. [1].

Uning antibakterial ta'sir doirasi va havo bilan nafas oluvchi umurtqali hayvonlarda tuzilishining saqlanishi BPIFA1 ning asosiy xostni himoya qilish qobiliyatini ta'minlash uchun rivojlanganligini anglatadi [14]. Biroq, proksimal havo yo'llarida joylashganligi va bazal sharoitda yuqori darajasi tufayli BPIFA1 ajralmas bo'lishi mumkin. Buning sababi, hayvonlarda mikroblarga qarshi ta'sir qiluvchi moddalar ko'pdir [15]. Shunday qilib, BPIFA1 infektsiyani oldini olish va patogenlar kirib kelishidan oldin uni tozalashda eng muhim ta'sirga ega. Ushbu funktsiyalar tufayli nafas olish tizimidagi bakterial infektsiyalarning oldini olish mumkin, bu immunitetning faollashishi va boshqa havo yo'llari funktsiyalarining yaxshilanganligi haqida signal berishi mumkin [15].

Atrof-muhit talablariga javob beradigan adaptiv o'zgarishlar biofizik omillar bilan chegaralangan deb hisoblanadi, ammo adaptiv o'zgarishlarni o'z ichiga olgan saytlarning strukturaviy jihatlarini hech qanday evolyutsiya nazariyasi bilan oldindan aytib bo'lmaydi [16]. Buning sababi, biofizik cheklovlar oqsil funktsiyasini saqlab qolish uchun ruxsat etilgan almashtirish turlarini cheklaydi [17]. Ijobiy tanlov mutatsiyalar oqsilning boshqa qismlariga qaraganda kamroq ta'sir ko'rsatishi kutilayotgan oqsillar bo'limlarida ko'proq tarqalgan bo'lishi mumkin, ammo bu isbotlanmagan (masalan, allosterik tartibga solish joylari) [18]. Biroq, moslashuvchan o'zgarishlar qulay mutatsiyalarning tez fiksatsiyasi bilan bog'liq bo'lsa ham, funktsional hududlar evolyutsiya davomida sezilarli darajada saqlanib qolishi kutilmoqda [19]. Protein ketma-ketligining molekulyar evolyutsiyasiga tabiiy tanlanish jarayoni sezilarli darajada ta'sir qiladi.

Genomlar ketma-ketligi va filogenetik va populyatsiya darajasida ishonchli xulosa chiqarish usullari bo'yicha so'nggi o'zgarishlar tabiiy tanlanish bilan bog'liq bo'lgan evolyutsiya tezligi va moslashuvlarini tez va ishonchli baholash imkonini berdi [20]. Filogenetik va populyatsiya darajasida xulosa chiqarish usullarini yaratish uchun katta hajmdagi ishlar olib borildi. Bundan tashqari, protein tarkibiy va funktsional ma'lumotlariga kirishning ortib borishi tadqiqotchilarga tarkibiy va funktsional cheklovlarning oqsil ketma-ketligining evolyutsiyasi va moslashuviga ta'sirini o'rganishga imkon berdi [16]. Ularning tuzilmalari va funktsiyalari tomonidan qo'yilgan chegaralar tufayli, evolyutsiya va moslashish tezligi bir xil protein ichidagi turli xil oqsillar va saytlar uchun har xil bo'ladi [19].

Hujayra funktsiyalarining asosiy qismi genlarni ifodalashning tartibga soluvchi tarmoqlari bilan chambarchas bog'liq bo'lib, organizmlarga yuqori darajadagi infektsiyalarga toqat qilish yoki bu infektsiyalarning ta'sirini yumshatish imkonini beradi [21]. Hujayra fiziologiyasini tashkil etuvchi komponentlarning aksariyati ko'pincha eski evolyutsion moslashuvlar bo'lgan ushbu gen ekspressiyasini tartibga solish tizimlari bilan chambarchas bog'liqdir [22]. Ushbu mexanizmlar genetik ma'lumot mavjud bo'lgan cheklangan model turlaridan foydalangan tadqiqotlarga katta qiziqish uyg'otdi [23]. Biroq, bu tizimlarning evolyutsiyasiga olib kelgan mexanizmlar yoki rivojlanish jarayonida ular turli xil atrof-muhit sharoitlariga qanday moslashgani haqida juda kam narsa ma'lum.

Ushbu tadqiqot BPIFA1 genining evolyutsion kelib chiqishini uning fizik-kimyoviy xususiyatlarini ochib berish va turli sutemizuvchilar turlarida genni baholash uchun qiyosiy genomikani qo'llashni o'rganishga qaratilgan. Biz bu genlar qanday ishlashini yaxshiroq tushunish uchun sutemizuvchilarning tug'ma immun javobini tartibga soluvchi bakteritsid/o'tkazuvchanlikni oshiruvchi protein (BPIFA1) genini chuqur qiyosiy tadqiqotlar o'tkazdik. Selektiv bosim moslashuv evolyutsiyasiga sezilarli ta'sir ko'rsatishi ehtimoli mavjud. Ushbu tadqiqotda biz turli xil umurtqali hayvonlar turlarida ushbu genlarning tarixini, shuningdek, genetik xilma-xillik va tabiiy tanlanish vaqt o'tishi bilan ushbu genlar oilasining rivojlanishiga qanday ta'sir qilganini o'rganamiz.

2. Materiallar va usullar

2.1. Ketma-ketlikni qidirish va tahlil qilish

Sutemizuvchilarning 34 turidagi BPIFA1 genining aminokislotalar va kodlovchi nukleotidlar ketma-ketligi, shu jumladan, ushbu tadqiqotda mos yozuvlar turi sifatida odamlar GenBankdan olingan (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank, 20. 2021 yil sentyabr) va ular MEGA 6 dasturidagi Clustal Omega vositasi yordamida hizalandi [24]. BPIFA1 geni uchun filogenetik daraxtni yaratish uchun MEGA 6 dasturida maksimal ehtimollik usuli ishlatilgan. Bu daraxt genlar o'rtasidagi evolyutsion munosabatlar asosida qurilgan. Bootstrap testi taksonomik klasterlashni aniqlash uchun 1000 ta takrorlash bilan maksimal ehtimollik usulini qo'llash orqali har bir saytdagi almashtirishlarning o'rtacha sonini va o'rtacha filial uzunligini hisoblab chiqdi. Ushbu usul yanada rivojlangan log-ehtimol qiymatlari uchun topologiyani tanlash uchun ishlatilgan [25,26]. BPIFA1 genini o'rganish uchun ishlatiladigan turlarning nomlari va kirish raqamlari S1 qo'shimcha jadvalida keltirilgan.

2.2. Tanlov tahlili

Ijobiy tanlovga duchor bo'lgan sutemizuvchilar BPIFA1 gen ketma-ketligidagi o'ziga xos kodonlarni aniqlash uchun har bir kodon joyi uchun dN / dS nisbatlarini solishtirish uchun maksimal ehtimollik yondashuvlari ishlatilgan [27,28]. PAML da bajarilgan CODEML [29] va DATA MONKEY veb-serveri (https://www.datamonkey.org, 2021-yil 29-sentyabrda kirilgan) [30] tahlil qilish uchun foydalanilgan va natijalar kodonlarni almashtirish nisbati yordamida aniqlangan. ijobiy tanlov ostidagi kodonlar uchun 1 dan ancha yuqori edi. Ushbu tadqiqotning dastlabki bosqichi maksimal ehtimollik nisbati testi yordamida ijobiy tanlov sodir bo'lgan yoki yo'qligini aniqlash edi.

Ushbu tahlil dN/dS nisbati birdan ortiq bo'lgan saytlarning mavjudligini aniqladi. Ushbu tadqiqotda biz ushbu funktsiyani bajaradigan diskret (umumiy) modelni 1 dan kattaroq qiymatga ega saytlar paydo bo'lishini taqiqlovchi null model bilan taqqosladik [31]. Tahlillar ehtimollik jurnali (2∆l) taqsimoti yordamida df=4 bilan taqqoslandi. Nol gipoteza (M7) taqsimotning 0 va 1 qiymatlari bilan chegaralanganligini tasdiqladi. Ikki parametrli, omega (ō) va beta ( ) muqobil model (M8) dan qiymatni olish imkonini beradi. 1 dan katta bo'lishi mumkin bo'lgan ma'lumotlar to'plami [27]. Ruxsat etilgan ta'sir ehtimoli (FEL), yagona ehtimollik ajdodini hisoblash (SLAC) va tasodifiy ta'sir ehtimoli (REL) yordamida tahlillar shuni ko'rsatdiki, BPIFA1 geni har bir saytdagi sinonim va sinonim bo'lmagan farqlar uchun global qiymatlar solishtirilganda ijobiy tanlovga duchor bo'lgan. [32].

Ikkinchi bosqich evolyutsiya davomida ijobiy tanlov mavzusi bo'lgan aminokislotalarning joylashishini aniqlash uchun maksimal ehtimollikdan foydalanish edi. Bu maqsadni amalga oshirish uchun ijobiy tanlovga duchor bo'lgan saytlarning posterior ehtimolliklarini bashorat qiluvchi Bayes teoremasi ishlatilgan. Ijobiy tanlov 95% dan 99% gacha bo'lgan posterior ehtimollik bilan aminokislotalar joylarida ishlayotganligi kuzatildi [33]. Qiymati birdan katta bo'lishi ehtimoli yuqori bo'lgan aminokislota qoldiqlari selektiv protseduraga duchor bo'ldi. Shveytsariya modeli va Phyre 2 (http://www.sbg.bio.ic.ec.k/pyre/html, 2021-yil 28-sentabrda kirilgan) oqsil tuzilmalarida yaxshi tanlangan aminokislotalarning joylashuvini aks ettiruvchi veb-ilovalardir. [34].

Biz ketma-ketliklar orasidagi filogenetik munosabatlarga asoslangan ConSurf vositasi (http://consurftest.tau.ac.il, 2021-yil 28-sentabrda olingan) yordamida oqsildagi nuklein kislotalar va aminokislotalarning evolyutsion saqlanish joyini bashorat qildik. 35]. BPIFA1 ning hizalangan kodonining ketma-ketligi Selecton 2.2 versiyasida (http://secton.tau.ac.il, 2021-yil 28-sentabrda kirilgan) tekshirildi, bu hizalangan ketma-ketliklar ichidagi turli kodonlarning turli nisbatlarini aniqlash imkonini beradi. Bu nisbatlar turli ehtimollik testlari orqali Bayes xulosasi yondashuvi yordamida o'lchandi. Bu ijobiy tanlangan kodonlarni tasdiqlash uchun amalga oshirildi [36]. Bundan tashqari, Tanlov natijalari turli xil tanlov mezonlarini ko'rsatish uchun turli xil ranglarda ko'rsatilgan.

2.3. Rekombinatsiya tahlili

Rekombinatsiyaning dalillarini topish uchun biz to'xtash nuqtalari va ehtimol rekombinant DNKni qidirishda ko'plab ketma-ketliklarni to'g'rilash orqali elakdan o'tkazishi mumkin bo'lgan statistik ehtimollikka asoslangan model tanlash protsedurasini amalga oshirdik. Ushbu uslub o'z maqsadiga erishish uchun rekombinatsiyaning uzilish nuqtalari uchun bir nechta ketma-ketliklarning hizalanishini qidirish uchun genetik algoritmdan foydalangan. GARD yondashuvi tushunarli, oson kengaytiriladi va yuqori darajada parallellashtiriladi. Keng ko'lamli simulyatsiya tajribalari shuni ko'rsatdiki, usul deyarli barcha holatlarda, ayniqsa aniqlik bo'yicha boshqa joriy vositalardan ustundir.

Rekombinatsiya dalillarini o'rganish uchun dastlab gaplotiplarni (Na) aniqlash va polimorf joylarni (S), nukleotidlar farqlarining o'rtacha soni (K) va nukleotidlar xilma-xilligini (p) aniqlash uchun DnaSP 5.10 dasturidan foydalangan holda nukleotidlar ketma-ketligi baholandi [37] ]. Nukleotidlar ketma-ketligidagi uzilish nuqtalarini aniqlash va rekombinant signallarni baholash Datamonkey veb-serverining onlayn GARD vositasi yordamida amalga oshirildi [38]. Bundan tashqari, rekombinatsiya uchun ketma-ketlikni skrining qilish uchun GARD-dan foydalanish ijobiy tanlovni aniqlashga qaratilgan usullar maqbul statistik xususiyatlarga ega bo'lishini ta'minlaydi.

2.4. Protein-oqsil o'zaro ta'sirini tahlil qilish

Protein-oqsil o'zaro ta'siri bir turdan ikkinchi turga qanday saqlanib qolganligini o'rganishga katta qiziqish qaratilgan. Interaktom ma'lumotlarini eksperimental identifikatsiyalash va tasdiqlashda bir nechta to'siqlar mavjud bo'lganligi sababli, boshqa turda isbotlangan turdan ko'chirilgan PPIni tushunish qiziq bo'ladi [39]. STRING ma'lumotlar banki bepul bioinformatika resursi bo'lib, oqsillar bir necha yo'llarning bir qismi sifatida bir-biri bilan o'zaro ta'sirini tavsiflovchi ma'lumotlarni o'z ichiga oladi. Har bir oqsil tugunini bog'laydigan chiziqlar soni va orasidagi qiymatlar muhim biologik rol o'ynaydigan va bir-biri bilan chambarchas bog'langan oqsillarni ifodalovchi oraliq tugunlarni aniqlash uchun ishlatiladi. Tarmoqni yaratish STRING yordamida amalga oshirildi va Cytoscape dasturidan (http://www.cytoscape.org, 2021-yil 29-sentyabrda kirilgan) tarmoqni koʻrsatish uchun foydalanildi [40]. STRING 9.1 versiyasi (http://www.string-db.org, 2021-yil 29-sentabrda kirilgan) yordamida immun oqsillari oʻrtasida BPIFA1 ning oqsil-oqsil oʻzaro taʼsirini aniqlash va birgalikda ifodalash tahlili orqali biz BPIFA1 qanday ishlashini aniqlay oldik. molekulyar darajada.

2.5. BPIFA1 oqsilining strukturaviy tahlili

Ushbu tahlilda biz Shveytsariya modeli (http://swissmodel.expasy. org, 2021-yil 29-sentyabrda kirilgan) [41], I-TESSAR kabi onlayn vositalar yordamida homologik modellashdan foydalangan holda inson BPIFA1 oqsilining kristalli tuzilishini qurdik. [42] va Phyre2 (http://www.sbg. bio1.ic.ac.uk/phyre2/html, 2021-yil 29-sentabrda kirish) [43]. UCSF Chimera 1.10.1 dasturidagi konjugat gradient usuli va Amber kuch maydoni yig'ilgan maqsadli oqsilni kamaytirish uchun ishlatilgan. Bundan tashqari, kutilgan strukturaning stereokimyoviy xususiyatlarini baholash uchun ProSA veb-serveridan foydalanilgan [22].

For more information:1950477648nn@gmail.com